Bộ Tài chính thấy rằng đề nghị của Bộ Giao thông vận tải chưa phù hợp với chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, cam kết với Nhà đầu tư trong Hợp đồng BOT Nhà nước đã ký và không thể ban hành Thông tư lùi thời hạn ngay được từ ngày 1/1/2016 vì phải thực hiện theo đúng quy định của Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật.
Mặt khác, hiện cả nước có 53 trạm thu phí, nhưng Bộ Giao thông vận tải chỉ đề nghị lùi thời gian điều chỉnh tăng mức thu phí 5 tháng của 23 trạm, trong khi đó vẫn tiếp tục có văn bản đề nghị Bộ Tài chính ban hành Thông tư quy định thu phí hoàn vốn 7 dự án sắp hoàn thành, với mức thu bằng 3,5 lần mức thu cơ bản.
Do đó, Bộ Tài chính đã có công văn đề nghị Bộ Giao thông vận tải đánh giá tổng thể tình hình thu phí các dự án về mức thu phí, thời gian thu phí hoàn vốn, tác động đến hoạt động kinh doanh vận tải, khả năng đóng góp của người dân...
Đề xuất sửa đổi, bổ sung chính sách cần phân tích tác động trước mắt và lâu dài, đảm bảo tính phù hợp của chính sách; đảm bảo hài hòa lợi ích Nhà nước, nhà đầu tư và người dân.
Bên cạnh đó, việc đề xuất thời điểm áp dụng cần tính đến thời gian cho việc thực hiện điều chỉnh văn bản, theo đúng quy định của Luật ban hành văn bản quy phạm pháp luật; cũng như thời gian để các nhà đầu tư thực hiện các thủ tục (công khai mức thu phí; thời gian áp dụng; in, phát hành vé thu phí...) trước khi triển khai áp dụng chính sách mới.