Theo kết luận thanh tra, công trình kênh tiếp nước Suối Lách-Bàu Thiểm (huyện Hàm Thuận Bắc) và công trình kiên cố kênh mương hệ thống thủy lợi hồ Núi Đất - Suối Le, huyện Hàm Tân (hiện nay là thị xã La Gi) đều do Công ty Khai thác công trình thủy lợi Bình Thuận (nay là Công ty Trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Khai thác công trình thủy lợi Bình Thuận) làm chủ đầu tư.
Công trình kiên cố hóa kênh mương hệ thống thủy lợi Hồ Núi Đất - Suối Le với tổng mức đầu tư hơn 10 tỷ đồng, có mục tiêu cấp nước cho 490 ha lúa 3 vụ ở khu vực Suối Sâu và khu tưới kênh tiếp nước Suối Le. Công trình khởi công từ 2002 nhưng hiện nay vẫn đang thi công dở dang. Thậm chí, đoạn cuối của tuyến kênh chưa mang lại hiệu quả, lòng kênh khô cạn, không có nước, không cung cấp nước cho tuyến kênh phía dưới.
Việc chưa hoàn thành thi công các gói thầu dẫn đến một số hạng mục kênh chính Suối Le và kênh tiếp nước Suối Le chưa được gia cố bằng bê tông nên hiệu quả sử dụng chưa cao, chưa đạt mục tiêu của dự án. Đặc biệt, tại gói thầu số 4, đơn vị thi công chưa hoàn thành việc thi công theo hợp đồng, đã dừng thi công từ cuối năm 2003 nhưng các bên đã nghiệm thu nhiều hơn giá trị khối lượng thực tế thi công hơn 1,6 tỷ đồng.
Công trình kênh tiếp nước Suối Lách - Bàu Thiểm, được khởi công xây dựng năm 2006 nhưng đến nay chưa hoàn thành thi công công trình. Công trình này có chiều dài hơn 4,5 km, tổng mức đầu tư hơn 5 tỷ đồng với mục tiêu cấp nước tưới cho 350 ha đất canh tác và cấp nước tưới bổ sung cho các kênh hiện hữu của hệ thống thủy lợi Sông Quao, huyện Hàm Thuận Bắc. Công trình đang dở dang, chưa hoàn thành, chưa nghiệm thu đưa vào sử dụng. Công trình hiện không cung cấp nước được cho tuyến kênh phía dưới, gây lãng phí vốn đầu tư xây dựng.
Chủ đầu tư đã tạm ứng Kho bạc Nhà nước tỉnh chi phí đền bù giải tỏa hơn 400 triệu đồng từ năm 2009 nhưng đến nay chưa thực hiện thủ tục hoàn ứng. Xí nghiệp Khai thác công trình thủy lợi La Ngà chưa hoàn thành việc thi công theo hợp đồng đã ký kết, đã dừng thi công từ tháng 1/2009 nhưng các bên đã nghiệm thu nhiều hơn khối lượng thực tế thi công hơn 1,1 tỷ đồng.
Sau khi nghiệm thu thanh toán, các đơn vị đã dừng thi công trong thời gian dài nhưng chủ đầu tư không đôn đốc các đơn vị phải tiếp tục thi công hoàn thành theo khối lượng đã nghiệm thu thanh toán và theo hợp đồng ký kết, không có biện pháp xử lý và không báo cáo, đề xuất với cơ quan có thầm quyền xem xét, xử lý theo quy định.
Theo kết luận thanh tra, công trình kênh tiếp nước Suối Lách - Bàu Thiểm chỉ mới thi công đạt khoảng 56% giá trị khối lượng theo hợp đồng. Đến nay, công trình không đưa vào sử dụng được, không mang lại hiệu quả, không đạt được mục tiêu dự án đầu tư, gây lãng phí, nguy cơ gây thiệt hại về vốn đầu tư xây dựng công trình.
Kết luận thanh tra nêu rõ: Các đơn vị thi công chưa hoàn thành khối lượng thi công theo hợp đồng nhưng các bên liên quan đã tổ chức nghiệm thu vượt khối lượng thực tế, trong đó đã thanh toán cho đơn vị thi công số tiền nhiều hơn giá trị khối lượng thực tế thi công của 2 công trình trên là 2,7 tỷ đồng. Qua đó cho thấy, Công ty Khai thác công trình thủy lợi Bình Thuận và các đơn vị có liên quan có biểu hiện cố ý, tùy tiện trong việc nghiệm thu thanh toán khối lượng hoàn thành và Công ty có biểu hiện thiếu trách nhiệm trong quản lý đầu tư xây dựng công trình được giao làm chủ đầu tư.
Nếu không thanh, kiểm tra phát hiện, thu hồi tiền thì sẽ có nguy cơ gây thất thoát ngân sách nhà nước hơn 2,7 tỷ đồng. Những hành vi nêu trên có dấu hiệu của các tội Vi phạm quy định về đầu tư xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng, Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng quy định tại Điều 224 Bộ Luật Hình sự năm 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017) và Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng quy định tại Điều 360 Bộ Luật Hình sự năm 2015 (sửa đổi, bổ sung năm 2017).
Trên cơ sở kết luận thanh tra, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh Bình Thuận giao Thanh tra tỉnh chuyền hồ sơ vụ việc sang Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh tiếp tục điều tra dấu hiệu về các tội Vi phạm các quy định về xây dựng quy định, Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.