Tuy nhiên, mục đích của việc huấn luyện này là chiến đấu chống quân đội Liên Xô tại Afghanistan.
Theo kênh RT, phát biểu trước Hội đồng Quan hệ quốc tế ở New York ngày 22/9, Thủ tướng Pakistan Imran Khan đã được hỏi liệu rằng Islamabad có điều tra tìm ra nguyên nhân vì sao thủ lĩnh của Al-Qaeda là Osama bin Laden lại có thể ngang nhiên sống nhiều năm tại Pakistan rồi mới bị lực lượng đặc nhiệm Hải quân Mỹ Seals tìm thấy và tiêu diệt vào năm 2011.
“Chúng tôi có điều tra, nhưng… tôi không biết kết luận là gì”, Thủ tướng Khan trả lời. Nhà lãnh đạo ám chỉ nơi ẩn náu của bin Laden rất có thể là kết quả từ “mối liên quan” giữa quân đội Pakistan và tổ chức khủng bố.
“Quân đội Pakistan, Tình báo quân sự Pakistan (ISI) đã huấn luyện Al-Qaeda. Tất cả lực lượng này đều đối đầu với đội quân Liên Xô tại Afghanistan. Cũng có mối liên hệ giữa Pakistan và Al-Qaeda, vì quân đội Pakistan từng huấn luyện bọn chúng. Sau thảm kịch 11/9, chúng tôi đã quay 180 độ và truy đuổi các tổ chức đó, không phải ai cũng đồng ý với chúng tôi. Trong quân đội, có người không nhất trí với hành động đó”.
Thủ tướng Khan cho rằng vào thời điểm quân đội giúp huấn luyện Al-Qaeda, "phiến quân là những người anh hùng" trong cuộc chiến chống lực lượng Liên Xô đóng quân tại Afghanistan. Tuy nhiên, khi cuộc chiến kết thúc, Islamabad bị “bỏ mặc” với những tổ chức cực đoạn mà một phần xưa kia chính quyền nước này giúp hình thành.
Al-Qaeda được thành lập từ năm 1988. Tổ chức là một phần của đơn vị quân sự có tên gọi Mujahideen trong các cuộc thánh chiến. Đơn vị này nhận được hậu thuẫn từ Mỹ, Pakistan và các quốc gia khác nhằm đối phó với Liên Xô.