Hiện nay tại các cửa khẩu thuộc địa bàn thành phố có khối lượng hàng hóa xuất nhập khẩu lớn, doanh nghiệp đăng ký làm thủ tục hải quan với nhiều hình thức khác nhau, trong đó đăng ký làm thủ tục cho hàng quá cảnh, chuyển tiếp, tạm nhập tái xuất với số lượng lớn, mặt hàng đa dạng. Những mặt hàng có thuế suất cao, không khuyến khích nhập khẩu như: Rượu, thuốc lá, xì gà, mỹ phẩm, điện thoại di động, máy điều hòa không khí, phế liệu...
Theo đó, doanh nghiệp thường lợi dụng sự thông thoáng, khai báo đơn giản, không ảnh hưởng chính sách thuế để nhập khẩu hàng cấm và thẩm lậu hàng hóa vào nội địa hoặc đưa ngược hàng hóa vào Việt Nam thông qua các đường mòn, lối mở sát biên giới.
Doanh nghiệp khai báo là hàng hoá quá cảnh thông thường nhưng thực chất là hàng hóa quá cảnh theo quy định phải có giấy phép của cơ quan có thẩm quyền; hàng giả, hàng vi phạm sở hữu trí tuệ. Lợi dụng việc khai báo hàng quá cảnh không bắt buộc phải khai đầy đủ chi tiết nên chỉ khai những hàng hóa có giá trị chiếm tỷ trọng lớn trong tổng giá trị lô hàng.
Một số doanh nghiệp còn lợi dụng quy định tự quản lý, tự vận chuyển hàng hóa quá cảnh qua các cửa khẩu đường bộ để tuồn hàng vào nội địa tiêu thụ trốn thuế. Lô hàng vừa ra khỏi cổng cảng, các doanh nghiệp tìm mọi cách để đánh tháo hàng, sau đó vận chuyển đến cửa khẩu để hải quan nơi đến xác nhận trên hệ thống, có doanh nghiệp sau khi rút ruột, không vận chuyển hàng đến cửa khẩu. Khi xác minh tại địa chỉ kinh doanh của các doanh nghiệp vận chuyển trên thì các doanh nghiệp trên không tồn tại.
Người nhận hàng ban đầu theo khai báo trên manifest là doanh nghiệp tại Việt Nam, khi cơ quan hải quan hoặc các lực lượng chức năng khác phát hiện lô hàng có dấu hiệu vi phạm pháp luật hải quan, thực hiện việc phối hợp kiểm tra hàng hóa thì doanh nghiệp không đến làm thủ tục, sau đó điều chỉnh người nhận hàng tại Campuchia và các nước khác, làm thủ tục quá cảnh lô hàng.
Đối với những lô hàng quá cảnh gồm những mặt hàng nhập khẩu có điều kiện hoặc hàng cấm nhập khẩu, sau khi lô hàng ra khỏi lãnh thổ Việt Nam, doanh nghiệp sẽ tìm cách nhập khẩu trở lại Việt Nam bằng nhiều phương thức khác nhau: Chia nhỏ lô hàng vận chuyển về Việt Nam qua đường mòn, lối mở, cánh gà hoặc doanh nghiệp mở tờ khai, lợi dụng việc phân luồng miễn kiểm tra để nhập khẩu lại Việt Nam.
Thực hiện chỉ đạo của Ban Chỉ đạo 389 Quốc gia về tăng cường kiểm soát, đấu tranh hoạt động buôn lậu từ lợi dụng chính sách trung chuyển, quá cảnh hàng hóa, UBND Thành phố Hồ Chí Minh vừa giao nhiệm vụ cụ thể đến các sở, ngành và UBND các quận huyện triển khai để ngăn chặn, phát hiện, điều tra xử lý vi phạm lĩnh vực này.
Theo đó, bộ đội biên phòng tăng cường tuần tra, kiểm soát để kịp thời ngăn chặn, phát hiện, xử lý các hành vi chứa trữ và vận chuyển các loại hàng lậu; phối hợp chặt chẽ với các lực lượng hải quan, công an, quản lý thị trường để ngăn chặn, phát hiện, điều tra, xử lý hoạt động buôn lậu này.
Nhiệm vụ hải quan tăng cường kiểm tra, kiểm soát chặt chẽ các lô hàng quá cảnh, trung chuyển ngay từ khâu nhập khẩu, cho đến khi thực xuất; công an tăng cường trinh sát, nắm tình hình xác định đầu nậu, đường dây, ổ nhóm, tụ điểm phức tạp, lập án đấu tranh, không để tình trạng rút lõi, đánh tráo, tẩu tán diễn ra.