Nguyên nhân của tình trạng trên là do việc lưu giữ và trưng bày hiện vật ở hai nhà D1, D2 (ngay trong lòng tháp D1, D2) từ năm 1990 đến nay chỉ mang tính chất tạm thời, chưa hợp lý.
Khôi phục đài thờ tại tháp A10 trong quần thể nhóm tháp A Di sản Văn hóa thế giới Mỹ Sơn.
Để bảo vệ hiện vật không bị thất lạc và chống xuống cấp cho tháp D1, D2, từ năm 1990, các chuyên gia phải sử dụng mái tôn để che cho tháp, đồng thời sử dụng lòng tháp làm kho lưu trữ và nơi trưng bày hiện vật. Do chỉ là giải pháp tình thế nên các điều kiện về độ ẩm, ánh sáng, không gian trưng bày hiện vật trong lòng tháp D1, D2 chưa được nghiên cứu đầy đủ.
Mặt khác, nhiều năm qua Di sản Văn hóa thế giới Mỹ Sơn chưa có kho bảo quản đủ tiêu chuẩn để bảo quản hiện vật lâu dài nên mỗi khi phát hiện, sưu tầm được thêm hiện vật mới thường đưa vào nhà D1, D2 trong lòng tháp D1, D2 để bảo quản, trưng bày. Việc này dẫn đến không gian trong lòng hai tháp ngày càng chật chội, công tác bảo vệ hiện vật không thật sự đảm bảo và chưa phát huy được hết giá trị của hiện vật.
Theo các chuyên gia, hai nhà trưng bày hiện vật D1, D2 trong lòng tháp D1, D2 là nơi trưng bày, bổ sung hiện vật nhằm giúp khách tham quan tăng trải nghiệm và tìm hiểu giá trị Khu Di sản tốt hơn. Tuy nhiên, cách thức trưng bày cũng như cách sắp xếp các bộ sưu tập hiện vật đã bộc lộ một số nhược điểm cần phải khắc phục như: Hiện vật gắn vào tường và bục, dễ bị hư hỏng do hút ẩm; thông tin về nội dung trưng bày chưa có khiến khách tham quan khó hiểu được nội dung hiện vật đang trưng bày...
Cách sắp xếp hiện vật trưng bày cũng bộc lộ nhiều hạn chế: Nhà trưng bày D1 có diện tích 84 m2, trưng bày 39 hiện vật, trong đó có 11 hiện vật gắn cố định trên tường tháp; nhà trưng bày D2 có diện tích chỉ 66 m2 nhưng trưng bày tới 85 hiện vật, trong đó có 28 hiện vật gắn cố định lên tường tháp và kho cất giữ, dẫn đến không gian chật hẹp, hiện vật thiếu bục bệ kê đỡ. Ngoài ra, hầu hết hiện vật được trưng bày một cách dàn trải, theo lối tự nhiên, chưa được sắp xếp theo chức năng từng hiện vật.
Tất cả các yếu tố trên đều làm ảnh hưởng đến giá trị điêu khắc, nghệ thuật tiêu biểu và bảo đảm an toàn của từng hiện vật, đồng thời làm giảm sự tiếp thu, tìm hiểu giá trị khu Di sản đối với khách tham quan.
Các tháp D1 và D2 thuộc nhóm tháp D tại quần thể Di sản Văn hóa thế giới Mỹ Sơn có nguy cơ sụp đổ trong thời gian tới và hiện vật bảo quản trong lòng tháp không được bảo vệ tốt nhất nếu không có giải pháp bảo tồn, tu bổ mang tính bền vững. Trước thực trạng này Ban Quản lý Di sản đề xuất: hiện vật cũ ở hai nhà D1, D2 cần được tháo gỡ khỏi tường để bảo quản, chọn lọc và trưng bày lại trên các bục làm bằng khung sắt, ốp đá sa thạch và có thiết bị bảo vệ bên ngoài; bảo trì, sơn, sửa hai mái che nhà D1, D2, chống thấm dột; xóa bỏ hai kho tạm thời trong lòng tháp D1, D2 và làm lại nền sau khi kho tạm được tháo dỡ, trả lại lối đi vào, giảm áp lực cho di tích.