Cũng bằng ấy thời gian, cô luôn tìm tòi, đổi mới phương pháp dạy học nhằm truyền cảm hứng, niềm yêu thích môn Lịch sử đến nhiều thế hệ học sinh. Cô cũng là giáo viên dạy Lịch sử đầu tiên tại Thái Bình tổ chức dạy học lồng ghép thực địa thông qua hình thức trải nghiệm thực tế đưa di sản và di tích lịch sử địa phương vào giảng dạy.
Năm 2001, sau khi tốt nghiệp Trường Đại học Tây Bắc, cô giáo Phạm Hồng Lê được phân công công tác tại Trường Trung học Cơ sở Kỳ Đồng (nay là Trường Tiểu học và Trung học Cơ sở Kỳ Đồng, xã Văn Cẩm, huyện Hưng Hà, tỉnh Thái Bình). Bằng tất cả sự nhiệt huyết của tuổi trẻ, cô Lê luôn tỉ mỉ, cẩn thận soạn từng trang giáo án trước mỗi giờ lên lớp. Cô chia sẻ, trước đây, môn Lịch sử bị coi là môn phụ, học sinh không dành nhiều thời gian để học. Mỗi lần thấy học sinh không hứng thú với giờ học, cô giáo trẻ không khỏi chạnh lòng. Từ đó, suy nghĩ làm thế nào để “kéo” học sinh lại gần hơn với môn Lịch sử và các em không còn sợ học Lịch sử luôn thôi thúc cô Phạm Hồng Lê đổi mới phương pháp dạy học.
Sau nhiều năm tìm hiểu, năm 2014, cô Phạm Hồng Lê đã mạnh dạn đổi mới phương pháp dạy học của mình. Thời gian đầu, bằng đồng lương ít ỏi của nghề giáo, cô Lê đã tự bỏ kinh phí tổ chức cho học sinh đi trải nghiệm một số di tích trên địa bàn. Sự hào hứng của học sinh đã trở thành động lực để cô thiết kế bài giảng phù hợp có lồng ghép di sản, di tích vào mỗi nội dung. Đây là một trong những điểm khác biệt trong phương pháp giảng dạy của cô giáo Phạm Hồng Lê so với phương pháp dạy học truyền thống trước kia. Thay vì bị động tiếp nhận kiến thức, nay chính học sinh sẽ là chủ thể chủ động tiếp nhận kiến thức. Môn học Lịch sử không chỉ đơn thuần là kiến thức trong sách vở hay không gian lớp học, mà được mở rộng hơn khi học sinh tận mắt chứng kiến, khám phá các di tích lịch sử dưới sự hướng dẫn của cô giáo Phạm Hồng Lê.
Không chỉ vậy, để khơi dậy niềm đam mê với môn Lịch sử, cô Phạm Hồng Lê còn giúp các em được hóa thân thành chính những nhân vật lịch sử, tự tìm tòi, sưu tầm tranh ảnh hay tổ chức trò chơi lịch sử. Từ đó giúp kiến thức lịch sử vốn được coi là “khô, khó” trở nên gần gũi hơn, dễ nhớ, dễ hiểu hơn.
Em Vũ Thị Phượng, học sinh lớp 8A Trường Tiểu học và Trung học cơ sở Kỳ Đồng chia sẻ, trước đây, học Lịch sử em thấy rất khó hiểu vì nhiều dấu mốc, sự kiện. Tuy nhiên, với cách giảng dạy kiến thức gắn liền với trải nghiệm thực tế của cô Phạm Hồng Lê, giờ đây, những tiết học Lịch sử đã không còn là nỗi sợ, thay vào đó, học sinh đều hào hứng, chờ đón giờ học môn này.
Cô Phạm Hồng Lê cho biết, để có được tiết học mang lại hứng thú cho học sinh, bản thân cô đã dành nhiều thời gian soạn giáo án, tìm những tình huống thực tế, tổng hợp kiến thức của các bộ môn với hình thức thể hiện sinh động để lồng ghép vào bài giảng. Đến nay, cô đã tổ chức thành công cho học sinh đi trải nghiệm thực tế một số di tích lịch sử như đền Tiên La (xã Đoan Hùng, huyện Hưng Hà), Khu Di tích Quốc gia đặc biệt Khu lăng mộ và đền thờ các vị vua triều Trần (xã Tiến Đức, huyện Hưng Hà), Khu Di tích Cổ Loa (Hà Nội)… Bên cạnh đó, cô còn lập trang fanpage “Em yêu lịch sử Việt Nam” nhằm lưu trữ tài liệu hoạt động dạy học. Trang fanpage đã trở thành diễn đàn chung của thầy, cô, học sinh và phụ huynh trên địa bàn tỉnh Thái Bình có chung niềm yêu thích với Lịch sử.
Thầy giáo Chu Sỹ Nhất, Hiệu trưởng Trường Tiểu học và Trung học cơ sở Kỳ Đồng cho biết, cô giáo Phạm Hồng Lê là tấm gương nhà giáo tiêu biểu, với nhiệt huyết lan tỏa niềm đam mê môn Lịch sử cho học sinh. Một trong những đóng góp quan trọng của cô là đổi mới phương pháp dạy học gắn liền với di sản, di tích lịch sử địa phương, giúp học sinh yêu thích môn học hơn. Liên tiếp trong 4 năm học gần đây, chất lượng dạy và học môn Lịch sử do cô giáo Phạm Hồng Lê phụ trách luôn đạt kết quả cao. Nhiều chuyên đề bài giảng do cô thiết kế được nhân rộng như: Chuyên đề dạy học gắn liền với di sản tại Khu Di tích lăng mộ và đền thờ các vị vua triều Trần. Từ tấm gương sáng tạo của nhà giáo Phạm Hồng Lê, hiện nay, Trường Tiểu học và Trung học Cơ sở Kỳ Đồng đang tiếp tục từng bước đổi mới phương pháp ở các môn học khác.
Không chỉ tâm huyết với hoạt động chuyên môn, cô giáo Phạm Hồng Lê còn tích cực tham gia các cuộc thi sáng tạo do ngành Giáo dục và Đào tạo tổ chức. Năm học 2015 - 2016, cô giáo Phạm Hồng Lê đoạt giải Nhất cấp quốc gia về dạy học chủ đề tích hợp liên môn dành cho giáo viên trung học với đề tài “Nhà Trần với sự nghiệp đấu tranh bảo vệ quốc gia Đại Việt”.
Trong các Cuộc thi Sáng tạo khoa học kỹ thuật và công nghệ tỉnh Thái Bình những năm gần đây, các đề tài của cô giáo Phạm Hồng Lê đều đoạt giải cao và được ứng dụng rộng rãi trong ngành Giáo dục và Đào tạo địa phương. Với những cống hiến cho sự nghiệp trồng người, năm 2018, cô được nhận Bằng Lao động sáng tạo của Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam và là một trong những điển hình tại Đại hội Thi đua yêu nước tỉnh Thái Bình lần thứ VII vừa diễn ra tháng 10/2020.