Trả lời phỏng vấn báo giới ngày 12/4, Chánh Văn phòng Nội các Hirokazu Matsuno nhấn mạnh Chính phủ Nhật Bản sẽ theo dõi sát biến thể phụ mới của Omicron trong lúc thu thập thông tin về các phát hiện khoa học liên quan biến thể phụ này và tình hình ở nhiều nước trên thế giới. Chính phủ sẽ đưa ra quyết định thích hợp về các biện pháp kiểm soát biên giới dựa trên phản ứng của các quốc gia chủ chốt khác và nhu cầu hồi hương của các công dân Nhật Bản.
Trước đó, ngày 11/4, Bộ Y tế, Lao động và Phúc lợi Nhật Bản (MHLW) xác nhận đã phát hiện trường hợp đầu tiên nhiễm biến thể tái tổ hợp XE tại nước này. Người nhiễm là một phụ nữ đến từ Mỹ, đã được tiêm đủ 2 mũi vaccine của hãng Pfizer. Khi tới sân bay Narita, giáp thủ đô Tokyo ngày 26/3, người này không có bất kỳ triệu chứng gì nhưng lại có kết quả xét nghiệm dương tính với virus SARS-CoV-2 trong quá trình kiểm dịch tại đây. Kết quả phân tích mẫu bệnh phẩm do Viện các bệnh truyền nhiễm quốc gia (NIID) thực hiện sau đó cho thấy người phụ nữ này nhiễm biến thể XE.
XE là một biến thể tái tổ hợp giữa hai biến thể phụ BA.1 và BA.2 của dòng Omicron. Theo các kết quả nghiên cứu sơ bộ do Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) tổng hợp, XE được phát hiện lần đầu ở Anh vào ngày 19/1. Kết quả nghiên cứu sơ bộ ước tính XE có tốc độ lây nhiễm cao hơn khoảng 10% so với Omicron BA.2. Ở Đông Nam Á, Thái Lan là quốc gia đầu tiên thông báo về ca nghi nhiễm biến thể XE ngày 2/4. Các ca nhiễm tương tự cũng được ghi nhận ở Ấn Độ trong các ngày 6/4 và 9/4.
Trong một diễn biến liên quan khác, số ca mắc mới COVID-19 vẫn tiếp tục gia tăng ở Nhật Bản. Ngày 12/4, nước này ghi nhận thêm 49.773 ca mắc và 47 ca tử vong. Số ca mắc mới tăng khoảng 4.100 ca so với một tuần trước đó. Trong 47 tỉnh, thành ở Nhật Bản, Tokyo ghi nhận 6.922 ca nhiễm mới, Osaka 5.051 ca, Kanagawa 4.117 ca, Aichi 3.401 ca và Saitama 2.541 ca.