Sau khi có quyết định thu hồi đất, người đại diện theo pháp luật của công ty đã khiếu nại. Tuy nhiên căn cứ các quy định của pháp luật, UBND tỉnh Phú Yên quyết định không công nhận toàn bộ nội dung khiếu nại này.
Công ty Trách nhiệm hữu hạn Trồng cây kiểng xuất khẩu Phú Yên đã được UBND tỉnh Phú Yên quyết định chuyển mục đích sử dụng đất và cho thuê đất để thực hiện dự án Trồng cây kiểng xuất khẩu Phú Yên tại Quyết định số 1013/QĐ-UBND ngày 28/7/2010, Quyết định số 257/QĐ-UBND ngày 18/02/2011 và Quyết định số 885/QĐ-UBND ngày 07/6/2011 điều chỉnh một số nội dung của Quyết định số 257/QĐ-UBND ngày 18/02/2011.
Ngày 16/11/2011, Sở Tài nguyên và Môi trường đã ký hợp đồng cho thuê đất số 841/HĐ-TĐ và Phụ kiện hợp đồng số 203/PK-HĐTĐ ngày 27/6/2012, với diện tích 1.304.305m2; thời gian thuê đất 50 năm với hình thức trả tiền thuê đất hằng năm; loại đất sản xuất nông nghiệp và được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất số BC133250, ngày 26/12/2011 và Giấy chứng nhận số BC133251, cấp ngày 26/12/2011.
Các cơ quan chức năng của tỉnh Phú Yên nhận thấy: Dự án Trồng cây kiểng xuất khẩu Phú Yên được UBND tỉnh cho thuê đất với hình thức trả tiền thuê đất hằng năm. Ngày 1/6/2016, UBND tỉnh điều chỉnh thành dự án Trường đua ngựa Phú Yên tại Quyết định số 1159/QĐ-UBND. Sau đó, dự án Trường đua ngựa Phú Yên được Nhà đầu tư tự quyết định chấm dứt hoạt động dự án theo quy định tại Điểm a, Khoản 1, Điều 48 Luật Đầu tư năm 2014 (tại Quyết định số 01/QĐ ngày 09/11/2016 của Hội đồng thành viên Công ty Trách nhiệm hữu hạn Trường đua ngựa Phú Yên).
Căn cứ Điều 15b Nghị định số 43/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 của Chính phủ được sửa đổi, bổ sung tại khoản 14 Điều 2 Nghị định số 01/2017/NĐ-CP ngày 06/01/2017, khoản 1 Điều 3 Nghị định số 148/2020/NĐ-CP ngày 18/12/2020 và khoản 2 Điều 1 Nghị định số 10/2023/NĐ-CP ngày 03/4/2023 của Chính phủ, quy định về thu hồi đất đối với trường hợp chấm dứt hoạt động của dự án đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư, việc UBND tỉnh Phú Yên ban hành Quyết định số 316/QĐ-UBND ngày 18/3/2024 về việc thu hồi đất và giao Trung tâm Phát triển quỹ đất thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường quản lý đối với khu đất dự án Trồng cây kiểng xuất khẩu Phú Yên là có cơ sở.
Bà Hồ Thị Nguyên Thảo, Phó Chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên đã ký quyết định không công nhận toàn bộ nội dung khiếu nại của Công ty Cổ phần Trồng cây kiểng xuất khẩu Phú Yên khiếu nại Quyết định số 316/QĐ-UBND ngày 18/3/2024 của UBND tỉnh Phú Yên về việc thu hồi đất và giao Trung tâm Phát triển quỹ đất thuộc Sở Tài nguyên và Môi trường quản lý đối với khu đất dự án Trồng cây kiểng xuất khẩu Phú Yên, vì không có cơ sở pháp luật.
Đồng thời, giữ nguyên Quyết định số 316/QĐ-UBND ngày 18/3/2024 của UBND tỉnh Phú Yên về việc thu hồi đất và giao Trung tâm Phát triển quỹ đất quản lý khu đất dự án Trồng cây kiểng xuất khẩu Phú Yên, vì có cơ sở pháp luật.