Trả lời thẩm vấn tại phiên tòa, 11 bị cáo thừa nhận hành vi phạm tội, thừa nhận hầu hết các nội dung truy tố trong cáo trạng là đúng. Tuy nhiên, 3 bị cáo: Nguyễn Thế Anh (cựu Đại tá, Chỉ huy trưởng Bộ Chỉ huy Bộ đội Biên phòng tỉnh Kiên Giang), Nguyễn Văn An (em họ bị cáo Thế Anh) và Phạm Hồ Hải (Trưởng đại diện Cảng vụ hàng hải Cần Thơ tại Duyên Hải, Trà Vinh) không thừa nhận hành vi phạm tội, đồng thời cho rằng, quá trình điều tra bị cáo bị mớm cung, cung cấp thông tin để khai theo.
Để làm rõ hành vi của các bị cáo, đại diện Viện Kiểm sát giữ quyền công tố tại phiên tòa đã tiến hành đối chất với những người làm chứng có mặt tại phiên tòa và công bố các bút lục, những lời khai của các bị cáo có liên quan trong quá trình điều tra.
Khai tại tòa, bị cáo Thế Anh cho rằng, bị cáo không quen biết Phan Thanh Hữu (Giám đốc Công ty trách nhiệm hữu hạn thương mại Phan Lê Hoàng Anh), không nhận tiền hối lộ của Hữu. Bị cáo Thế Anh khai, quá trình điều tra, bị cáo bị mớm cung, bị cung cấp thông tin không đúng để bị cáo khai theo.
Có mặt tại phiên tòa với tư cách là người làm chứng, Phan Thanh Hữu khai có mối quen biết với Thế Anh. Hữu khai, Thế Anh cũng đã từng 2 lần hẹn Hữu ở Khách sạn REX Sài Gòn (đối diện Nhà hát Thành phố Hồ Chí Minh) để Hữu nhờ vả. Khi ấy cũng có mặt bị cáo Nguyễn Văn An ở đó. Đối chất với Thế Anh, Hữu khẳng định lời khai của mình là hoàn toàn chính xác, không vu oan cho bất cứ ai.
Tại phiên tòa, đại diện Viện Kiểm sát cũng đã công bố danh sách nhiều cuộc gọi điện thoại giữa Thế Anh và Hữu, thể hiện sự quen biết và trao đổi công việc nhiều lần giữa 2 người. Tuy nhiên, Thế Anh vẫn cho rằng bị cáo không nhận hối lộ của Hữu và những cáo buộc của Viện Kiểm sát là không có cơ sở.
Trả lời câu hỏi của đại diện Viện Kiểm sát tại phiên tòa, bị cáo Nguyễn Văn An cũng bác bỏ nội dung cáo trạng truy tố và khai bị cáo bị ép cung nên phải khai báo theo yêu cầu. Song, bị cáo An cũng thừa nhận mỗi lần thẩm vấn đều có mặt của luật sư và không chứng minh được việc bị cáo bị ép cung như thế nào.
Trong phần xét hỏi, bị cáo Lê Văn Minh (cựu Thiếu tướng, Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 4, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển) khai bị cáo quen biết Phan Thanh Hữu từ lâu do học cùng trường ở hải quân nhưng chỉ nghĩ Hữu có công việc buôn bán trên biển, bản thân bị cáo không bàn bạc, không tính toán cũng như không biết việc buôn lậu xăng của Hữu.
Trước lời khai này của bị cáo Lê Văn Minh, công tố viên đã yêu cầu bị cáo Minh phải khai báo thành khẩn bởi quá trình điều tra, bị cáo Minh thừa nhận đã cung cấp các tọa độ cho tàu của Hữu di chuyển mà không bị kiểm tra, xử lý. Công tố viên nhấn mạnh: “Nếu bị cáo Minh không thành khẩn, Viện Kiểm sát sẽ rút các tình tiết giảm nhẹ cho bị cáo”.
Ngay sau đó, bị cáo Minh thừa nhận: “Có vài lần nhắn tin tọa độ cho Hữu nhưng không nhớ tọa độ nào”, đồng thời nhận thức được hành vi của mình là giúp Hữu buôn lậu”. Bị cáo Minh cũng khai có nhận tiền từ Hữu nhưng cho rằng, việc này không “mang tính chất ăn chia” như cáo trạng nêu. Bị cáo Minh không nhớ được hết số lần và số tiền đã nhận của Hữu nên bị cáo chấp nhận số tiền nhận hối lộ mà đã bị cáo trạng quy kết là 6,9 tỷ đồng.
Khoản tiền hối lộ này được Hữu đưa cho vợ hoặc con gái của bị cáo Lê Văn Minh. Có mặt tại tòa, vợ bị cáo Minh khai Phan Thanh Hữu đã lợi dụng chức vụ của chồng bà để đưa hối lộ, nhằm được giúp đỡ trong quá trình buôn lậu. “Để xảy ra sự việc này, tôi rất đau đớn và thành thật xin lỗi” - vợ bị cáo Minh nói.
Con gái của bị cáo Minh cũng cho biết, có lần được mẹ xin số tài khoản để người khác gửi tiền vào, nhận xong thì chị này chuyển lại cho mẹ.
Về phần mình, bị cáo Lê Xuân Thanh (cựu Thiếu tướng, Tư lệnh Vùng Cảnh sát biển 3, Bộ Tư lệnh Cảnh sát biển) “cơ bản đồng ý với nội dung cáo trạng đã truy tố” nhưng đề nghị làm rõ việc Hữu chỉ đưa tiền cho vợ bị cáo còn bản thân bị cáo không trực tiếp nhận. Tuy nhiên, bị cáo Thanh cũng thừa nhận: “Tiền đưa cho vợ bị cáo là tiền hối lộ bị cáo”.
Cùng bị xét xử trong vụ án này, bị cáo Phan Thị Xuân (vợ bị cáo Thanh) cũng đồng ý với nội dung cáo trạng truy tố và thừa nhận đã cầm 1,8 tỷ đồng tiền hối lộ của Hữu. Hiện, bị cáo Xuân đã nộp lại toàn bộ số tiền này để “khắc phục hậu quả”.
Sáng 13/7, phiên tòa tiếp tục làm việc với phần luật sư tham gia xét hỏi các bị cáo.