Bảo vệ rừng cũng sẽ có tác dụng bảo vệ các rặng san hô dưới biển, do việc làm này sẽ hạn chế khối lượng chất trầm tích đổ vào biển.
Một nhóm nghiên cứu quốc tế trong khi tiến hành nghiên cứu tại Mađagaxca mới đây đã phát hiện ra rằng, các dải san hô nằm gần bờ biển đã phải hứng chịu một lượng trầm tích gia tăng do nạn phá rừng tạo ra và trôi theo sông ra biển. Lượng trầm tích lớn này có hại cho sự phát triển của san hô, hệ sinh thái rất mong manh nhưng lại là nơi sinh sống của rất nhiều loài sinh vật biển, do nó hạn chế san hô tiếp xúc với ánh sáng Mặt Trời và làm đảo lộn quá trình sinh trưởng của chúng.
Các nhà khoa học đã xây dựng mô hình biến thiên lưu lượng và lượng phù sa của bốn con sông tại Mađagaxca tùy theo biến đổi của khí hậu và việc rừng có được bảo vệ hay không. Họ phát hiện ra rằng, năm 2009, lẽ ra biến đổi khí hậu phải làm cho phù sa trên các con sông và lượng trầm tích đổ vào các dải san hô giảm đi, nhưng thực tế các vật chất này vẫn tăng lên do được bù đắp từ các chất trầm tích do phá rừng tạo ra.
Từ đó, các nhà khoa học gợi ý để bảo vệ loài san hô, việc quản lý sử dụng đất sẽ đóng vai trò quan trọng hơn so với tìm cách hạn chế biến đổi khí hậu.
Nghiên cứu này cũng chỉ ra rằng lượng trầm tích đổ ra biển có thể giảm từ một phần năm đến hai phần ba nếu rừng phục hồi được 10 - 50%.
TTG