Theo đó, 20 đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Giao thông Vận tải gồm: Viện Khoa học và Công nghệ Giao thông Vận tải; Học viện Hàng không Việt Nam; Trường Đại học Hàng hải Việt Nam; Trường Đại học Giao thông Vận tải thành phố Hồ Chí Minh; Trường Đại học Công nghệ Giao thông Vận tải; Ban Quản lý dự án đường Hồ Chí Minh; Ban Quản lý dự án Thăng Long; Ban Quản lý dự án 2; Ban Quản lý dự án 6; Ban Quản lý dự án 7; Ban Quản lý dự án 85; Ban Quản lý dự án Hàng hải; Ban Quản lý dự án Đường sắt; Ban Quản lý các dự án Đường thủy; Trường Cao đẳng Giao thông Vận tải Trung ương I; Trường Cao đẳng Giao thông Vận tải Trung ương II; Trường Cao đẳng Giao thông Vận tải Trung ương III; Trường Cao đẳng Giao thông Vận tải Trung ương IV; Trường Cao đẳng Giao thông Vận tải Trung ương V; Trường Cao đẳng Giao thông Vận tải Trung ương VI.
Quyết định số 33/QĐ-TTg thay thế Quyết định số 1054/QĐ-TTg ngày 3/7/2013 của Thủ tướng Chính phủ về các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Bộ Giao thông Vận tải. Bãi bỏ các quy định trước đây trái với Quyết định này.