Vụ án này có 36 bị can gồm: Nguyễn Mạnh Hùng (sinh năm 1975) và Lê Quang Hào (sinh năm 1976) cùng là Phó Tổng Giám đốc Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam - VEC, nguyên Chủ tịch Hội đồng nghiệm thu cơ sở Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi; Hoàng Việt Hưng (sinh năm 1974, Giám đốc Ban Quản lý Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Nguyễn Tiến Thành (sinh năm 1982, nguyên Giám đốc Ban Quản lý dự án, nguyên Giám đốc gói thầu số 4, số 5, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Đỗ Ngọc Ân (sinh năm 1973, Phó Giám đốc Ban Quản lý dự án, nguyên Giám đốc gói thầu số 4,5,6,7, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Lê Nhiều (sinh năm 1975, Phó Giám đốc Ban Quản lý Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi, nguyên Giám đốc gói thầu số 1,2,3B, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Hà Văn Bình (sinh năm 1976, nguyên Giám đốc gói thầu số 6,7 thuộc Ban Quản lý Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Vũ Như Khuê (sinh năm 1955, nguyên Giám đốc Ban điều hành Liên danh gói thầu số 1, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Cao Hừng Đông (sinh năm 1969) và Nguyễn Mạnh Cường (sinh năm 1982) đều nguyên là Phó Giám đốc Ban điều hành Liên danh gói thầu số 1, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Quản Trọng Tuấn (sinh năm 1959, nguyên Giám đốc Ban điều hành Liên danh gói thầu số 3B, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Võ Quốc Thiều (sinh năm 1969) và Phan Ngọc Thơm (sinh năm 1966) đều nguyên là Phó Giám đốc Ban điều hành Liên danh gói thầu số 3B, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi; Phan Khánh Toàn (sinh năm 1981, nguyên Giám đốc Ban điều hành Liên danh gói thầu số 4, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Đỗ Tấn Nam (sinh năm 1976, nguyên Giám đốc Ban điều hành của Công ty Tuấn Lộc thi công gói thầu số 4, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Nguyễn Văn Cảnh (sinh năm 1985, nguyên Giám đốc Ban điều hành của Công ty Thăng Long thi công gói thầu số 4, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Vũ Dũng (sinh năm 1970) và Đào Văn Hoành (sinh năm 1961) đều nguyên là Giám đốc Ban điều hành của Tổng Công ty Sông Đà thi công gói thầu số 4, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi; Phạm Đình Phú (sinh năm 1962, nguyên Giám đốc Ban điều hành Liên danh gói thầu số 5, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Lương Chung Dũng (sinh năm 1981, nguyên Chỉ huy trưởng phụ trách thi công của Công ty Thành Phát tại gói thầu số 5, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Nguyễn Thành An (sinh năm 1973) và Nguyễn Hồng Phước (sinh năm 1982) đều nguyên là Phó Giám đốc Ban điều hành Liên danh gói thầu số 7, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); Takao Inami (quốc tịch Nhật Bản, sinh năm 1949, Tư vấn trưởng, Giám đốc Văn phòng nhà thầu tư vấn giám sát Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi); cùng các bị can đều nguyên là Kỹ sư nhà thầu tư vấn giám sát, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi gồm: Hoàng Trung Hậu (sinh năm 1981), Nguyễn Tấn Chánh (sinh năm 1976), Lê Công Bằng (sinh năm 1977), Quách Văn Phúc (sinh năm 1986), Phan Doãn Giang (sinh năm 1982), Đào Trọng Hiếu (sinh năm 1984), Nguyễn Đức Dũng (sinh năm 1968), Nguyễn Bá Giang (sinh năm 1972), Lã Văn Hải (sinh năm 1978), Kiều Đức Công (sinh năm 1983), Nguyễn Trung Thu (sinh năm 1983), Phạm Lê Bắc (sinh năm 1980), Phạm Văn Bảo (sinh năm 1983). Các bị can này đã bị Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao truy tố về tội “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng” theo quy định tại Điều 224, khoản 3 – Bộ luật Hình sự năm 2015.
Theo cáo trạng của Viện Kiểm sát nhân dân Tối cao, Dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi do Tổng Công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) làm chủ đầu tư, có tổng chiều dài toàn tuyến là hơn 139 km, từ thành phố Đà Nẵng đến thành phố Quảng Ngãi (tỉnh Quảng Ngãi).
Giai đoạn 1 của dự án dài 65 km, từ thành phố Đà Nẵng đến thành phố Tam Kỳ (tỉnh Quảng Nam), gồm có 8 gói thầu xây lắp chính, trong đó có 7 gói thầu thi công đường và 1 gói thầu chủ yếu thi công cầu.
