Theo quyết định của Tổng cục Đường bộ Việt Nam, trạm thu phí cầu Hạc Trì sẽ được kiểm tra, giám sát việc xuất, thu hồi vé và doanh thu từng ca; giám sát công tác hệ thống thiết bị phòng hậu kiểm; giám sát soát vé bên ngoài cabin; giám sát thu phí thủ công tại trạm thu phí; xác định lưu lượng xe qua trạm thu phí cầu Hạc Trì theo từng loại xe theo quy định của Hợp đồng BOT; giám sát việc tuân thủ về tổ chức giao thông qua cầu Việt Trì, cầu Hạc Trì trên Quốc lộ 2, tỉnh Phú Thọ.
Tổng cục Đường bộ Việt Nam giao ông Trần Văn Sơn, Cục trưởng Cục Quản lý đường bộ I làm Trưởng Đoàn kiểm tra và thành lập Đoàn kiểm tra gồm các công chức, viên chức thuộc Cục Quản lý đường bộ I đồng thời báo cáo kết quả về Tổng cục Đường bộ Việt Nam sau khi kết thúc quá trình kiểm tra, giám sát.
Trước đó, nhà đầu tư dự án BOT cầu Hạc Trì được Bộ Giao thông Vận tải cho phép thu phí theo phương án tài chính đã được phê duyệt, đồng thời tổ chức phân luồng giao thông, đặt biển báo cấm ô tô qua cầu Việt Trì. Tuy nhiên, khi thực hiện, nhiều ô tô vẫn đi qua cầu Việt Trì. Do lo ngại nguy cơ mất an toàn giao thông và nguy cơ phá sản phương án thu phí hoàn vốn, nhà đầu tư đã gửi nhiều văn bản đề nghị giải quyết đến các cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
Sau đó, Tổng cục Đường bộ Việt Nam đã có văn bản chỉ đạo, yêu cầu thực hiện biện pháp kỹ thuật như: lắp đặt ụ nổi, rào chắn và kèm theo các thiết bị đảm bảo an toàn giao thông để ngăn chặn ô tô cố tình vi phạm, đi lên cầu Việt Trì. Tuy nhiên, việc lắp đặt các ụ nổi và phân luồng giao thông như trên khiến việc đi lại của người dân địa phương hai bên đầu cầu phát sinh nhiều vấn đề.
Chính vì thế ngày 1/8, Cục Quản lý đường bộ I đã dỡ các ụ nổi, rào chắn tại cầu Việt Trì và cho phép các phương tiện xe máy, xe thô sơ và xe ô tô dưới 7 chỗ đi qua. Tuy nhiên nhà đầu tư cho rằng, với doanh thu thấp hơn phương án tài chính hiện nay, nhà đầu tư BOT cầu Hạc Trì không có khả năng hoàn vốn đầu tư.