Để hướng tới tự chủ đại học thì cần phải không ngừng đổi mới phương pháp đào tạo, thu hút và tuyển chọn sinh viên giỏi.
Cụ thể, trường sẽ tập trung vào 5 hoạt động cơ bản: Đổi mới cơ chế hoạt động của một số đơn vị thành viên trong hệ thống, tiếp tục hoàn thiện mô hình; đổi mới phương thức, phương pháp đào tạo hiện tại theo hướng đáp ứng yêu cầu của cuộc Cách mạng Công nghiệp 4.0 và kinh tế số; đầu tư vào các tổ chức khoa học và công nghệ trọng điểm, đẩy mạnh hoạt động khởi nghiệp đổi mới sáng tạo, thí điểm hình thành các doanh nghiệp spin-off; nâng cao hiệu quả quản lý nguồn lực tài chính, gia tăng nguồn thu ngoài ngân sách nhà nước và chủ động hợp tác quốc tế; tăng cường hợp tác địa phương, nhất là hai khu vực trọng điểm là TP Hồ Chí Minh và Đồng bằng sông Cửu Long.
Đồng thời, căn cứ đặc thù của từng đơn vị, dự kiến, Đại học quốc gia TP Hồ Chí Minh sẽ hình thành 3 nhóm đơn vị tự chủ, gồm: Nhóm tự đảm bảo chi thường xuyên và chi đầu tư; nhóm tự đảm bảo kinh phí chi thường xuyên; nhóm đơn vị tự đảm bảo một phần kinh phí chi thường xuyên. Theo đó, trong năm 2019, sẽ thực hiện lộ trình tự chủ đối với các đơn vị thành viên trong hệ thống với các mức độ khác nhau, gồm Trường Đại học Công nghệ thông tin, Trường Đại học Kinh tế - Luật và Trường Đại học Bách khoa. Tiếp đó, năm 2020 sẽ đến Trường Đại học quốc tế; Khoa Y; Phân hiệu Đại học Quốc gia TP Hồ Chí Minh tại tỉnh Bến Tre; Trường Đại học Khoa học Tự nhiên; Trường Đại học Khoa học Xã hội và Nhân văn.
Cũng trong năm 2019, Đai học Quốc gia TP Hồ Chí Minh dự kiến nâng số lượng mã ngành/nhóm ngành/chương trình tuyển sinh trình độ đại học lên 197.