Theo đó, Chủ tịch UBND thành phố Chu Ngọc Anh làm Trưởng ban Chỉ đạo. Ban Chỉ đạo có 6 Phó Trưởng ban, trong đó Phó Bí thư Thành ủy Hà Nội Nguyễn Văn Phong làm Phó Trưởng ban thường trực Ban Chỉ đạo.
Ban Chỉ đạo thành phố Hà Nội phòng, chống dịch COVID-19 còn có 14 thành viên là người đứng đầu các cơ quan, sở, ngành của thành phố Hà Nội. Cơ quan thường trực Ban Chỉ đạo là Sở Y tế.
Ban Chỉ đạo có 5 nhiệm vụ chính gồm: Xây dựng kế hoạch, đề ra các nhiệm vụ, giải pháp, biện pháp để chỉ đạo triển khai quyết liệt, kịp thời, phù hợp, hiệu quả công tác phòng, chống dịch COVID-19 trên địa bàn thành phố theo chỉ đạo, kết luận của Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Bộ Chính trị, Ban Bí thư, Quốc hội, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, Ban Chỉ đạo Quốc gia phòng, chống dịch COVID-19, Ban Chấp hành Đảng bộ thành phố, Ban Thường vụ Thành ủy, Thường trực Thành ủy, HĐND, UBND thành phố.
Ban Chỉ đạo giúp Ban Thường vụ Thành ủy, Thường trực Thành ủy, UBND thành phố, Chủ tịch UBND thành phố lãnh đạo, chỉ đạo tập trung, thống nhất, xuyên suốt việc thực hiện các nhiệm vụ về phòng, chống dịch, chăm sóc y tế, bảo đảm an sinh xã hội, bảo đảm trật tự an toàn xã hội, thực hiện thông tin truyền thông, bảo đảm hậu cần phòng, chống dịch, tổ chức sản xuất và lưu thông hàng hóa; vận động, động viên, kêu gọi các tầng lớp nhân dân, các đoàn thể, tổ chức xã hội, tổ chức tôn giáo, cộng đồng doanh nghiệp, doanh nhân... phát huy tinh thần đại đoàn kết dân tộc, tăng cường đồng thuận xã hội, ủng hộ, tích cực tham gia và tự giác thực hiện phòng, chống dịch; chỉ đạo, điều phối, phối hợp chặt chẽ hoạt động giữa các sở, ban, ngành thành phố, các ban Đảng thuộc Thành ủy, các Ban thuộc HĐND thành phố, MTTQ Việt Nam thành phố, các tổ chức chính trị - xã hội, các tổ chức xã hội, các đoàn thể, cấp ủy, HĐND, UBND các quận, huyện, thị xã, các cơ quan, tổ chức có liên quan trong tổ chức triển khai kế hoạch, nhiệm vụ, giải pháp phòng, chống dịch; huy động, phân bổ và sử dụng các nguồn lực hợp pháp trong công tác phòng, chống dịch.
Ban Chỉ đạo thành phố trực tiếp chỉ đạo Ban Chỉ đạo các cấp, Sở Chỉ huy thành phố, Sở Chỉ huy các cấp, các tiểu ban thực hiện nhiệm vụ công tác phòng, chống dịch. Đồng thời, thực hiện kiểm tra, đôn đốc các sở, ban, ngành, các quận, huyện, thị xã, phường, xã, thị trấn, các tổ chức, cơ quan, đơn vị trong việc thực hiện các nhiệm vụ, giải pháp phòng chống dịch; điều động và hỗ trợ theo thẩm quyền các nguồn lực phòng, chống dịch khi cần thiết.
UBND thành phố Hà Nội đã quyết định thành lập 6 tiểu ban thuộc Ban Chỉ đạo thành phố, gồm các lĩnh vực: Y tế; an ninh, trật tự xã hội; tài chính, hậu cần; sản xuất và lưu thông hàng hóa; dân vận, vận động, huy động xã hội và an sinh xã hội; truyền thông.
Là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo, Sở Y tế Hà Nội có nhiệm vụ tham mưu, giúp Trưởng ban Chỉ đạo, Phó Trưởng ban Chỉ đạo trong việc chỉ đạo, điều hành, điều phối hoạt động chung của Ban Chỉ đạo, các Tiểu ban thuộc Ban Chỉ đạo; tổng hợp tình hình thực hiện công tác phòng, chống dịch COVID-19, hằng ngày, hằng tuần báo cáo Trưởng ban Chỉ đạo, Phó Trưởng ban Chỉ đạo…