Luật Đất đai 2013 quy định người sử dụng đất gồm nhiều đối tượng, trong đó có cơ sở tôn giáo. Nghị quyết 25-NQ/TW cũng đã chỉ ra “tạo điều kiện cho các tôn giáo hoạt động bình thường theo đúng chính sách và pháp luật của Nhà nước” đó là một trong các nhiệm vụ của công tác tôn giáo. Theo đó, cơ sở tôn giáo được sử dụng đất và người đứng đầu cơ sở tôn giáo chịu trách nhiệm trước Nhà nước đối với việc sử dụng đất đã giao cho cơ sở tôn giáo.
Cơ sở tôn giáo được giao đất phi nông nghiệp theo quy định tại Khoản 1 Điều 159 của Luật Đất đai theo hình thức không thu tiền sử dụng đất, được cấp Giấy chứng nhận và được nhận quyền sử dụng đất thông qua hình thức Nhà nước giao đất, công nhận quyền sử dụng đất đang được sử dụng ổn định.
Theo số liệu thống kê đất đai năm 2015, cộng đồng dân cư, cơ sở tôn giáo đang được giao, công nhận sử dụng 342.407 ha các loại đất, trong đó đất nông nghiệp có 320.984 ha, đất phi nông nghiệp có 21.423 ha.
Trên cả nước, tính đến ngày 31/12/2015, diện tích đất đã giao cho các cơ sở tôn giáo, cộng đồng dân cư nhưng chưa đưa đất vào sử dụng là 887 ha. Trong đó, đất bằng chưa sử dụng là 4 ha, đất đồi núi chưa sử dụng là 883 ha.
Đến nay, trên địa bàn cả nước đã căn bản hoàn thành cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất lần đầu với tỷ lệ cấp Giấy chứng nhận đạt 95,2 % diện tích cần cấp. Trong đó, theo kết quả kiểm kê đất đai năm 2015, các cơ sở tôn giáo - tín ngưỡng đang sử dụng đất là 18.071 ha và đã cấp được 12.040/14.850 ha (diện tích đất đủ điều kiện được cấp giấy chứng nhận) với tổng số 19.000 giấy chứng nhận, đạt 81,1% diện tích đất cơ sở tôn giáo, tín ngưỡng cần cấp.
Các tỉnh, thành phố có tỷ lệ cấp Giấy chứng nhận đất cơ sở tôn giáo, tín ngưỡng đạt cao gồm: Bắc Ninh, Cần Thơ, Vĩnh Long, Thái Bình, Bình Dương (trên 95%); Đắk Lắk, Yên Bái, Lào Cai, Kon Tum, Gia Lai, Đắk Nông, Đồng Nai, Tây Ninh, Long An, Bạc Liêu, An Giang (trên 85%), còn lại các tỉnh khác đạt đưới 85%.
Tuy nhiên, thực tế đã phát sinh những hoạt động sử dụng đất của các cơ sở tôn giáo như làm trường học, bệnh viện...nhưng pháp luật về đất đai chưa quy định cụ thể để điều chỉnh, trừ trường hợp đã được công nhận từ trước ngày 1/7/2014, dẫn đến tình trạng cơ sở tôn giáo đang sử dụng các loại đất không phải đất cơ sở tôn giáo nhưng không có căn cứ pháp lý để xử lý.
Ngoài ra, cơ chế chính sách, pháp luật về khiếu nại, tố cáo đất đai vẫn còn những điểm bất cập, chưa phù hợp với thực tế, nhất là các quy định về các trường hợp đòi lại đất hương hỏa, đất tại các cơ sở thờ tự của tôn giáo, ... Trong khi chính sách pháp luật có sự thay đổi qua từng thời kỳ lịch sử, dẫn đến khó khăn cho công tác giải quyết.
Theo Phó Tổng Cục trưởng Tổng cục Quản lý đất đai, Đào Trung Chính, thời gian tới, để công tác quản lý đất đai đối với đất cơ sở tôn giáo được tốt hơn, nâng cao hiệu lực, hiệu quả công tác quản lý đối với đất cơ sở tôn giáo, các cấp, các ngành và các tổ chức đoàn thể nên tập trung thực hiện tốt một số giải pháp theo Nghị quyết số 25 NQ/TW.
Trước mắt, cần hoàn thiện chính sách pháp luật về đất đai. Về chế độ sử dụng đất, ngoài hình thức Nhà nước giao đất không thu tiền sử dụng đất đối với đất cơ sở tôn giáo, cần xem xét có thể mở rộng hình thức tiếp cận đất đai khác cho cơ sở tôn giáo như: thuê đất của Nhà nước để sử dụng làm trường học, bệnh viện... nhằm đảm bảo đất đai được sử dụng đúng mục đích, tiết kiệm. Về công nhận quyền sử dụng đất, có thể bổ sung quy định để xử lý và công nhận quyền sử dụng đối với các loại đất khác không phải là đất cơ sở tôn giáo được hình thành từ 1/7/2004 đến trước ngày 1/7/2014 vì hiện nay vẫn còn tồn tại quỹ đất này nhưng chưa tiến hành thủ tục xử
lý.
Tăng cường công tác tuyên truyền, phổ biến pháp luật về đất đai cho các tổ chức, cơ sở tôn giáo, hộ gia đình, cá nhân hiểu rõ hơn về quyền và nghĩa vụ đối với đất nước. Các địa phương cần quan tâm, phối hợp rà soát, đôn đốc các cơ sở tôn giáo đang sử dụng đất nhưng chưa được cấp Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất, tiến hành lập thủ tục cấp Giấy chứng nhận.
Các trường hợp còn vướng mắc chưa thống nhất thì báo cáo để chính quyền cấp trên xem xét, quyết định; các trường hợp tranh chấp cần được quan tâm, giải quyết dứt điểm, bảo đảm ổn định tình hình an ninh trật tự của địa phương, tạo sự đoàn kết, gắn bó trong nhân dân.
Đối với các cơ sở tôn giáo đang sử dụng đất có chùa, nhà thờ và các cơ sở khác của tôn giáo được Nhà nước cho phép hoạt động mà chưa được cấp Giấy chứng nhận thì đề nghị UBND các huyện, thị xã, thành phố chỉ đạo các phòng, ban và UBND các xã, phường, thị trấn vận động, yêu cầu người đại diện hợp pháp của cơ sở tôn giáo phải tự rà soát, kê khai việc sử dụng đất và báo cáo UBND tỉnh về tổng diện tích đất đang sử dụng.
Đối với các trường hợp thửa đất sử dụng chung cho nhiều mục đích, trong đó có mục đích tôn giáo cần có kế hoạch để xác định ranh giới sử dụng đất, mục đích sử dụng đất của tổ chức mình trên cơ sở đó tiến hành lập hồ sơ cấp Giấy chứng nhận cho từng mục đích theo quy hoạch đã được xác định.