Để giải quyết bài toán này, các nhà khoa học, các nhà quản lý đã đưa ra nhiều kịch bản nâng cao đáy sông chống xói mòn, sạt lở bờ sông, chân đê và đảm bảo cao trình nước như thiết kế cho các công trình thủy lợi lấy đủ nước phục vụ sản xuất.
Theo các chuyên gia về thủy lợi, có nhiều nguyên nhân làm biến động lòng dẫn sông Hồng; trong đó có hai yếu tố tác động lớn nhất là phát triển hệ thống hồ chứa thượng nguồn và các hoạt động khai thác cát với phạm vi và khối lượng ngày càng gia tăng trên toàn hệ thống sông, đặc biệt là vùng hạ du... Nói cách khác, việc phát triển hồ chứa ở thượng nguồn đã giữ lại phần lớn lượng bùn cát về hạ du trong khi hoạt động khai thác cát quá mức đã khiến đáy sông ngày càng hạ thấp…
Ông Chu Phú Mỹ, Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hà Nội cho rằng, giải pháp quan trọng nhất để giảm tốc độ hạ thấp mực nước sông Hồng là phải kiểm soát chặt chẽ hoạt động khai thác cát trên hệ thống sông Hồng - Thái Bình, giảm dần quy mô khai thác cát ở mức tương đương với tổng lượng cát về hạ du hàng năm… Bên cạnh đó, cần có giải pháp vận hành tối ưu hồ chứa thượng nguồn trong mùa kiệt nhằm sử dụng hiệu quả nguồn nước phục vụ sản xuất nông nghiệp, giao thông, bảo đảm hoạt động công trình hạ tầng ven sông…
Ngoài ra, để bảo đảm nguồn nước phục vụ sản xuất nông nghiệp, thành phố Hà Nội đã triển khai hàng loạt giải pháp như: Chuyển đổi diện tích khó lấy nước sang cây trồng cạn; vận động nhân dân thay đổi tập quán và sử dụng phương tiện cơ giới trong làm đất, gieo cấy; đồng thời, xây dựng các trạm bơm: Hồng Vân, Đan Hoài, Thụy Phú II, dã chiến Phù Sa, Thanh Điềm, Ấp Bắc… lấy nước ở mực nước thấp, không phụ thuộc dòng chảy bổ sung của hồ thủy điện.
Bên cạnh đó, để làm "sống" lại các lưu vực sông Nhuệ -Đáy phục vụ sản xuất nông nghiệp, thành phố Hà Nội hiện đang đầu tư xây dựng Trạm bơm Thanh Điềm, Phù Sa, Liên Mạc, hệ thống dẫn nước sông Đà, tiếp nguồn cho sông Tích và sông Đáy…, dự kiến kinh phí hàng chục nghìn tỷ đồng.
Để nâng cao hiệu quả hoạt động của cống Cẩm Đình, bổ sung nguồn nước cho lưu vực sông Đáy, Hà Nội đề nghị các cơ quan nghiên cứu giải pháp xây dựng các đập dâng ở phía dưới cống Lương Phú. Nếu làm đập dâng này, năng lực lấy nước của cống Lương Phú sẽ tăng lên rất nhiều, hoàn toàn đáp ứng đủ năng lực cấp nguồn còn thiếu cho sông Đáy…
Bên cạnh đó, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cần phối hợp với các địa phương nghiên cứu, đánh giá và sau đó đặt ra các hướng ưu tiên đầu tư nạo vét các dòng sông: Đáy, Nhuệ, Tích…
Theo GS.TS Phạm Hồng Giang, Chủ tịch Hội Đập lớn và phát triển nguồn nước Việt Nam, giải pháp đơn giản nhất là đắp bù để nâng đáy sông bằng cao trình cũ ở một số vị trí cần thiết như cống Long Tửu trên sông Đuống; Xuân Quan, Liên Mạc, Cẩm Đình trên sông Hồng… Còn theo chuyên gia thủy lợi, Hoàng Trọng Hồng nên đắp đập ngầm, đập vĩnh cửu để nâng mực nước sông cho các công trình lấy nước…
Theo kết quả điều tra, khảo sát của Tổng cục Thủy lợi, việc mất cân bằng giữa khối lượng bùn cát về hạ du và khối lượng khai thác cát là nguyên nhân gây ra tình trạng hạ thấp lòng dẫn sông Hồng. Cụ thể, tổng lượng bùn cát của 3 sông: Đà, Lô, Thao về hạ du sông Hồng tại thị xã Sơn Tây liên tục suy giảm: Giai đoạn 1997-2000 là 56,44 triệu mét khối/năm; giai đoạn 2001-2005 là 38,82 triệu mét khối; giai đoạn 2006-2010 là 21,9 triệu mét khối; giai đoạn 2011-2015 là 8,41 triệu mét khối và dự kiến giai đoạn 2016-2020 là 8,41 triệu mét khối.
Tuy nhiên, do nhu cầu xây dựng cơ sở hạ tầng ngày càng lớn, chưa phát triển vật liệu thay thế nên khối lượng khai thác cát ngày càng cao. Tính riêng khu vực Trung du và Đồng bằng Bắc Bộ, trung bình mỗi năm giai đoạn 1997-2000 đã khai thác 7,92 triệu mét khối cát; giai đoạn 2001-2005 là 16,67 triệu mét khối; giai đoạn 2006-2010 là 29,61 triệu mét khối; giai đoạn 2011-2015 là 34,78 triệu mét khối và dự kiến giai đoạn 2016-2020 là 37,8 triệu mét khối...
Để giải quyết căn bản vấn đề biến động lòng dẫn sông đảm bảo đủ nước sản xuất, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề xuất Thủ tướng Chính phủ xem xét, chỉ đạo Bộ chủ trì, phối hợp với các địa phương rà soát các công trình lấy nước, xác định cụ thể các trạm bơm dã chiến cần xây dựng khẩn cấp, các trạm bơm lấy nước kiên cố thay thế công trình lấy nước không hiệu quả khi mực nước sông xuống thấp.
Tập đoàn Điện lực Việt Nam chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, các địa phương đề xuất cơ chế phối hợp đầu tư từ nguồn vốn do Tập đoàn quản lý để xây dựng các công trình lấy nước có thể vận hành không phụ thuộc dòng chảy bổ sung từ các hồ chứa thủy điện.
Các tỉnh, thành phố chủ động sử dụng ngân sách địa phương để đầu tư khẩn cấp các trạm bơm dã chiến, có kế hoạch huy động kinh phí đầu tư các công trình lấy nước kiên cố theo ý kiến của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thông qua kết quả rà soát hiện trạng công trình lấy nước.
Bộ Tài chính chủ trì, phối hợp với Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề xuất kinh phí để thực hiện điều tra, đo đạc lòng dẫn hệ thống sông Hồng - Thái Bình.
Bộ Khoa học và Công nghệ tổ chức nghiên cứu, đề xuất giải pháp tổng thể sử dụng hiệu quả nguồn nước trên hệ thống sông Hồng - Thái Bình đáp ứng nhu cầu dùng nước hạ du và bảo đảm hiệu quả phát điện, bảo vệ môi trường…