Theo đó, Thứ trưởng Nguyễn Danh yêu cầu tư vấn tiếp tục điều tra, khảo sát thu thập đầy đủ thông tin liên quan; tiếp thu đầy đủ ý kiến của các cơ quan, đơn vị để hoàn thiện đồ án quy hoạch. Trong đó lưu ý rút kinh nghiệm trong việc nghiên cứu quy hoạch chi tiết, quá trình nghiên cứu phải bảo đảm tuân thủ quy hoạch tổng thể quốc gia. Đặc biệt, nội dung quy hoạch nhằm chi tiết hóa quy hoạch ngành quốc gia được duyệt để đưa vào quy hoạch địa phương như ranh giới chiếm dụng, nhu cầu sử dụng đất, bố trí phân khu chức năng, tổ chức vận tải, kết nối giao thông đối ngoại và với các tuyến đường sắt đô thị.
Đồng thời, nghiên cứu quy hoạch cũng phải khắc phục các bất cập về quy hoạch đầu mối hiện nay; tiết kiệm quỹ đất, phù hợp với quy hoạch địa phương. Kết nối đồng bộ giữa đường sắt quốc gia với đường sắt đô thị và các phương thức vận tải khác; trong đó lưu ý kết nối đường sắt với các đầu mối vận tải có lưu lượng lớn như khu công nghiệp, cảng cạn, trung tâm logistics tại TP Hồ Chí Minh, vùng Đông Nam Bộ để phục vụ phát triển kinh tế - xã hội vùng và các địa phương.
Thứ trưởng Nguyễn Danh Huy yêu cầu tư vấn phải tiếp tục cập nhật thông tin, số liệu đầu vào như: Hiện trạng về điều kiện tự nhiên, kinh tế - xã hội, sử dụng đất, đô thị, giao thông vận tải, khu công nghiệp, cảng cạn, trung tâm logistics tại các địa phương liên quan khu đầu mối TP Hồ Chí Minh. Cùng với đó, cập nhật các dự án đường Vành đai 3, 4 TP Hồ Chí Minh; dự án đường sắt nhẹ Long Thành - Thủ Thiêm; Dự án đường sắt đô thị TP Hồ Chí Minh: tuyến số 1 Bến Thành - Suối Tiên, tuyến tàu điện ngầm số 2 Bến Thành - Tham Lương...; Dự án đường sắt tốc độ cao trên trục Bắc - Nam. Các số liệu, thông tin phải bảo đảm đầy đủ, chính xác làm cơ sở nghiên cứu, đề xuất phương án quy hoạch phù hợp.
“Sớm hoàn thiện công tác điều tra, khảo sát thu thập số liệu đầu vào, đặc biệt là khảo sát nhu cầu giao thông về điểm đi, điểm đến, nhu cầu vận tải tại các đầu mối, mật độ vận tải trên các đoạn tuyến, tuyến đường sắt... Trên cơ sở khảo sát nhu cầu giao thông, kết hợp cập nhật quy hoạch quy hoạch tỉnh để xây dựng phương án chạy tàu, bố trí các ga, quy mô, chức năng ga và xác định thứ tự ưu tiên đầu tư cho phù hợp", Thứ trưởng Huy chỉ đạo.
Thứ trưởng Nguyễn Danh Huy cũng yêu cầu tư vấn xây dựng phương án tổ chức chạy tàu tối ưu cho các giai đoạn hình thành mạng lưới đường sắt khu đầu mối TP Hồ Chí Minh; trong đó có tổ chức khai thác, tổ chức chạy tàu chung giữa đường sắt đô thị, đường sắt quốc gia. Đánh giá rõ chức năng các đoạn đường sắt kết nối; đồng thời nghiên cứu giảm tối đa việc phải chuyển đổi phương tiện giao thông, tạo thuận lợi cho hành khách.
Nghiên cứu đề xuất các giải pháp về công nghệ, kỹ thuật theo hướng đồng bộ, hiện đại và có tính mở, đảm bảo kết nối thuận lợi, hiệu quả các tuyến đường sắt trong khu đầu mối, bao gồm cả kết nối đường sắt quốc gia với đường sắt đô thị, lộ trình điện khí hóa đối với đường sắt hiện có.
Với các ga, Thứ trưởng yêu cầu cần làm rõ chức năng, nhiệm vụ; đề xuất giải pháp kết nối vận tải, đặc biệt là vận tải công cộng như đường sắt đô thị, xe buýt; kết nối hạ tầng kỹ thuật, bảo đảm khả năng giải tỏa hành khách, hàng hóa vào giờ cao điểm; xác định cụ thể quy mô, diện tích các hạng mục công trình và toàn bộ khu ga.
Kết quả nghiên cứu phải đề xuất được mạng lưới tổng thể về hướng tuyến, tuyến, toàn bộ các ga khu vực đầu mối, phương án tổ chức khai thác; trong đó, lưu ý đến việc khai thác chung kết cấu hạ tầng đường sắt quốc gia với đường sắt đô thị.
Thứ trưởng Nguyễn Danh Huy yêu cầu Cục Đường sắt Việt Nam, tư vấn lập quy hoạch làm việc cụ thể với các đơn vị tư vấn lập quy hoạch các tỉnh/thành phố: Hồ Chí Minh, Bình Dương, Tây Ninh, Đồng Nai, Bà Rịa - Vũng Tàu, Long An để trao đổi thông tin, thống nhất, khớp nối phương án quy hoạch đồng bộ với quy hoạch của địa phương; cập nhật các nội dung của quy hoạch tuyến, ga khu đầu mối vào quy hoạch các tỉnh để thuận lợi cho quá trình thực hiện.