Tối ngày 4/1 (theo giờ địa phương), giới chức Nhật Bản đã bắt đầu di dời máy bay bị hư hại của Lực lượng Bảo vệ Bờ biển Nhật Bản và máy bay chở khách của Japan Airlines đang làm gián đoạn một trong bốn đường băng ở sân bay Haneda.
Hơn 33.000 người sẽ bị ảnh hưởng bởi việc hủy lịch bay nói trên. Japan Airlines sẽ hủy 102 chuyến bay nội địa nối Haneda với Hokkaido, Kansai, Kyushu và các điểm đến khác, ảnh hưởng đến khoảng 15.000 hành khách. Trong khi đó, 98 chuyến bay của All Nippon Airways dự kiến cũng bị hủy, liên quan đến 18.500 hành khách.
Thay vào đó, All Nippon Airways ngày 5/1 cho biết sẽ vận hành các chuyến bay tạm thời đến và từ Sân bay Narita Airport ở phía Đông Tokyo. Sẽ có tổng cộng 24 chuyến bay bổ sung vào ngày 5-6/1, nối Narita với Hokkaido, Osaka và Fukuoka.
Trước đó, trong ngày 4/1, gần 200 chuyến bay nội địa của hai hãng hàng không trên đã bị hủy, với hơn 38.000 người bị ảnh hưởng.