Hãng JAL cho biết chuyến bay số hiệu 516 bay từ sân bay New Chitose ở Hokkaido, hạ cánh xuống đường băng C vào khoảng 17h47, sau đó va chạm với một máy bay của Lực lượng Bảo vệ Bờ biển Nhật Bản và bùng cháy. Máy bay trượt dọc theo đường băng khoảng 1 km trước khi dừng lại. Các phi công trong buồng lái không biết lửa đã bùng phát, nhưng các tiếp viên đã phát hiện ra.
Trong cuộc thoát hiểm khẩn cấp, 9 tiếp viên hàng không phải vượt qua nhiều cản trở. Có 8 lối thoát hiểm khẩn cấp trên máy bay, nhưng chỉ có 3 lối có thể sử dụng được. Phi hành đoàn phải sơ tán khẩn trương hành khách trên toàn bộ khoang máy bay dài 67m trong khi hệ thống liên lạc nội bộ không còn hoạt động. Các tiếp viên kêu gọi hành khách giữ bình tĩnh, tuân thủ các quy trình trấn an hành khách trong trường hợp khẩn cấp.
Khi nhận được thông tin rằng động cơ bên trái của máy bay đang cháy, tiếp viên trưởng đã cố gắng báo cáo với buồng lái và được lệnh thực hiện sơ tán khẩn cấp. Sau đó, khói bắt đầu tràn vào cabin, các tiếp viên nhanh chóng đánh giá tình hình, yêu cầu hành khách cúi thấp người để tránh hít phải khói. Các thành viên phi hành đoàn hướng dẫn hành khách sơ tán bằng máng thoát hiểm qua 2 cửa thoát hiểm ở đầu khoang.
Chỉ còn một lối ra khác ở phía sau bên trái có thể sử dụng để thoát khỏi máy bay đang cháy một cách an toàn, nhưng hệ thống liên lạc nội bộ không còn hoạt động, vì vậy các tiếp viên không thể xin phép buồng lái. Trong bối cảnh khói tràn vào ngày càng nhiều, một tiếp viên hàng không đã chủ động mở cửa sau bên trái để cho phép hành khách trượt xuống theo máng thoát hiểm.
Trong khi đó, hành khách cũng tuân thủ tuyệt đối yêu cầu của đội tiếp viên, không cố lấy hành lý xách tay từ khoang chứa phía trên mà nhanh chóng di chuyển đến cửa thoát hiểm chỉ với những vật dụng cá nhân nhỏ như điện thoại. Những người trượt xuống mặt đất trước hỗ trợ những người xuống sau. Cơ trưởng là người cuối cùng thoát ra từ máng thoát hiểm sau khi đã kiểm tra tất cả các hàng ghế và xác nhận không còn hành khách nào còn trên máy bay. Đó là lúc 18h05, khoảng 18 phút sau khi máy bay của JAL hạ cánh và chỉ vài phút trước khi máy bay “chìm trong biển lửa”.
Ông Shigeru Takano, cựu quan chức cấp cao của Cục Hàng không Dân dụng Nhật Bản, cho biết quá trình sơ tán suôn sẻ được thực hiện nhờ phản ứng của phi hành đoàn và sự hợp tác của hành khách trong tình huống nguy cấp như vậy. Trong khi đó, Chủ tịch JAL Yuji Akasaka đánh giá "phi hành đoàn thậm chí còn làm tốt hơn cả lúc diễn tập".