Bi kịch đầu tiên xảy ra trong lần phóng đầu tiên một tàu vũ trụ Soyuz trong năm 1967. Nhà du hành Vladimir Komarov đã tử vong sau khi con tàu va chạm mạnh xuống đất trong quá trình hạ cánh khẩn cấp tại thành phố miền Đông Orsk, Nga. Nguyên nhân dẫn tới vụ va chạm mạnh là do dù không mở, khiến con tàu mang theo phi hành gia rơi với một tốc độ không tưởng xuống mặt đất.
4 năm sau, các thành viên trên con tàu Soyuz 11 trải qua một sự cố nghiêm trọng khi van gió vô tình bật mở trước khi tiến hành hạ cánh. Điều này gây ra tình trạng giảm áp nhanh và khiến toàn bộ 3 phi hành gia thiệt mạng ngay trên tàu.
Ngày 6/4/1975 là một ngày may mắn đối với hai phi hành gia Vasily Lazarev và Oleg Makarov. Hai phi hành gia đã được cứu hộ an toàn một ngày sau khi tàu vũ trụ Soyuz chở theo họ thất bại trong việc tiến vào quỹ đạo vì một sự cố xảy ra trong giai đoạn đẩy thứ 3. Con tàu đã hạ cánh xuống một sườn núi - một khu vực không có người ở tại Altai, Nga, gần biên giới với Trung Quốc và Mông Cổ.
Ngày 15/10/1976, hệ thống tiếp cận tự động của tàu Soyuz 23 bị hỏng và nhiệm vụ lên ISS đã bị hủy bỏ. Ngày hôm sau, tàu vũ trụ hạ cánh xuống một hồ nước đang đóng băng dở. Nước muối đã gây ra hiện tượng lỗi điện ngắn mạch, khiến dù bung bị ngập nước bên trong, kéo theo con tàu xuống dưới nước. Các phi hành gia suýt chết song may mắn đã mỉm cười với họ khi trực thăng cứu hộ đã tới nơi kịp thời.
Năm 1977, tàu vũ trụ Soyuz 25 không thực hiện thành công màn đáp xuống trạm không gian Salyut 6 mặc dù thử 5 lần. Nhiệm vụ bị hủy vì không còn đủ nhiên liệu để thực hiện lần đáp tiếp theo. Các phi hành gia đã trở về Trái Đất an toàn.
Ngày 10/4/1979, động cơ của chiếc Soyuz 33 gặp vấn đề khi tàu vũ trụ chuẩn bị đáp xuống trạm vũ trụ. Nguyên nhân xuất phát từ máy phát điện. Nó đã phát nổ và kéo theo động cơ sau bị hỏng. May mắn tàu vũ trụ hạ cánh thành công và an toàn.
Ngày 23/4/1983, các phi hành gia trên tàu Soyuz T-8 gặp phải vụ nổ ăng-ten của tàu vũ trụ do không triển khai đúng cách, dẫn đến việc tàu cũng không đáp xuống được trạm không gian. Tàu vũ trụ Soyuz được lệnh quay trở lại Trái đất.
Năm 1994, tàu vũ trụ Soyuz TM-17 tách khỏi trạm không gian và va chạm với nó. May mắn, sự cố không gây ra bất kỳ hậu quả nghiêm trọng nào.
Ngày 27/5/2009, tàu vũ trụ Soyuz TMA-15 trải qua một sự cố với việc kiểm soát nhiệt độ bên trong tàu vũ trụ sau khi phóng. Tuy nhiên, vấn đề đã được giải quyết thông qua việc điều chỉnh hệ thống điều khiển nhiệt bên trong. Vụ việc không ảnh hưởng đến sức khỏe của phi hành đoàn và tàu vũ trụ đáp xuống trạm vũ trụ thành công hai ngày sau khi phóng.
Ngày 11/9/2013, tàu vũ trụ Soyuz TMA-08M gặp sự cố tại bộ phận cảm biến chiều cao, khiến các phi hành gia phải "bay mò" trong thời gian hạ cánh. Với sự giúp đỡ của đội cứu hộ liên lạc với phi hành đoàn qua sóng vô tuyến, các phi hành gia đã an toàn hạ cánh.