Phương án thi công được Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Thoát nước Hà Nội đưa ra là sử dụng dàn thiết bị dây chuyền cơ giới thực hiện theo quy trình thông, hút. Sau đó, bùn được vận chuyển bằng xe téc và lưu giữ tạm thời trong khuôn viên Cụm công trình đầu mối Yên Sở (Hoàng Mai).
Để đảm bảo an toàn, bùn được giữ nguyên trong xe téc có niêm phong, chờ thực hiện xử lý theo hướng dẫn của Bộ Tư lệnh Hóa học, Sở Tài nguyên và Môi trường Hà Nội cũng như các quy định hiện hành.
Thời gian thi công được thực hiện từ 22 giờ đến 6 giờ hàng ngày, bắt đầu từ ngày 14/9, dự kiến kết thúc vào ngày 20/9. Dự kiến có khoảng hơn 2.400 mét chiều dài cống, rãnh, cống thoát nước thải xung quanh Công ty cổ phần Bóng đèn phích nước Rạng Đông sẽ được hút bùn, khơi thông.
Nhằm đảm bảo môi trường xung quanh Công ty, trong ngày 14/9, Binh chủng Hóa học phối hợp với Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội tiếp tục duy trì lực lượng gồm 108 cán bộ, chiến sĩ và 15 phương tiện tham gia thực hiện nhiệm vụ xử lý sự cố ô nhiễm môi trường.
Lực lượng Quân đội đã tổ chức quan trắc trinh sát môi trường toàn bộ khu vực nhà máy và khu vực liên quan, tiến hành thu gom được khoảng 12 tấn phế thải nhiễm thủy ngân trên diện tích khoảng 300 m2.
Ngoài ra, lực lượng thực thi nhiệm vụ đã rải 3,7 tấn hóa chất chống phát tán, lan tỏa thủy ngân ra môi trường bên ngoài trên diện tích 2.500 m2 và phối hợp dọn dẹp hiện trường, giải phóng mặt bằng, bảo vệ an ninh khu vực.
Trước đó, việc lấy mẫu xét nghiệm đã được Bộ Tư lệnh Hóa học thực hiện từ ngày 5/9. Từ ngày 12/9, Bộ Tư lệnh Hóa học, Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội và Công ty URENCO 10 (thuộc Công ty trách nhiệm hữu hạn Một thành viên Môi trường Đô thị Hà Nội) bắt đầu các công việc xử lý môi trường. Cụ thể, Công ty URENCO 10 có nhiệm vụ tháo dỡ các cấu kiện tại nhà kho bị cháy, thu gom vật liệu, rác thải của vụ cháy, vận chuyển đến nơi xử lý an toàn.
Bộ Tư lệnh Thủ đô Hà Nội bố trí lực lượng kiểm soát quân sự, huy động lực lượng dân quân tự vệ phân luồng bảo đảm giao thông, bảo đảm an ninh, an toàn xung quanh khu vực hiện trường. Lực lượng công binh và hóa học của Bộ Tư lệnh có nhiệm vụ rà phá bom, mìn, vật liệu nổ; phối hợp với lực lượng của Bộ Tư lệnh Hóa học giám sát, theo dõi quá trình thu gom, xử lý vật liệu, rác thải, đồng thời giúp đỡ URENCO 10 trong quá trình thu gom rác thải, xử lý môi trường.