Theo phản ánh của ngư dân, luồng lạch ra, vào cảng cá Cửa Tùng và khu neo đậu tránh bão Cửa Tùng bị bồi lấp đã diễn ra nhiều năm trước; có thời điểm nhiều đoạn luồng lạch chiều rộng chỉ còn từ 4-5m và độ sâu chỉ từ 0,2-0,8m, trong khi mớn nước của tàu cá công suất lớn đánh bắt xa bờ phải có độ sâu ít nhất 2,1m.
Năm 2019, tỉnh Quảng Trị đầu tư 5 tỷ đồng để nạo vét luồng lạch ra, vào cửa biển Cửa Tùng. Tuy nhiên đến nay, tình trạng bồi lấp luồng lạch lại tái diễn, gây không ít khó khăn và thiệt hại cho ngư dân có tàu cá công suất lớn. Điển hình, ngày 16/4 vừa qua, một tàu cá công suất 400 CV của ngư dân tỉnh Quảng Ngãi, trong quá trình di chuyển vào cảng cá Cửa Tùng đã bị mắc cạn do luồng lạch bị bồi lấp, khiến tàu cá bị nghiêng. Ngày 17/4, khi thủy triều lên và có sự hỗ trợ tích cực của chủ phương tiện khác, tàu cá này mới khắc phục được sự cố mắc cạn.
Cảng cá Cửa Tùng được đưa vào sử dụng từ năm 2008. Cùng với cảng cá Nam Cửa Việt ở xã Triệu An, huyện Triệu Phong, cảng cá Cửa Tùng là hai cảng cá chỉ định, các tàu cá có chiều dài từ 15m trở lên bắt buộc phải cập hai cảng cá này nhằm chống khai thác hải sản bất hợp pháp, không báo cáo và không theo quy định (IUU). Tuy nhiên, do luồng lạch bị bồi lấp nghiêm trọng nên cảng cá Cửa Tùng có ít tàu cá công suất lớn cập cảng. Chủ các tàu cá công suất lớn thường đưa tàu đến cảng cá Nam Cửa Việt hoặc cảng cá ở các tỉnh lân cận để cập cảng rồi đưa hải sản lên bờ.
Một số chủ tàu cá công suất lớn muốn đưa hải sản cập cảng cá Cửa Tùng, thì phải neo đậu tàu ở ngoài cửa biển Cửa Tùng; sau đó dùng thuyền nhỏ trung chuyển hải sản đánh bắt được vào bờ. Lực lượng chức năng khó kiểm soát được sản lượng, nguồn gốc hải sản khai thác, nhật ký khai thác theo quy định thực hiện IUU, ảnh hưởng đến công tác phòng chống IUU, trong khi ngư dân tốn thêm công sức và chi phí. Còn với ngư dân ở tỉnh, thành phố khác, muốn đưa tàu cá công suất lớn cập cảng cá Cửa Tùng, phải chờ thủy triều lên và có tàu lai dắt, hướng dẫn mới có thể di chuyển an toàn.
Khu neo đậu tránh trú bão Cửa Tùng nằm sát cảng cá Cửa Tùng cũng không khỏi bị ảnh hưởng bởi luồng lạch bồi lấp. Khu neo đậu này được xây dựng và đưa vào sử dụng từ năm 2017 với sức chứa 250 tàu cá các loại, công năng là nơi tránh trú bão và đảm bảo an toàn cho tàu cá, nhưng luồng lạch dẫn vào khu neo đậu tránh trú bão Cửa Tùng bị bồi lấp lại tiềm ẩn nguy cơ gây mất an toàn cho tàu cá khi di chuyển vào nơi tránh trú.
Luồng lạch ra, vào cửa biển Cửa Tùng bị bồi lấp thường xuyên được cho là do biến động của thời tiết và chế độ thủy văn. Trung tá Trần Tuấn Dũng, Đồn trưởng Đồn Biên phòng Cửa Tùng xác nhận, luồng lạch ra, vào cảng cá Cửa Tùng và khu neo đậu tránh trú bão Cửa Tùng đã bị bồi lấp gây khó khăn trong việc di chuyển của tàu cá. Đặc biệt, khu vực cửa biển Cửa Tùng hay có sương mù dày đặc khiến tầm nhìn bị hạn chế, do đó cùng với luồng lạch bị bồi lấp càng làm cho việc di chuyển của tàu cá công suất lớn thêm nguy hiểm. Đồn Biên phòng Cửa Tùng đã nhận được sự phản ánh của ngư dân về bồi lấp luồng lạch ở cửa biển Cửa Tùng, đồng thời kiến nghị cấp có thẩm quyền sớm khắc phục.
Ủy ban nhân dân huyện Vĩnh Linh đã có văn bản gửi Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Quảng Trị về việc nạo hút, khơi thông luồng lạch tại cảng cá Cửa Tùng. Sở cũng đã có văn bản gửi Sở Giao thông Vận tải Quảng Trị kiến nghị tiếp tục duy tu, nạo vét vùng nước cảng cá Cửa Tùng vốn thường xuyên bị bồi lấp sau mùa mưa bão hàng năm, nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho tàu, thuyền ra, vào thuận lợi, bà con ngư dân yên tâm vươn khơi bám biển.