Người phát ngôn Phái bộ Liên hợp quốc tại Mali (MINUSMA) Oliver Salgado cho biết trong thời gian diễn ra cuộc bỏ phiếu, các nhóm vũ trang đã bắn 10 quả đạn cối xung quanh làng Aguelhok, thuộc vùng Kivi, miền Đông Bắc Mali, ngay gần một điểm bỏ phiếu. Tại làng Gandamia ở cực Đông Mali, các điểm bầu cử đã bị phá trong khi nhân viên bầu cử bị tấn công. Hoạt động bầu cử cũng đã bị đình chỉ tại ít nhất 4 ngôi làng khác do bạo lực.
Ngày 29/7, hơn 8 triệu cử tri Mali đã chính thức bỏ phiếu bầu cử tổng thống mới với hy vọng giúp hồi sinh Thỏa thuận hòa bình năm 2015, vốn được kỳ vọng có tác động tích cực đối với các nước trong khối Sahel - khu vực đang phải đối mặt với các mối đe dọa thánh chiến ngay cả khi đã có sự can thiệp của các lực lượng quân sự quốc tế trong suốt 5 năm qua.
Theo Bộ An ninh Nội địa Mali, để đảm bảo an ninh bầu cử, hơn 30.000 thành viên của Lực lượng an ninh Mali và nước ngoài đã được huy động. Tại miền Bắc, các nhóm vũ trang cũng đã ký kết thỏa thuận tham gia đảm bảo an ninh cho các điểm bầu cử. Cũng giống như các cuộc bầu cử trước, tỷ lệ cử tri đi bầu là rất thấp, dưới 50%. Nếu không có ứng cử viên nào giành quá 50% số phiếu ủng hộ, cuộc bầu cử vòng hai sẽ diễn ra ngày 12/8 tới.
Cuộc bầu cử diễn ra trong bối cảnh tình hình bạo lực đang ngày càng leo thang tại Sahel trong những năm gần đây, với việc các nhóm vũ trang có quan hệ với mạng lưới khủng bố quốc tế al-Qaeda và tổ chức "Nhà nước Hồi giáo" (IS) tự xưng lợi dụng miền Trung và miền Bắc Mali như một bàn đạp để tiến hành các cuộc tấn công trên khắp khu vực này.
Mặc dù Chính phủ Mali và lực lượng nổi dậy ký kết thỏa thuận hòa bình năm 2015, song các vụ bạo lực thánh chiến không chỉ kéo dài triền miên mà còn lan sang các nước láng giềng như Burkina Faso và Niger.