Cơ quan chức năng đã lấy 29 mẫu nước và đo nhanh 39 mẫu nước, trong phạm vi lưu vực sông Hồng trên các điểm: Khu vực từ thành phố Lào Cai đến cửa suối Quang Kim chảy vào sông Hồng; khu vực gần Nhà máy Gạch tuynel số 2 của Công ty Cổ phần Phú Hưng (xã Bản Qua, Bát Xát); khu vực Nhà máy Tuyển đồng Sin Quyền (xã Cốc Mỳ, huyện Bát Xát); khu vực cửa suối Nà Lạc chảy vào sông Hồng (thôn Phố Mới 2, xã Trịnh Tường, huyện Bát Xát); khu vực cửa suối Lũng Pô chảy vào sông Hồng (xã A Mú Sung, huyện Bát Xát); tiến hành quan sát các cửa suối, cửa xả nước và các hoạt động dọc theo sông Hồng thuộc lãnh thổ Trung Quốc, từ Lũng Pô đến cửa suối Nậm Thi. Như vậy, phạm vi quan trắc và lấy mẫu nước bao quát toàn bộ đoạn sông Hồng từ nơi chảy vào Việt Nam đến thành phố Lào Cai, dài khoảng 60 km.
Kết quả phân tích mẫu nước cho thấy, trên sông Hồng đoạn từ thành phố Lào Cai đến cửa suối Quang Kim, trong khoảng thời gian từ ngày 31/3 đến 1/4, các mẫu nước có một số chỉ số vượt quy chuẩn cho phép.
Đáng chú ý nhất là chỉ tiêu DO (nồng độ oxy hòa tan trong nước) thấp hơn mức tối thiểu rất nhiều. Nồng độ DO trong nước vào thời điểm cá chết giảm dần từ khu vực xã Quang Kim (giáp xã Bản Qua) về đến khu vực cầu Cốc Lếu, thành phố Lào Cai (Mức tối thiểu theo quy chuẩn là 4.
Tuy nhiên, vào thời điểm xảy ra hiện tượng cá chết tại khu vực thành phố Lào Cai, chỉ số mẫu phân tích DO chỉ đạt 0,93). Ngoài ra, một số chỉ tiêu vượt ngưỡng nhưng không đáng kể như: TSS (tổng chất rắn lơ lửng), COD (nhu cầu oxy hóa học), BOD5 (nhu cầu oxy sinh hóa), Amoni (NH4+).
Kết quả phân tích mẫu nước sông lấy từ ngày 2-8/4 cho thấy, chất lượng nước đã được cải thiện và chỉ còn chỉ số Amoni (NH4+) vượt so quy chuẩn, nhưng không đáng kể. Các đoạn sông Hồng từ cửa suối Quang Kim ngược lên đến Lũng Pô và đoạn từ bãi Soi Tiền trở về phía hạ lưu có chỉ số phân tích mẫu nước sông đều nằm trong ngưỡng cho phép.
Ngoài ra, cơ quan chức năng đã tiến hành phỏng vấn, thu thập thêm các thông tin từ chính quyền địa phương, Bộ đội Biên phòng và người dân các khu vực dọc theo sông Hồng. Qua nguồn tin cho biết, thời điểm và phạm vi phát hiện cá bị nổi lên mặt nước tập trung vào khoảng thời gian từ ngày 30/3 đến 1/4.
Phạm vi cá nổi lên mặt nước tập trung trong đoạn sông từ xã Bản Qua (giáp xã Quang Kim), Bát Xát đến thành phố Lào Cai. Bên cạnh đó, vào mùa nước kiệt, người dân hai bên bờ sông Hồng thường tổ chức đánh bắt cá bằng phương pháp “ruốc" cá, là phương pháp sử dụng lá cây (lá cơi) giã nát sau đó thả xuống sông để đánh bắt cá.
Trong lá cơi có chứa hợp chất hấp thụ oxy, khi thả xuống sông, chất này làm suy giảm đáng kể lượng oxy hòa tan trong nước, làm cho cá bị ngộp thở, ngoi lên mặt nước và chết. Người dân đánh bắt cá và sử dụng làm thực phẩm bình thường, không độc đối với người, vì cá chết do bị ngạt.
Từ những căn cứ trên, Sở Tài nguyên và Môi trường Lào Cai đã kết luận hiện tượng cá chết nổi trên sông Hồng là do người dân “ruốc" cá, làm giảm oxy trong nước sông Hồng, khiến cá chết ngạt hàng loạt.
Trước đó, vào khoảng 15 giờ ngày 31/3, trên đoạn sông Hồng từ cầu Kim Thành đến cầu Cốc Lếu, thuộc thành phố Lào Cai có hiện tượng cá chết nổi hàng loạt. Nhiều người dân ở thành phố Lào Cai và vùng lân cận đã lội xuống sông vớt được rất nhiều cá chết, cá biệt có con cá chiên nặng tới 3-4 kg, cá chép, trôi nặng hơn 1-2kg.
Đáng chú ý, không chỉ loài cá ăn nổi mà các loài cá da trơn từ nhỏ đến lớn vốn sống sát tầng đáy cũng bị chết hàng loạt. Sau khi nắm thông tin cá chết nổi trên sông Hồng từ báo chí và người dân, Sở Tài nguyên và Môi trường tỉnh Lào Cai đã phối hợp Phòng Cảnh sát Môi trường (Công an tỉnh Lào Cai) vào cuộc, xác định rõ nguyên nhân làm cá chết.