Theo Trung tâm quan trắc Môi trường và Bệnh thủy sản Miền Bắc, nguyên nhân dẫn đến cá chết hàng loạt có thể là do yếu tố gây độc trong môi trường nước.
Giả thiết đặt ra rằng, yếu tố gây độc có thể bắt nguồn từ nguồn nước thải chưa được xử lý, được đổ trực tiếp ra sông, biển, hòa lẫn vào nước biển và ngay khi đó gặp thủy triều lên tiến sâu vào đất liền gây độc cho cá.
Tuy nhiên, do tính chất thủy triều lên xuống trong ngày, kết hợp với thời gian nên yếu tố gây độc sẽ không còn đủ độc tính gây chết cho cá nữa, do đã được hòa loãng với nước biển theo thủy triều. Do vậy, yếu tố độc gây ra hiện tượng cá chết hàng loạt vẫn chưa xác định được cụ thể.
Trước tình hình trên, Trung tâm quan trắc Môi trường và Bệnh thủy sản Miền Bắc đã đề nghị các cơ quan chức năng địa phương kiểm tra, rà soát lại hệ thống xử lý nguồn nước thải của tất cả các công ty, nhà máy chế biến, khu công nghiệp trong vùng, cần thực hiện việc quan trắc thường xuyên chất lượng nước (bao gồm cả các chất độc từ thuốc, hóa chất nông nghiệp và chất thải công nghiệp) ở các khu vực chịu ảnh hưởng của nước thải nội đồng hoặc chất thải công nghiệp, đặc biệt ở các nguồn nước phục vụ cho hoạt động nuôi trồng thủy sản; đối với vùng nuôi tôm đã lấy nước vào ao trong thời gian cảnh báo nêu trên, cần kiểm tra lại nguồn nước đảm bảo an toàn trước khi thả tôm giống.
Trước đó, ngày 6/4, bất ngờ hàng vạn cá nuôi lồng, bè ở các hộ khu vực ven biển thị xã Kỳ Anh (tỉnh Hà Tĩnh) chết hàng loạt. Sự việc cá chết từ trước đến nay chưa xuất hiện ở vùng biển được cho là rất sạch của thị xã Kỳ Anh. Người dân nuôi trồng thủy sản rất hoang mang trước tình trạng cá chết bất thường.
Chỉ trong vòng ba ngày từ 6/4 đến 8/4, hàng tấn cá nuôi lồng bè sắp đến ngày thu hoạch và hơn 39.000 con cá hồng, cá chẽm 2 tháng tuổi của các hộ nuôi ở các xã Kỳ Lợi, Kỳ Hà, Kỳ Ninh và cá tự nhiên ở vùng biển quanh đảo Sơn Dương, vùng gần bờ biển khu vực cảng Vũng Áng, cửa sông Hải Khẩu đã chết đồng loạt, gây thiệt hại lớn cho các hộ nuôi.