Theo đó, Chánh Văn phòng UBND tỉnh, Giám đốc Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Giám đốc Vườn Quốc gia U Minh Hạ, Giám đốc Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau, Chủ tịch UBND các huyện U Minh, Trần Văn Thời, Phú Tân, Năm Căn, Ngọc Hiển và các cơ quan, đơn vị có liên quan phối hợp thực hiện tốt quy chế quản lý Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Mũi Cà Mau.
Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn chịu trách nhiệm tham mưu UBND tỉnh, Chủ tịch UBND tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về quản lý, bảo vệ tài nguyên rừng, thủy sản và phát triển bền vững Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Mũi Cà Mau theo quy định của pháp luật Việt Nam và Điều ước Quốc tế.
UBND các huyện U Minh, Trần Văn Thời, Phú Tân, Năm Căn và Ngọc Hiển phối hợp thực hiện tốt nhiệm vụ quản lý, bảo tồn tài nguyên thiên nhiên và phát triển bền vững Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Mũi Cà Mau trên phạm vi địa giới hành chính của địa phương theo quy định của pháp luật Việt Nam.
Các cơ quan, đơn vị có trách nhiệm chia sẻ thông tin liên quan đến tài nguyên của Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Mũi Cà Mau và các hoạt động thuộc đơn vị phụ trách cho cơ quan Thường trực Ban Quản lý Khu sinh quyển để thực hiện chức năng quản lý, điều phối...
Nội dung quản lý Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Mũi Cà Mau tập trung vào việc quản lý tổng thể nhằm hướng đến mục tiêu điều hòa các mối quan hệ giữa con người và môi trường để đảm bảo sự cân bằng của hệ sinh thái nhân văn trong phạm vi Khu sinh quyển; phát triển kinh tế - xã hội kết hợp bảo vệ môi trường và bảo tồn hệ sinh thái, đa dạng sinh học. Lĩnh vực quản lý hành chính sẽ tập trung vào các nội dung chính như: Điều tra, đánh giá, lập kế hoạch quản lý, sử dụng tài nguyên lâm nghiệp, thủy sản; bảo vệ đa dạng sinh học; phát triển năng lượng sạch, năng lượng tái tạo; nâng cao trách nhiệm bảo vệ môi trường của tổ chức, cá nhân hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ; bảo vệ môi trường đối với các làng nghề; quản lý xây dựng công trình phục vụ du lịch sinh thái, nghỉ dưỡng, giải trí trong các phân khu; phát triển du lịch sinh thái; hợp tác trong nước và quốc tế.
Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Mũi Cà Mau có tổng diện tích 371.506ha nằm trên địa bàn các huyện U Minh, Trần Văn Thời, Phú Tân, Năm Căn và Ngọc Hiển. Trong đó, vùng lõi có diện tích 17.353ha, được chia thành 3 vùng: Vùng lõi 1 có diện tích 12.203ha năm trong phân khu bảo vệ nghiêm ngặt của Vườn Quốc gia Mũi Cà Mau. Vùng lõi 2 có diện tích 2.594ha nằm trong phân khu bảo vệ nghiêm ngặt của Vườn Quốc gia U Minh Hạ. Vùng lõi 3 có diện tích 2.556ha thuộc dải rừng phòng hộ ven biển Tây tỉnh Cà Mau.
Quy chế quản lý Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Mũi Cà Mau (ban hành kèm theo Quyết định số 36 của UBND tỉnh) xác định rõ vùng lõi là khu dành riêng cho bảo tồn đa dạng sinh học, giám sát diễn thế các hệ sinh thái; cho phép các hoạt động nghiên cứu khoa học, giáo dục mà không làm ảnh hưởng đến tính đa dạng sinh học của khu vực. Nhiệm vụ chính của vùng lõi là bảo tồn hệ sinh thái tự nhiên còn tương đối nguyên vẹn, bảo tồn các nguồn gen động và thực vật quý hiếm, các loài đặc hữu của Khu sinh quyển.
Diện tích vùng đệm Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Mũi Cà Mau có diện tích là 43.527ha, được chia thành hai vùng gồm vùng đệm nội địa có diện tích 8.993ha và vùng đệm ven biển có diện tích 34.534ha. Vùng đệm là khu vực bao quanh vùng lõi, góp phần hạn chế các hoạt động của con người, giúp cho việc bảo tồn đa dạng sinh học ở các vùng lõi. Nhiệm vụ chính của vùng đệm là phục hồi hệ sinh thái rừng, nghiên cứu cơ cấu phục vụ yêu cầu bảo tồn, tuyên truyền giáo dục kết hợp dịch vụ du lịch sinh thái.
Ngoài ra, vùng chuyển tiếp Khu Dự trữ sinh quyển thế giới Mũi Cà Mau có diện tích 310.626 ha; trong đó bao gồm vùng nội địa là 94.688ha, vùng biển là 215.938 ha. Đây là vùng tập trung đông cộng đồng dân cư địa phương nên cần được khuyến khích phát triển các loại hình kinh tế phù hợp với yêu cầu phát triển bền vững, tăng thu nhập cho người dân. Bên cạnh đó, tỉnh khuyến khích phát triển các hệ thống sử dụng bền vững đất, nước; xây dựng các chương trình phát triển cơ sở hạ tầng; chức năng hỗ trợ của các dự án giáo dục môi trường; nghiên cứu khảo sát, bảo vệ và phát triển rừng; các hoạt động sinh kế cộng đồng.