Đáng chú ý, theo Thanh tra TP Hồ Chí Minh, tỷ lệ dự án được giao đất hoàn thành đưa vào sử dụng thấp (chỉ có 4/97 dự án chiếm tỷ lệ 0,04%), phần lớn các dự án chưa hoàn thành do bồi thường, giải phóng mặt bằng chậm, kéo dài từ năm 2000 đến nay, chưa đảm bảo tiến độ triển khai dự án, ảnh hưởng đến hiệu quả sử dụng đất, chưa khai thác hiệu quả tiềm năng phát triển kinh tế - xã hội Khu đô thị mới Nam thành phố.
Một số hạn chế, bất cập của Ban Quản lý đầu tư và xây dựng Khu đô thị mới Nam Thành phố, đáng chú ý trong việc lập và trình đồ án điều chỉnh cục bộ quy hoạch chi tiết xây dựng Khu chức năng số 1 (khu A) không xác định rõ khu vực lập quy hoạch 484,2 ha so với phạm vi ranh giới khu A là 409 ha; đề xuất phân bổ diện tích đường Nguyễn Lương Bằng làm giảm diện tích 110 ha đất công trình công cộng do thành phố quản lý là không phù hợp với Quyết định số 380/QĐ-UB-QLĐT ngày 23/1/1997 của UBND TP Hồ Chí Minh, dẫn đến tại thời điểm thanh tra, Công ty TNHH Phát triển Phú Mỹ Hưng (Công ty Phú Mỹ Hưng) chưa bàn giao đầy đủ diện tích đất công 110 ha cho thành phố; lập, trình đối với 5 đồ án điều chỉnh cục bộ quy hoạch chi tiết tỷ lệ 1/2000 và tỷ lệ 1/5000 từ năm 2015 đến năm 2022, có những nội dung không phù hợp với Quyết định số 2038/QĐ-UBND của UBND Thành phố, cụ thể gồm: không thực hiện điều chỉnh cơ cấu phân bổ sử dụng đất của tuyến đường Nguyễn Văn Linh, không điều chỉnh diện tích trùng lắp 2,52 ha khu dân cư Tân Mỹ và Văn phòng Công ty Phú Mỹ Hưng.
Ban Quản lý đầu tư và xây dựng Khu đô thị mới Nam Thành cũng để xảy ra tình trạng xây dựng đường nội bộ giáp với rạch hiện hữu và có nhiều hộ dân lấn chiếm để xây dựng công trình nhà ở tại vị trí đất ven sông; để công trình Trường Quốc tế Nam Sài Gòn (khối nhà A3, A6) xây dựng không phép với quy mô diện tích lớn, tổng diện tích xây dựng không phép khoảng 9.948,575 m2 với kết cấu sàn bê tông cốt thép, cột bê tông cốt thép; cập nhật đồ án quy hoạch thể hiện công trình xây dựng tại Lô H6-1 vượt chỉ giới xây dựng là không phù hợp theo thoả thuận kiến trúc quy hoạch đã được phê duyệt; để sân tennis và nhà cấp IV xây dựng không có giấy phép trên công viên đã được phê duyệt quy hoạch…
Mặt khác, Ban Quản lý đầu tư và xây dựng Khu đô thị mới Nam Thành phố không theo dõi và yêu cầu Công ty Phú Mỹ Hưng đầu tư xây dựng công viên cây xanh tại phần diện tích đất công viên cây xanh của lô CR8 theo quy hoạch được duyệt; chậm phối hợp với các đơn vị có liên quan để đôn đốc chủ đầu tư thực hiện nghĩa vụ tài chính liên quan việc xây dựng tầng hầm liên thông vượt ranh giao đất dự án tại Lô M5, M6, M7, M8.
Theo Thanh tra TP Hồ Chí Minh, Công ty Phú Mỹ Hưng kéo dài thời gian thực hiện hoàn chỉnh đồ án quy hoạch và thời gian xây dựng theo quy hoạch đã được Ủy ban nhân dân Thành phố giao nhiệm vụ tại Điều 2 Quyết định số 380/QĐ-UB-QLĐT ngày 23/1/1997 làm ảnh hưởng đến việc xác định diện tích đất (299 ha) do Công ty Phú Mỹ Hưng khai thác, lập dự án đầu tư xây dựng và diện tích đất công trình công cộng thuộc thành phố quản lý (110 ha). Đối với phần diện tích đất 110 ha hiện Công ty Phú Mỹ Hưng đã bàn giao hơn 56,8 ha, chưa bàn giao hơn 53 ha.
Các cơ quan chức năng cũng chỉ rõ, Công ty Phú Mỹ Hưng chưa thực hiện đầu tư xây dựng công trình kè hành lang bảo vệ sông, rạch được duyệt tại Quyết định số 380/QĐ-UB-QLĐT, ảnh hưởng cảnh quan, ô nhiễm môi trường, thoát nước và an toàn giao thông thủy; chưa đầu tư xây dựng công viên cây xanh theo quy hoạch được duyệt tại Quyết định số 4987/QĐ-UBND ngày 8/10/2015 của UBND Thành phố về phê duyệt điều chỉnh cục bộ đồ án quy hoạch chi tiết xây dựng tỷ lệ 1/2000 (quy hoạch phân khu) khu A.
Cùng với đó, Công ty Phú Mỹ Hưng thực hiện quy hoạch, đầu tư xây dựng khu A không đúng diện tích mà Thủ tướng Chính phủ đã giao, hiện đang sử dụng nhiều hơn thực tế tăng khoảng 400 ha. Việc triển khai 5 cụm đô thị A, B, C, D, E đến thời điểm hiện nay chủ yếu tập trung tại khu chức năng số 1 (khu A), còn lại các khu B, C, D, E (khu 8, 14, 16, 18) chưa triển khai lập quy hoạch vì chưa được bàn giao đất. Công ty Phú Mỹ Hưng chưa xây dựng hoàn chỉnh tuyến đường Nguyễn Văn Linh theo tiến độ Giấy phép đầu tư số 602/GP ngày 19/5/1993 vì các làn xe qua các Khu B, C, D, E chưa bàn giao đất.
Để khắc phục các vấn đề trên, UBND thành phố giao các sở, ban ngành và UBND Quận 7, Quận 8, huyện Bình Chánh khẩn trương phối hợp, rà soát khắc phục các vấn đề liên quan đến quy hoạch, sử dụng đất, đầu tư xây dựng, tài chính liên quan. Công ty Phú Mỹ Hưng xây dựng hoàn thành tuyến đường Nguyễn Văn Linh bàn giao cho cơ quan quản lý nhà nước, bàn giao đầy đủ diện tích đất công 110 ha (khu A) cho thành phố quản lý theo tiên độ và cam kết tại Giấy phép đầu tư số 602/GP; đồng thời phối hợp với Sở Tài nguyên và Môi trường, Thanh tra Thành phố, Ủy ban nhân dân Quận 7 và các đơn vị có liên quan đo đạc xác định tổng thể diện tích đất khu A (khu 1).