Bộ Quốc phòng Armenia thông báo lực lượng Armenia đẩy lùi các cuộc tấn công của Azerbaijan tại nhiều chiến tuyến, gây nhiều thương vong cho phía Azerbaijan. Phía Azerbaijan đã pháo kích quy mô lớn vào các vị trí của Armenia chuẩn bị cho cuộc tấn công mới.
Trong khi đó, Bộ Quốc phòng Azerbaijan thông báo giao tranh dữ dội tiếp tục qua đêm khi cuộc phản công của Armenia nhằm giành lại các vị trí bị mất vào tay lực lượng Azerbaijan bị đẩy lùi. Một đoàn xe cơ giới Armenia và một đơn vị pháo bị vô hiệu hóa. Sáng 29/9, lực lượng Azerbaijjan tiếp tục tấn công vào thành phố Fizuli, phá hủy 4 xe tăng, 1 xe bọc thép và làm hàng chục binh lính Armenia thiệt mạng.
Tổng số người thiệt mạng đã tăng lên 95 trong ngày 28/9, khi chính quyền vùng Karabakh thông báo 84 tay súng và 11 dân thường (9 về phía Azerbaijan và 2 về phía Armenia) thiệt mạng trong các cuộc giao tranh. Azerbaijan không thông báo số thương vong của quân đội.
Trước tình hình xung đột leo thang giữa Armenia và Azerbaijan, HĐBA dự kiến sẽ họp kín chiều 29/9 (theo giờ Mỹ) nhằm thảo luận khẩn cấp về tình hình Nagorny-Karabakh.
Yerevan và Baku vướng vào cuộc tranh chấp lãnh thổ kéo dài nhiều thập kỷ qua tại khu vực Nagorny-Karabakh, nơi cư trú chủ yếu là người Armenia. Khu vực này tuyên bố độc lập khỏi Azerbaijan sau cuộc chiến đẫm máu vào đầu thập niên 1990 làm 30.000 người thiệt mạng, nhưng đến nay vẫn chưa được cộng đồng quốc tế công nhận.