Dự án khu liên cơ Võ Chí Công là công trình trọng điểm của UBND TP Hà Nội, được xây dựng bằng nguồn ngân sách Nhà nước. Quy mô dự án gồm 3 khối nhà, cao lần lượt 27, 16, và 7 tầng, được xây trên khu đất X2 (phường Xuân La, quận Tây Hồ) rộng 7.270 m2. Tổng mức đầu tư cho dự án là hơn 1.000 tỷ đồng.
3 khối toà nhà của khu liên cơ Võ Chí Công trị giá hơn 1.000 tỷ đồng.
Công trình là nơi làm việc của 8 sở, ngành thuộc UBND TP Hà Nội, gồm: Sở Giao thông và Vận tải, Xây dựng, Khoa học và Công nghệ, Quy hoạch - Kiến trúc, Tài chính, Kế hoạch và Đầu tư, Tài nguyên và Môi trường và Viện Quy hoạch xây dựng Hà Nội.
Tuy nhiên sau hơn 1 năm đi vào hoạt động, Sở Quy hoạch - Kiến trúc và Sở Tài nguyên & Môi trường đã làm đơn đề xuất được quay về trụ sở cũ, nguyên nhân là do hạ tầng kỹ thuật xung quanh trụ sở chưa tương thích với quy mô, công năng của các hạng mục công trình; mô hình làm việc tập trung trong liên cơ chưa phù hợp với hoạt động đặc thù của một số đơn vị (nhiều khách giao dịch, phải tiếp dân với số đông tụ tập nhiều người, phải tổ chức nhiều cuộc họp liên tục...).
Sau hơn 1 năm đi vào hoạt động, khu liên cơ đang quá tải vì không có chỗ để xe.
Xe ô tô của cán bộ làm việc và người dân đến giao dịch tại khu liên cơ phải tranh thủ từng ô trống trên vỉa hè,
Thậm chí xe của cán bộ và người dân phải đỗ ngay trước sảnh ra vào, tràn xuống lòng đường.
Nơi đây có hơn 1.500 cán bộ, công chức làm việc, tuy nhiên đơn vị chỉ bố trí đủ chỗ đỗ xe máy cho cán bộ công nhân viên tại tầng hầm B1. Về ô tô, mỗi sở chỉ được cấp “nốt” 5 xe công vụ tại tầng B2.
Theo quy hoạch ban đầu, đây là dự án chỉ phục vụ công tác nghiên cứu, ứng dụng khoa học kỹ thuật. Nhưng không hiểu vì lý do gì, dự án đột ngột "chuyển đổi công năng", trở thành khu liên cơ.
Chính vì hoàn thiện kiểu “hoán cải” nên khi đi vào vận hành, cả bên trong tòa nhà và các dịch vụ kèm theo đều bộc lộ nhiều vướng mắc. Hiện tại, diện tích khu đỗ xe quá nhỏ không đủ để phục vụ cán bộ công chức làm việc tại đây (chưa tính đến gần 1.000 người dân đến làm việc, giao dịch mỗi ngày). Các phương tiện phải dừng đỗ tràn lan trên vỉa hè và trong các ngõ của đường Võ Chí Công.
Khu liên cơ Võ Chí Công thiếu các khu chức năng để bố trí cho các hoạt động tập thể của sở, ngành.
Đã có hai sở rời khỏi khu liên cơ, xin về trụ sở cũ.
Trước khi bàn giao dự án, Cục Giám định Nhà nước về công trình xây dựng (Bộ Xây dựng) đã chỉ ra hàng loạt sai sót. Chủ đầu tư đã sửa chữa các hạng mục này, nhưng chưa triệt để.
Hiện TP Hà Nội đang xem xét để sắp xếp số lượng cán bộ các sở làm việc tại đây cho phù hợp.
Cùng vì "chuyển đổi công năng" của dự án nên khu liên cơ thiếu các khu chức năng như: Phòng sinh hoạt cộng đồng, phòng họp... Từ đó phát sinh thực trạng chỉ có phòng họp chung, đơn vị nào họp phải đăng ký qua ban quản lý tòa nhà, nhưng rất khó bởi nhiều lịch trùng, lịch đột xuất. Một số sở ngành hiện phải gánh thêm chi phí phát sinh như bảo vệ, điện nước, quản lý tòa nhà...