Phát biểu tại cuộc họp báo, Bộ trưởng Iwaya cho biết: "Chúng tôi tin rằng nhiều khả năng viên phi công đã bị mất phương hướng về không gian và không ý thức về việc này". Theo ông, bất kỳ phi công nào cũng có thể rơi vào hoàn cảnh trên tùy theo trình độ và kinh nghiệm của họ.
Theo Bộ Quốc phòng Nhật Bản, không có dấu hiệu nào cho thấy viên phi công 41 tuổi nói trên đã tìm cách thoát ra khỏi máy bay và có thể đã mất phương hướng ngay trước khi xảy ra vụ việc.
Tuyên bố trên đồng nghĩa với việc bác bỏ các nguyên nhân khác như vấn đề về phần mềm hoặc lỗi kỹ thuật gây ra vụ rơi máy bay tân tiến này. Đánh giá của Bộ Quốc phòng Nhật Bản có thể khiến các nước khác đang vận hành hoặc có kế hoạch mua loại máy bay này, như Anh, Mỹ, Australia... "thở phào nhẹ nhõm".
Hiện công tác điều tra manh mối nguyên nhân vụ rơi máy bay đang rất được chú ý trong bối cảnh Tokyo có kế hoạch mua 105 máy bay F-35A của Mỹ với giá 11,6 tỷ yen (107 triệu USD)/chiếc. Thương vụ máy bay chiến đấu lớn nhất này có thể sẽ bị ảnh hưởng bởi kết quả điều tra.
Hiện Lực lượng phòng vệ trên không Nhật Bản (ASDF) đang phân tích các dữ liệu radar và các bản ghi liên lạc giữa phi công của máy bay gặp nạn với với 3 máy bay F-35A khác trong quá trình tập huấn.
Tối 9/4, một máy bay F-35 thuộc đội bay số 302, Không đoàn bay số 3 của ASDF đồn trú tại căn cứ Misawa, đã biến mất khỏi màn hình radar trong quá trình huấn luyện bay, và rơi xuống biển khoảng 28 phút sau khi cất cánh. Sau sự cố, Bộ Quốc phòng đã ra lệnh ngừng hoạt động bay của toàn bộ đội bay F35.
Đây là vụ rơi máy bay F-35A đầu tiên được ghi nhận trên thế giới. Nhật Bản đã ngừng tìm kiếm máy bay sau khi thu thập được một số mảnh vỡ và bộ ghi dữ liệu bay. Tuy nhiên, bộ phận nay đã bị hư hại nặng.
Ngày 7/6, Bộ Quốc phòng xác nhận phi công Akinori Hosomi đã thiệt mạng, nhiều phần thi thể của ông đã được tìm thấy trên biển, cùng với các mảnh vỡ của máy bay.