Nhằm tạo thuận lợi cho doanh nghiệp vận tải và thói quen đi lại của người dân, trong thời gian 3 tháng đầu, các đơn vị vận tải thuộc 24 tuyến phải di dời, tạm thời được tiếp tục lưu đậu và đón trả khách tại Bến xe miền Đông hiện hữu (quận Bình Thạnh), trước khi đến Bến xe miền Đông mới tại quận 9 hoàn tất các thủ tục xuất bến theo quy định. Tại bến xe hiện hữu, được tổ chức bán vé ủy thác cho các tuyến đường có đầu bến tại Bến xe miền Đông mới.
Ông Nguyễn Hoàng Huy cho biết, để chủ động cho di dời các tuyến xe, Bến xe miền Đông đã thông tin đến doanh nghiệp vận tải làm thủ tục, ký hợp đồng với bến mới. Đồng thời, các đơn vị cũng cần tuyên truyền, hướng dẫn cho khách bằng những hình thức treo băng rôn, trên kênh thông tin...
Ngoài ra, giai đoạn đầu khi bến xe mới khai thác có hai tuyến xe buýt 603 và 604 kết nối trực tiếp từ bến xe hiện hữu ngang qua bến mới và còn nhiều tuyến xe buýt khác có lộ trình đi qua bến xe mới như 150, 601, 602, 55, 76, 67...
Trước kiến nghị từ các doanh nghiệp vận tải về việc bến xe cần tạo điều kiện hỗ trợ cho các doanh nghiệp, ông Lê Thanh Quang (Công ty cổ phần vận tải tốc hành Mai Linh) đề nghị, bến xe tạo điều kiện hỗ trợ cho doanh nghiệp được ghép phòng vé để giảm chi phí. Trong thời gian sắp xếp di dời ra bến mới, nếu giữ lại phòng vé ở bến cũ thì đội chi phí còn nếu ủy thác cho bến thì doanh thu sụt giảm. Do vậy có sự thống nhất giữa các đơn vị tạo điều kiện cho doanh nghiệp lưu lại bến xe cũ.
Trong kế hoạch đưa Bến xe miền Đông mới vào hoạt động, Sở Giao thông Vận tải Tp. Hồ Chí Minh cho biết, có hai hành trình cho xe đi và đến bến này. Nếu theo Quốc lộ 1 sẽ qua cầu Đồng Nai và ngược lại.
Trường hợp đi cao tốc TP Hồ Chí Minh - Long Thành - Dầu Giây, theo hành trình đường Hoàng Hữu Nam - đường D400 - Quốc lộ 1 - điểm quay đầu trước Nghĩa trang Liệt sĩ Thành phố - Quốc lộ 1 - Xa lộ Hà Nội - đường D1 - đường D2 Khu Công nghệ cao - cầu Phú Hữu - đường Võ Chí Công - vòng xoay Phú Hữu - cao tốc TP Hồ Chí Minh - Long Thành - Dầu Giây và ngược lại.
Bến xe miền Đông mới khởi công tháng 4/2017 trên diện tích 16 ha, tổng vốn đầu tư khoảng 4.000 tỷ đồng, trong đó giai đoạn một khoảng 740 tỷ đồng. Bến xe có thể phục vụ hơn 7 triệu lượt khách mỗi năm. Bến xe được quy hoạch có 71 tuyến theo danh mục được Bộ Giao thông Vận tải công bố.