Hội đồng tư vấn tự chủ bệnh viện chịu trách nhiệm hướng dẫn, tư vấn những vấn đề vướng mắc liên quan đến hoạt động tự chủ tài chính của các bệnh viện, đồng thời tham mưu UBND Thành phố giải pháp giải quyết các vướng mắc liên quan đến hoạt động của các bệnh viện.
Thành viên Hội đồng tư vấn bao gồm lãnh đạo các sở, ngành như: Y tế, Tài chính, Kế hoạch đầu tư, Tư pháp…
Giá viện phí chưa được tính đúng, tính đủ là trở ngại và ảnh hưởng lớn nhất đến hoạt động của các bệnh viện trong nhiều năm qua khi chuyển đổi sang cơ chế tự chủ tài chính.
Theo Sở Y tế TP Hồ Chí Minh, đến nay, TP Hồ Chí Minh có 45/50 bệnh viện đã thực hiện tự chủ chi thường xuyên nhưng giá dịch vụ khám, chữa bệnh cũng chỉ mới kết cấu 2 trong 4 yếu tố là kinh phí tiền lương và các chi phí trực tiếp, còn các chi phí khác vẫn chưa được tính đúng tính đủ. Để ổn định nguồn thu chính đáng cho các bệnh viện, rất cần sớm điều chỉnh giá viện phí theo hướng tính đúng tính đủ. Hai yếu tố quan trọng mang tính quyết định cho sự thành công khi chuyển đổi các bệnh viện công lập sang mô hình tự chủ tài chính là điều chỉnh giá dịch vụ khám, chữa bệnh theo hướng tính đúng, tính đủ và thay đổi cấu trúc quản lý bệnh viện tương ứng.
Bên cạnh đó, trong quá trình hoạt động theo mô hình tự chủ, giám đốc bệnh viện sẽ gặp khó khăn khi ra các quyết định liên quan đến việc sử dụng nguồn lực của bệnh viện mà thiếu tư vấn, thảo luận của các chuyên gia am hiểu sâu về các lĩnh vực kinh tế, pháp luật, đầu tư… Như vậy, nếu chuyển sang mô hình quản lý mới là tự chủ tài chính mà vẫn giữ cấu trúc bộ máy quản lý cũ hoạt động theo kế hoạch và ngân sách được giao thì bệnh viện luôn trong tình trạng có nhiều nguy cơ và rủi ro.
Sở Y tế TP Hồ Chí Minh cho biết, kinh nghiệm của một số nước trong giải quyết trở ngại này là chuyển đổi mô hình quản lý bệnh viện kiểu cũ sang mô hình hội đồng quản lý bệnh viện 2 cấp. Chẳng hạn như tại Cộng hoà Síp, với sự hỗ trợ của các chuyên gia Ngân hàng Thế giới và Tổ chức Y tế Thế giới, quốc gia này đã chuyển đổi cấu trúc quản lý bệnh viện kiểu cũ sang mô hình hội đồng quản lý bệnh viện 2 cấp.
Theo đó, Hội đồng quản trị (Board of Directors – BOD) là hội đồng cao nhất, ngoài Chủ tịch và Phó chủ tịch, Hội đồng quản trị còn bao gồm các thành viên chính phủ đại diện của các Bộ (Sở) Tài chính, Bộ (Sở) Y tế, đại diện chính quyền địa phương, đại diện người bệnh (hội đồng người bệnh) và các Giám đốc và Phó giám đốc chuyên môn của bệnh viện. Dưới Hội đồng quản trị là Ban điều hành bệnh viện (Executive Board) bao gồm các Giám đốc, Phó giám đốc và các Trưởng phòng chức năng như hiện nay.
Sau 20 năm chuyển đổi từ cơ chế ngân sách nhà nước đảm bảo toàn bộ chi phí hoạt động sang cơ chế tự chủ chi thường xuyên, kết quả đạt được rõ nét nhất là ngân sách Thành phố chi cho lĩnh vực y tế đã giảm từ 7% (năm 2016) xuống còn 2% (năm 2020). Một số bệnh viện phát triển tốt cả về chuyên môn kỹ thuật lẫn chất lượng phục vụ người bệnh.