Bản án sơ thẩm nhận định, đây là vụ án có tính chất đặc biệt nghiêm trọng, phức tạp. Hành vi của các bị cáo không chỉ gây ra hậu quả nặng nề về mặt chính trị, kinh tế mà còn ảnh hưởng nặng nề đến sức khỏe của những người bệnh. Để ngăn ngừa những sai phạm xảy ra tương tự trong tương lai, Hội đồng xét xử kiến nghị Bộ Y tế xem xét lại vào toàn bộ quy trình thẩm định thuốc. Đặc biệt là các loại thuốc do nước ngoài sản xuất việc hợp thức hóa lãnh sự phải là quy định bắt buộc được quy định tại Thông tư 01 của Bộ Ngoại giao. Đây là căn cứ xác định các giấy tờ nước ngoài được sử dụng tại Việt Nam là phải có nội dung thật và có giá trị pháp lý.
Hội đồng xét xử cho rằng, quy trình xét duyệt và thẩm định thuốc còn có lỗ hổng về pháp lý nhất là khẩu thẩm định bổ sung chỉ do 1 người thẩm định không bắt buộc phải thông báo cho các thành viên còn lại. Đây cũng là nguyên nhân dẫn đến hành vi phạm tội của các bị trong vụ án.
Trong vụ án này, cơ quan điều tra truy tố bị cáo Trương Quốc Cưởng và bị cáo Phạm Hồng Châu (nguyên Trưởng phòng Đăng ký thuốc, Cục Quản lý Dược, Bộ Y tế) đối với hành vi trong việc cấp phép cho 5 loại thuốc do Codupha đăng ký. Qua đó, Hội đồng xét xử nhận thấy cần xem lại quy trình thẩm định của các chuyên gia đối với 5 loại thuốc do Công ty Codupha đứng tên đăng ký và xem xét trách nhiệm của các chuyên gia đối với hậu quả thực tế xảy ra. Tòa đề nghị Bộ Y tế còn cần có biện pháp rà soát lại, đánh giá các loại thuốc nhập khẩu để có sự điều chỉnh lại giá thuốc để người dân được sử dụng giá thuốc hợp lý nhất, đảm bảo quyền lợi cho người dân.
Bên cạnh đó, Tòa cho rằng, để xảy ra vụ án này, bên cạnh trách nhiệm của các cán bộ thuộc Cục Quản lý Dược, Bộ Y tế thì còn trách nhiệm rất lớn từ phía các cán bộ Hải quan trong việc đã không thực hiện đúng chức trách nhiệm vụ được giao, cho thông quan nhiều lô thuốc giả nhãn mác Helix Canada và Health 2000 Canada, không rõ nguồn gốc xuất xử của Công ty VN Pharma. Tuy nhiên, đến nay mới chỉ làm rõ được sai phạm của bị cáo Lê Đình Thanh (nguyên cán bộ Hải quan Thành phố Hồ Chí Minh) trong việc kiểm tra hồ sơ tờ khai số 100112387910 ngày 26/8/2014. Do vậy, Hội đồng xét xử kiến nghị Cơ quan điều tra – Bộ Công an tiếp tục điều tra làm rõ trách nhiệm của các cán bộ hải quan có liên quan đến việc thông quan các lô hàng khác của Công ty VN Pharma liên quan đến vụ án này. Nếu có vi phạm thì xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật.
Theo Hội đồng xét xử, trong vụ án này vẫn còn một số người liên quan nhưng chưa bị khởi tố, không bị đề cập đến. Đây không phải là thiếu sót, bỏ lọt tội phạm. Tòa án nhân dân thành phố Hà Nội sẽ tiếp tục xem xét và kiến nghị xử lý những trường hợp có hành vi vi phạm.
Về trách nhiệm dân sự, quá trình điều tra cơ quan tiến hành tổ tụng đã chứng minh số tiền Công ty VN Pharma thu hồi bất chính từ việc phạm tội là hơn 31 tỷ đồng. Tại phiên tòa, bị cáo Nguyễn Minh Hùng (nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, kiêm Tổng Giám đốc Công ty VN Pharma) cho rằng số tiền trên Công ty VN Pharma đã phải thực hiện nhiều chi phí, trong đó có một phần là nộp thuế thu nhập doanh nghiệp. Tuy nhiên quá trình điều tra, các chứng cứ chưa được thu thập nên Tòa án không có căn cứ xem xét.
Về các khoản thu lời bất chính này, Hội đồng xét xử thấy, để xảy ra hậu quả đặc biệt nghiêm trọng nêu trên là do lỗi của tất cả các bị cáo bị kết án về tội “Buôn bán hàng giả là thuốc chữa bệnh” thuộc Công ty VN Pharma. Các bị cáo từ chủ mưu đến tham gia góp sức đều tích cực tạo ra lợi nhuận là các khoản tiền thu lời bất chính từ hành vi phạm tội. Do vậy, Hội đồng xét xử xác định trách nhiệm bồi thường phải thuộc về tất cả các bị cáo trong nhóm tội trên thuộc Công ty VN Pharma. Tuy nhiên lỗi chính phải là các thành viên Hội đồng quản trị, các lãnh đạo chủ chốt của Công ty ty VN Pharma và chịu trách nhiệm cao nhất bị cáo Nguyễn Minh Hùng, sau đó là các thành viên có đóng góp cổ phần hưởng lợi nhuận hàng tháng, hàng năm của công ty.
Cụ thể, Tòa cấp sơ thẩm xác định, bị cáo Nguyễn Minh Hùng phải chịu bồi thường 1/3 số tiền thu hồi bất chính từ việc phạm tội là hơn 31 tỷ đồng. Ba thành viên còn lại mỗi người chịu 6 tỷ đồng , các bị cáo còn lại phải chịu số tiền hơn 3 tỷ đồng.
Đối với bị cáo Võ Mạnh Cường (nguyên Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn thương mại Hàng hải Quốc tế H&C), quá trình điều tra chứng minh khi bị cáo Cường nhận hơn 2,8 tỷ đồng từ bị cáo Phan Cẩm Loan (nguyên Phó Trưởng phòng Xuất nhập khẩu Công ty VN Pharma), sau đó Cường đã chuyển cho Raymonda hơn 1,9 tỷ đồng. Còn lại số tiền hơn 880 triệu đồng, Tòa tuyên buộc bị cáo Võ Mạnh Cường phải truy nộp lại.
