Báo Tempo của Indonesia dẫn lời Tham mưu trưởng Hải quân nước này, Đô đốc Yudo Margono cho hay “Chúng tôi sẽ chờ cuộc điều tra liên quan đến nguyên nhân vụ tàu ngầm bị chìm”. Theo Đô đốc Yudo, cuộc điều tra trên chỉ có thể được tiến hành sau khi xác tàu ngầm được trục vớt thành công và được đưa vào đất liền. Đây không phải là nhiệm vụ dễ dàng do độ sâu của xác tàu đắm gây rủi ro rất cao cho nhóm tìm kiếm.
Tuy nhiên, ông Yudo khẳng định rằng tàu KRI Nanggala 402 không bị chìm do lỗi của con người vì thiết bị của tàu ngầm vẫn ở tình trạng nguyên sơ trước khi tham gia cuộc diễn tập phóng ngư lôi và các quy trình chính xác đã được tuân thủ. Ông Yudo nêu rõ “Chúng tôi đã đánh giá từ đầu vụ việc và tin chắc rằng điều này không phải là do lỗi của con người mà là do các khía cạnh tự nhiên”.
Trong khi đó, thành viên Ủy ban I (giám sát đối ngoại, tình báo và quân sự) thuộc Hạ viện Indonesia, ông TB Hasanuddin cùng ngày bày tỏ nghi ngờ rằng tàu ngầm KRI Nanggala 402 bị chìm do quá trình sửa chữa vào năm 2012 không thành công. Ông Hasanuddin cho biết chiếc tàu ngầm trên đã được sửa chữa, nâng cấp vào năm 2012 với ngân sách khoảng 75 triệu USD. Không chỉ thay thế phụ tùng, con tàu còn được thay đổi về cấu trúc, nhất là ở hệ thống phóng ngư lôi.
Để tránh gây các sự cố tương tự, ông Hasanuddin đã yêu cầu quân đội và Hải quân Indonesia ngừng sử dụng các tàu ngầm cùng loại như tàu ngầm KRI Cakra 401. Ngoài ra, ông cũng yêu cầu làm rõ việc thủy thủ đoàn của tàu KRI Nanggala 402 vượt quá khả năng chuyên chở tối đa của tàu ngầm này là 38 người. Ông cho biết thêm cũng đã nhận được thông tin rằng khi lặn xuống biển, con tàu trên đã không mang đủ dưỡng khí dự phòng, song vẫn được lệnh khởi hành.
Tàu KRI Nanggala 402 liên lạc lần cuối với sở chỉ huy lúc 3h ngày 21/4 để xin phép lặn xuống biển, sau đó mất liên lạc hoàn toàn từ 4h30. Hy vọng giải cứu 53 người trên tàu ngầm tiêu tan khi lượng oxy dự trữ của nó được cho là cạn kiệt vào sáng 24/4. Đến ngày 25/4, các quan chức quân đội và hải quân Indonesia cho biết tàu ngầm đã bị vỡ thành ít nhất ba phần, nằm sâu dưới đáy biển Bali. Tổng thống Indonesia cũng đã gửi lời chia buồn tới thân nhân của 53 thủy thủ.