Căn cứ vào mức độ, tính chất hành vi vi phạm nghiêm trọng của vụ việc, UBND huyện Thái Thụy đã chuyển hồ sơ vụ việc này sang Công an huyện Thái Thụy để điều tra.
Trước đó, khi phát hiện hành vi vi phạm về lĩnh vực lâm nghiệp, ngày 7/10/2019, UBND xã Thụy Trường đã tiến hành kiểm tra và lập biên bản vi phạm hành chính về lĩnh vực lâm nghiệp đối với ông Nguyễn Sỹ Bốn. Diện tích rừng bị xâm hại được xác định bằng phương pháp thủ công, đo bằng thước dây, là 10.013 m2.
Đến ngày 20/10/2019, UBND xã Thụy Trường điện thoại báo cáo Hạt Kiểm lâm Thái Thụy, nhưng không báo cáo UBND huyện và các ngành chức năng của huyện Thái Thụy.
Đến đầu tháng 11/2019, nhận được tin báo của nhân dân về vụ việc này, UBND huyện Thái Thụy đã chỉ đạo Phòng Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn cùng các đơn vị liên quan, UBND xã Thụy Trường tổ chức khảo sát, kiểm tra tại thực địa.
Kết quả kiểm tra, xác minh tại khu vực lõi rừng phòng hộ, khu vực số 2, tiếp giáp cửa sông Hóa, thuộc địa phận xã Thụy Trường được giao quản lý có hiện tượng người dân - ông Nguyễn Sỹ Bốn tự ý chặt phá cây rừng, đào đất đắp bờ, để quai lấn mở rộng diện tích đầm nuôi trồng thủy sản...
Đến ngày 11/11/2019, Chi cục Kiểm lâm Thái Bình, Phòng Nông nghiệp và Phát triển nông thôn huyện Thái Thụy, UBND xã Thụy Trường cùng tiến hành kiểm tra xác định diện tích vi phạm, đánh giá diện tích rừng bị xâm hại bằng máy định vị GPS là 7.532 m2...
Tuy vậy, ông Nguyễn Sỹ Bốn đề nghị được xem xét lại diện tích rừng bị xâm hại do cơ quan chức năng xác định nói trên, vì trong đó có diện tích lạch nước và bờ đất cũ không có rừng. Một số hộ dân nuôi trồng, đánh bắt hải sản cạnh khu vực rừng ông Bốn vi phạm cũng có đơn đề nghị các cấp xem xét lại diện tích vi phạm của ông Bốn, vì trong đó có diện tích lạch nước và bờ đất cũ.
Đến ngày 27/11/2019, một lần nữa, Tổ công tác của huyện Thái Thụy, Chi cục Kiểm lâm Thái Bình, Hạt kiểm lâm Thái Thụy, UBND xã Thụy Trường cùng đối tượng vi phạm và một số người dân làm chứng, lại tiến hành xác định lại diện tích rừng phòng hộ bị xâm hại. Kết quả đo đạc bằng máy GPS cho thấy có 7.541 m2 rừng phòng hộ đã bị xâm hại...