Theo Thứ trưởng Bộ NN&PTNT Phùng Đức Tiến, diện tích lúa bị ngập úng, thiệt hại sau bão số 3 lên tới 113.593 ha, tập trung tại các tỉnh, thành phố: Hải Phòng 7.005 ha, Thái Bình 18.000 ha, Hà Nội 15.563 ha, Hưng Yên 12.119 ha, Hải Dương 18.500 ha, Hà Nam 11.220 ha, Lạng Sơn 3.688 ha, Bắc Giang 4.822 ha, Bắc Ninh 9.601 ha, Vĩnh Phúc 6.000 ha...
Diện tích hoa màu bị ngập úng, thiệt hại lên tới 22.047 ha, chủ yếu ở Hoà Bình, Thái Bình, Bắc Ninh, Hải Dương, Hà Nội…
Diện tích cây ăn quả bị hư hại lên tới 6.887ha (tăng 1.860ha so với báo cáo ngày 7/9); tập trung tại Hải Phòng, Thái Bình, Hưng Yên, Hải Dương…
Bên cạnh đó, thống kê đến ngày 9/9, có 121.668 cây xanh bị gãy đổ, riêng tại Hà Nội có 24.807 cây xanh bị gãy đổ. Số lượng lồng bè nuôi trồng thuỷ sản trên biển bị hư hỏng, cuốn trôi là trên 1.500 lồng bè (tăng 384 lồng bè so với báo cáo ngày 7/9). Trong đó, Quảng Ninh bị thiệt hại lớn nhất là 1.000 lồng bè hư hỏng, bị cuốn trôi, 25 tàu thuyền các loại bị chìm tại nơi neo đậu.
Ngoài ra, có 79 con gia súc, 190.131 con gia cầm bị thiệt hại, tập trung ở Hải Dương, với trên 186.000 con gia cầm.
Thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, Bộ NN&PTNT đã thành lập đoàn công tác đến các địa phương rà soát, áp dụng chính sách hỗ trợ người dân thiệt hại hoa màu, thủy sản do bão, khôi phục sản xuất... theo đúng tinh thần gọn nhẹ, nhanh chóng, kịp thời, hiệu quả.
Cục Thuỷ lợi được giao nhiệm vụ chỉ đạo vận hành các trạm bơm và hệ thống công trình thuỷ lợi để tiêu úng cứu diện tích lúa và hoa màu bị ngập; đảm bảo an toàn các hồ chứa thuỷ lợi, công trình và hạ du, nhất là các hồ chứa khu vực Bắc Bộ đã đầy nước.
Cục Trồng trọt giữ trách nhiệm hướng dẫn, vận động nhân dân khẩn trương thu hoạch lúa mùa với phương châm “Xanh nhà hơn già đồng”; tiến hành thu hoạch nhanh gọn toàn bộ diện tích rau màu đã đến kỳ thu hoạch; chuẩn bị sẵn sàng nguồn giống để hỗ trợ các địa phương khôi phục sản xuất ngay sau bão.
Các Cục Chăn nuôi, Thú y chỉ đạo các biện pháp vệ sinh môi trường, phòng chống dịch bệnh trên gia súc, gia cầm, thuỷ sản sau bão, mưa lũ. Các Cục Thuỷ sản, Kiểm ngư được giao chỉ đạo, hướng dẫn giải pháp hỗ trợ ngư dân có tàu thuyền bị thiệt hại, phục hồi diện tích nuôi trồng thuỷ sản bị thiệt hại; hoàn thành bộ tiêu chí về xây dựng lồng bè đảm bảo an toàn trước mưa bão.
Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai chỉ đạo đảm bảo an toàn các tuyến đê điều xung yếu, nhất là các tuyến sông đang trên mức báo động 3 tại Bắc Giang, Hòa Bình, Hà Nội…; tham mưu điều hành liên hồ chứa trên lưu vực sông Hồng đảm bảo an toàn công trình và hạ du (hiện lưu lượng về lớn và hồ Hoà Bình mở 2 cửa xả đáy, Tuyên Quang mở 3 cửa xả đáy, Thác Bà mở 2 cửa xả mặt).
Trước nguy cơ dịch bệnh nguy hiểm trên gia súc, gia cầm phát sinh và lây lan sau đợt mưa, lũ do ảnh hưởng của bão số 3, Thứ trưởng Phùng Đức Tiến cũng đề nghị UBND các tỉnh, thành phố chỉ đạo các sở, ban, ngành, địa phương chủ động phòng chống dịch bệnh cho đàn vật nuôi, xử lý môi trường sau mưa lũ; tổng vệ sinh, tiêu độc, khử trùng ngay sau khi đợt mưa, lũ kết thúc; di dời đàn vật nuôi lên vị trí cao hơn...