Vụ việc xảy ra vào khoảng 8h15 ngày 13/8 (giờ địa phương, tức 6h15 theo giờ Việt Nam), khi tàu chở sỏi trọng tải 492 tấn va chạm với một du thuyền gần đảo Hoto, tỉnh Oita. Thời điểm đó, trên tàu chở sỏi có 5 thủy thủ và tất cả đều an toàn.
Du thuyền được cho là chở nhiều người, song chưa rõ con số cụ thể. Đến 10h00 cùng ngày, lực lượng cứu hộ tìm thấy một người đàn ông gần hiện trường và đã nhanh chóng đưa vào bệnh viện cấp cứu; người này sau đó được xác nhận đã tử vong. Song song với đó, 6 tàu và 1 máy bay đang được huy động nhằm tìm kiếm những người mất tích từ du thuyền.
Cơ quan chức năng cho biết biển lặng vào thời điểm xảy ra tai nạn nhưng tầm nhìn kém. Nguyên nhân vụ việc đang được điều tra.