Toàn bộ các hoạt động kiểm tra, kiểm soát, phân luồng tờ khai đều được điều phối tập trung. Nếu doanh nghiệp phát sinh vướng mắc từ các cục hải quan tỉnh, thành phố khác, đều có sự phối hợp xuyên suốt từ Tổng cục Hải quan đến cơ sở. Thông qua các thông tin thu thập, hải quan sẽ đưa ra các cảnh báo doanh nghiệp thường xuyên mắc phải, nhằm phòng tránh vi phạm.
Thống kê của Tổng cục Hải quan cho thấy, quá trình thí điểm Chương trình hỗ trợ, khuyến khích doanh nghiệp tự nguyện tuân thủ pháp luật hải quan, hải quan ghi nhận có 295 doanh nghiệp tham gia, trong đó có trên 80% doanh nghiệp duy trì được mức độ tuân thủ và tăng mức độ tuân thủ. Cụ thể, có 118 doanh nghiệp nâng mức độ tuân thủ từ mức 3, 4, 5 lên mức 2, 3; 135 doanh nghiệp giữ nguyên mức độ tuân thủ (mức 2, 3). Đối với những doanh có mức độ tuân thủ thấp được nâng mức độ tuân thủ sẽ có tỷ lệ kiểm tra thấp hơn, dẫn đến thời gian thông quan hàng hóa nhanh hơn.
Theo ông Dương Quốc Phi, Trưởng Phòng Xuất nhập khẩu Công ty TNHH Công nghiệp chính xác Việt Nam 1, trước khi tham gia Chương trình thí điểm, doanh nghiệp thường xuyên bị phụ thuộc vào sự hướng dẫn, "cầm tay chỉ việc" của cán bộ, công chức hải quan. Tuy nhiên, kể từ khi tham gia Chương trình, các hoạt động của doanh nghiệp chuyển từ bị động sang chủ động tuân thủ pháp luật.
“Chương trình thí điểm mang lại nhiều lợi ích cho doanh nghiệp về thời gian, chí phí. Nếu doanh nghiệp có tỷ lệ tờ khai luồng Xanh nhiều hơn, hàng hóa được giải phóng nhanh. Đối với tờ khai luồng Vàng, doanh nghiệp phải kiểm tra hồ sơ hải quan, doanh nghiệp sẽ mất thời gian hơn để giải phóng hàng hóa”, ông Dương Quốc Phi cho biết.
Còn đối với tờ khai luồng Đỏ, ngoài phải kiểm tra hồ sơ, doanh nghiệp phải kiểm tra thực tế hàng hóa, thay vì doanh nghiệp đưa hàng hóa từ cửa khẩu về thẳng nhà máy sản xuất, doanh nghiệp phải đưa hàng hóa về trụ sở cơ quan Hải quan để kiểm tra, dẫn đến phát sinh các chi phí, thời gian, nhân lực.