Theo đó, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn triển khai nhiệm vụ xây dựng, trình Thủ tướng Chính phủ ban hành quyết định quy định chi tiết nguyên tắc, tiêu chí, định mức phân bổ vốn ngân sách Trung ương và tỷ lệ vốn đối ứng từ ngân sách địa phương còn chậm so với kế hoạch được giao tại Quyết định số 1689/QĐ-TTg ngày 11/10/2021 của Thủ tướng Chính phủ. Bộ này cũng chậm trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt ban hành Bộ tiêu chí đánh giá phân hạng sản phẩm OCOP; chưa hoàn thành việc xây dựng chỉ số, biểu mẫu giám sát, đánh giá Chương trình mục tiêu quốc gia xây dựng nông thôn mới theo quy định tại Điều 32 Nghị định số 27/2022/NĐ-CP ngày 19/4/2022 của Chính phủ. Ngoài ra, việc đôn đốc, lấy ý kiến của một số bộ, ngành đối với dự thảo của 5 Chương trình hỗ trợ Chương trình mục tiêu quốc gia chưa đáp ứng thời gian theo yêu cầu tại các văn bản của Văn phòng Chính phủ.
Công tác xây dựng phương án phân bổ vốn, giao vốn giai đoạn 5 năm 2021 - 2025, hàng năm của Chương trình còn một số tồn tại trong việc xác định nguồn dữ liệu về số xã đạt chuẩn nông thôn mới, số xã khu vực III làm ảnh hưởng tới số vốn ngân sách Trung ương giao cho một số địa phương. Bên cạnh đó, một số địa phương đã được bố trí hỗ trợ vốn cao hơn so với phương án rà soát lại 358,39 tỉ đồng, trong khi một số địa phương được bố trí vốn hỗ trợ thấp hơn 150,46 tỉ đồng.
Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chưa chủ trì, phối hợp với các bộ, cơ quan trung ương, địa phương liên quan lập Kế hoạch Chương trình giai đoạn 5 năm gửi Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính theo quy định tại Nghị định số 27/2022/NĐ-CP ngày 19/4/2022 của Chính phủ làm cơ sở để trình Thủ tướng Chính phủ giao kinh phí sự nghiệp giai đoạn 5 năm trong cơ cấu vốn ngân sách cho các cơ quan chủ quản Chương trình.
Đến nay, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chưa nhận được dự toán chi cũng như số liệu quyết toán dự toán ngân sách được giao cho chương trình mục tiêu quốc gia của các bộ, cơ quan trung ương, địa phương. Tồn tại này đã làm ảnh hưởng đến việc theo dõi, tổng hợp số liệu dự toán giao cho các cấp ngân sách và công tác quyết toán phần dự toán ngân sách nhà nước giao cho các chủ Chương trình. Đây là nguyên nhân chủ yếu dẫn đến việc cơ quan chủ trì Chương trình là Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn không có đủ cơ sở thực hiện lập báo cáo tổng hợp tình hình kinh phí, quyết toán kinh phí của Chương trình để báo cáo Chính phủ trình Quốc hội theo quy định. Ngoài ra, Kiểm toán nhà nước cũng chỉ ra những chậm trễ, bất cập trong quá trình triển khai Chương trình mục tiêu quốc gia của các Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính và một số bộ, ngành liên quan.
Tại 13 địa phương được kiểm toán, kết quả thực hiện một số chỉ tiêu chưa đạt so với chỉ tiêu, kế hoạch được Thủ tướng Chính phủ giao tại Quyết định số 653/QĐ-TTg ngày 28/5/2022. Cụ thể, 6/13 địa phương chưa hoàn thành chỉ tiêu số huyện được công nhận đạt chuẩn/hoàn thành nhiệm vụ xây dựng nông thôn mới nâng cao; 1/1 địa phương chưa hoàn thành chỉ tiêu huyện đạt chuẩn nông thôn mới nâng cao; 5/13 địa phương chưa hoàn thành tỷ lệ xã đạt chuẩn nông thôn mới nâng cao; 7/13 địa phương chưa hoàn thành tỷ lệ xã nông thôn mới nâng cao; 3/6 địa phương chưa hoàn thành tỷ lệ xã nông thôn mới nâng cao kiểu mẫu.
Bên cạnh đó, qua kết quả kiểm toán các dự án đầu tư tại các địa phương được kiểm toán cho thấy, còn một số tồn tại trong việc xác định tổng mức đầu tư dự án; công tác khảo sát, thiết kế tại một số dự án thuộc Chương trình chưa tuân thủ đầy đủ quy định về thiết kế. Công tác lập, thẩm định, phê duyệt dự toán còn sai sót về khối lượng, chưa phù hợp với các quy định làm tăng giá trị dự toán đã được phê duyệt là 15.101 triệu đồng. Công tác quản lý, thực hiện nghiệm thu, thanh toán tại nhiều dự án vẫn có sai sót về xác định khối lượng, đơn giá, kết quả kiểm toán kiến nghị giảm 10.460 triệu đồng.
Qua kiểm toán, Kiểm toán nhà nước đã kiến nghị xử lý tài chính 145.728 triệu đồng, trong đó thu hồi nộp ngân sách các khoản chi sai quy định 46,3 triệu đồng; thu hồi kinh phí thừa 36.724 triệu đồng; giảm thanh toán 6.597 triệu đồng; bố trí vốn ngân sách địa phương hoàn trả cho chương trình 102.360 triệu đồng. Cơ quan này cũng kiến nghị xử lý khác 307.259 triệu đồng, trong đó chủ yếu là điều chỉnh không tổng hợp vào quyết toán kinh phí của Chương trình giai đoạn 2021 - 2025 là 298.932 triệu đồng.
Kiểm toán nhà nước yêu cầu các địa phương được kiểm toán, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn và các bộ, ngành có liên quan phải chấn chỉnh nhiều bất cập, thiếu sót nhằm nâng cao hiệu quả quản lý, sử dụng nguồn vốn đầu tư cho Chương trình.