Dự án khởi công ngày 19/5/2013, đến ngày 1/8/2017 hoàn thành thông xe, đưa vào khai thác sử dụng giai đoạn I - 65km từ thành phố Đà Nẵng đến thành phố Tam Kỳ, ngày 2/9/2018 hoàn thành thông xe, đưa vào khai thác sử dụng giai đoạn II - 74,2 km từ thành phố Tam Kỳ - thành phố Quảng Ngãi.
Mặc dù mới đưa vào khai thác, đoạn đường 65km đã xảy ra rất nhiều điểm hỏng biểu hiện trên mặt đường bê tông nhựa, ảnh hưởng nghiêm trọng đến việc vận hành khai thác, an toàn khi tham gia giao thông, gây bức xúc trong dư luận quần chúng.
Căn cứ kết quả điều tra và Kết luận giám định của Phân viện Khoa học công nghệ giao thông vận tải phía Nam - Bộ Giao thông Vận tải xác định, chất lượng công trình xây dựng hoàn thành đối với 7/7 gói thầu (phần đường) thuộc giai đoạn I của dự án không đảm bảo chất lượng đúng như tiêu chuẩn kỹ thuật, yêu cầu thiết kế dự án, như: Chiều dày lớp bê tông nhựa VTO/Novachip không đảm bảo quy định, độ rỗng dư, hàm lượng nhựa, hệ số thấm không đạt yêu cầu quy định; lớp bê tông nhựa hạt mịn (12.5, bê tông nhựa hạt trung C19 thiếu chiều dày bình quan, độ rộng dư giao động rất lớn; các lớp bê tông nhựa và đá dăm gia cổ nhựa có hiện tượng bong tróc cốt liệu, lớp cấp phối đá dăm loại 1 và loại II tai thầu có độ mài mòn, chỉ số dẻo không đạt yêu cầu; cường độ chịu tải trọng, mặt đường không đảm bảo quy định, nhiều vị trí đo trên tuyến có hệ số có không đạt yêu cầu quy định...
Quá trình thi công, nghiệm thu, các bên liên quan đã không thực hiện đo nghiệm thu cường độ mặt đường trên các lớp vật liệu hoàn thành, đo hệ số thấm của lớp bê tông nhựa tạo nhám để đánh giá chất lượng công trình xây dựng sau khi thi công như Tiêu chuẩn số 211-2006, Chỉ dẫn kỹ thuật số 06200 của dự án quy định, dẫn đến không kiểm soát được chất lượng hạng mục công trình xây dựng nhưng đã ký nghiệm thu, đề nghị đưa công trình vào khai thác sử dụng. Đặc biệt, đối với hạng mục công trình có sử dụng vật liệu đá (cấp phối đá dăm, bê tông nhựa các loại), ngày 18/5/2016, Bộ Giao thông Vận tải đã có văn bản số 1328/CQLCL-ĐB2 gửi chủ đầu tư dự án cảnh báo về chất lượng kém đối với nguồn vật liệu đá của các mỏ đá (Đà Sơn, Phước Tường, Hương Mao, Chu Lai, Hố Chuồn...)
Tuy nhiên, VEC, Ban Quản lý dự án đường cao tốc Đà Nẵng - Quảng Ngãi và các đơn vị liên quan không có phương án, biện pháp chỉ đạo cụ thể để rà soát, kiểm tra, loại bỏ vật liệu không đảm bảo chất lượng, dẫn đến cả 7/7 gói thầu đều sử dụng đá tại các mỏ này làm vật liệu sản xuất các lớp cấp phối đá dăm và bê tông nhựa các loại.
Cơ quan giám định tư pháp đã tổ chức lấy vật liệu tại các mỏ đá này để thí nghiệm kiểm tra các chỉ tiêu cơ lý của vật liệu, đã xác định chất lượng tại các mỏ đá đều không đảm bảo theo yêu cầu quy định. Mặc dù giá trị các hạng mục công trình xây dựng không đảm bảo nhưng chủ đầu tư và các đơn vị liên quan đã tiến hành nghiệm thu, thanh toán số tiền hơn 811 tỷ đồng cho các đơn vị thi công dự án.
Cáo trạng xác định, kết quả điều tra và kết luận giám định đã chỉ rõ để xảy ra sai phạm và hậu quả thiệt hại trên có hành vi không tuân thủ các quy định của pháp luật về xây dựng, dẫn đến tổ chức thi công, nghiệm thu các hạng mục công trình, nghiệm thu công trình xây dựng hoàn thành không đảm bảo chất lượng của các bị can tại VEC, Ban Quản lý dự án, các đơn vị thi công tại các gói thầu và tại Nhà thầu tư vấn giám sát thi công dự án. Hành vi của các bị can đã vi phạm quy định pháp luật, cấu thành tội “Vi phạm quy định về đầu tư công trình xây dựng gây hậu quả nghiêm trọng” theo quy định tại Điều 224 – Bộ luật Hình sự năm 2015.