Sở chỉ huy phòng, chống dịch COVID-19 do Chủ tịch UBND tỉnh Cà Mau Huỳnh Quốc Việt làm Chỉ huy trưởng và Phó Chủ tịch UBND tỉnh gồm các ông Lâm Văn Bi, Trần Hồng Quân và Lê Văn Sử làm Phó Chỉ huy trưởng. Các thành viên Sở chỉ huy chịu trách nhiệm trước Chủ tịch UBND tỉnh về việc thực hiện nhiệm vụ được giao theo quyết định và quy chế hoạt động của Sở chỉ huy phòng, chống dịch COVID-19 tỉnh Cà Mau.
Nhiệm vụ của Sở chỉ huy là tham mưu với Ban Chỉ đạo phòng, chống dịch COVID-19 tỉnh và UBND tỉnh quyết định các chủ trương, kế hoạch, biện pháp, phương án phòng, chống dịch COVID-19 trên địa bàn tỉnh. Bên cạnh đó, Sở chỉ huy có trách nhiệm dự báo tình huống, khả năng có thể xảy ra các cấp độ dịch, chủ động đề xuất các biện pháp phòng ngừa dịch COVID-19; tiếp nhận và xử lý thông tin liên quan đến dịch bệnh và hoạt động lợi dụng tình hình dịch bệnh để phá hoại, gây rối, mất an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội; ngăn chặn, xử lý việc tuyên truyền, phát tán thông tin sai sự thật. Sở chỉ huy cũng sẽ chỉ đạo và chịu trách nhiệm xử lý khó khăn, vướng mắc, các đề xuất, kiến nghị về công tác phòng, chống dịch trên địa bàn; báo cáo UBND tỉnh để chỉ đạo, giải quyết hoặc báo cáo cấp có thẩm quyền xem xét, giải quyết.
Đồng thời, UBND tỉnh thành lập 3 tiểu ban làm nhiệm vụ phòng, chống dịch COVID-19. Theo đó, Tiểu ban 1 chịu trách nhiệm tổng hợp báo cáo, thực hiện các hoạt động thường xuyên của Sở chỉ huy; thành lập tổ phản ứng nhanh để kịp thời chỉ đạo, xử lý các tình huống phát sinh đột xuất. Tiểu ban 1 còn thực hiện công tác bố trí chốt, trạm kiểm soát (đường bộ, đường thủy nội địa, đường biển), quản lý phương tiện từ nơi khác vào địa bàn tỉnh và trong địa bàn tỉnh; truy vết, phân loại đối tượng áp dụng các biện pháp cách ly theo quy định; đảm bảo tình hình trật tự an toàn xã hội; đảm bảo cơ sở vật chất cho khu vực cách ly tập trung, bệnh viện dã chiến, khu vực phong tỏa và trên địa bàn tỉnh; chỉ đạo xây dựng, hoàn thiện, đảm bảo điều kiện hoạt động của bệnh viện dã chiến; quản lý đối với khu cách ly, khu vực phong tỏa, quản lý cách ly tại nhà; tuyên truyền, vận động nhân dân thực hiện cách ly y tế theo quy định nếu thuộc đối tượng cách ly.
Tiểu ban 2 có nhiệm vụ theo dõi, chỉ đạo các hoạt động thuộc lĩnh vực y tế như: công tác tiếp nhận, quản lý và tổ chức tiêm ngừa vaccine phòng COVID-19; tổ chức điều phối, phân công nhiệm vụ các đơn vị và cán bộ chuyên môn thuộc ngành y tế; chủ động chuẩn bị điều kiện cơ sở, vật chất, trang thiết bị, thuốc, hóa chất, sinh phẩm…; tổ chức xét nghiệm, điều trị bệnh phù hợp với diễn biến mới của dịch bệnh. Cùng với đó, Tiểu ban 2 chủ động kịch bản, giải pháp cụ thể phòng, chống dịch để ứng phó với tình huống phát sinh mới và phương án, trang thiết bị, vật tư y tế, kinh phí, nguồn nhân lực thành lập bệnh viện dã chiến. Tiểu ban 2 cũng chủ động kiến nghị Bộ Y tế hỗ trợ nhân lực, vật lực phòng, chống dịch khi cần; triển khai thực hiện các chính sách hỗ trợ người dân và doanh nghiệp, đảm bảo an sinh xã hội, thông tin, tuyên truyền.
Tiểu ban 3 có nhiệm vụ kiểm soát, chỉ đạo thực hiện đảm bảo các điều kiện phòng, chống dịch COVID-19 của các cơ sở sản xuất, các công trình xây dựng, trong các khu nhà trọ và kiểm soát việc đưa đón, đi lại của công nhân, người lao động của các cơ sở sản xuất, công trình xây dựng; chỉ đạo các hoạt động ổn định sản xuất, thu mua, chế biến, tiêu thụ các mặt hàng nông, lâm, thủy sản chủ lực của tỉnh; đảm bảo cung, điều tiết hàng hóa, kiểm soát giá cả, chất lượng hàng hóa, đặc biệt là các hàng hóa thiết yếu phục vụ đời sống nhân dân; sẵn sàng hỗ trợ các địa phương khác theo yêu cầu của cấp có thẩm quyền; đảm bảo an toàn các công trình hạ tầng thiết yếu phục vụ sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp và sinh hoạt của nhân dân.
Các tiểu ban thường xuyên phối hợp, trao đổi để thống nhất chỉ đạo, thực hiện công việc được thông suốt; có trách nhiệm báo cáo kết quả thực hiện nhiệm vụ về Thường trực Ban Chỉ đạo phòng, chống dịch COVID-19 của tỉnh. Thành viên của các tiểu ban làm việc theo chế độ kiêm nhiệm, thường trực 24/24 giờ, luôn giữ liên lạc, thực hiện nhiệm vụ khẩn cấp, phát sinh khi cần thiết. Các Trưởng Tiểu ban điều hành toàn bộ hoạt động của tiểu ban và chịu trách nhiệm trước Chỉ huy trưởng Sở chỉ huy về việc thực hiện nhiệm vụ được phân công.