Cụ thể, theo bản án sơ thẩm, Tòa án nhân dân Thành phố Hồ Chí Minh đã tuyên thu hồi số tiền 4.500 tỷ đồng mà bị cáo Phạm Công Danh dùng để nâng vốn điều lệ cho Ngân hàng VNCB (nay là CB) vì ngân hàng này chưa thực hiện việc nâng vốn điều lệ hay hạch toán điều chỉnh đối với số tiền này nên phải hạch toán trả lại cho bị cáo Phạm Công Danh.
Sau đó, Viện Kiểm sát nhân dân cấp cao tại Thành phố Hồ Chí Minh đã có kháng nghị về nội dung này vì cho rằng, số tiền 4.500 tỷ này bị cáo Phạm Công Danh có được là từ hành vi trái pháp luật, có nguồn gốc bất hợp pháp. Bên cạnh đó, khi Phạm Công Danh chuyển 4.500 tỷ đồng vào VNCB để tăng vốn điều lệ cho ngân hàng như không được Ngân hàng Nhà nước chấp thuận, bị cáo đã không trả lại cho các cổ đông mà giữ lại sử dụng hết.
Tại phiên tòa phúc thẩm ngày 25/12, Tòa án nhân dân cấp cao tại Thành phố Hồ Chí Minh đã bác kháng nghị của Viện Kiểm sát. Theo Hội đồng xét xử cấp phúc thẩm, đến nay, không có tài liệu, chứng cứ nào chứng minh Phạm Công Danh đã sử dụng số tiền này vào mục đích cá nhân. Số tiền này đã hòa vào dòng tiền chung của VNCB và sử dụng cho VNCB. Số tiền này xem như là của bị cáo Phạm Công Danh và việc tuyên ngân hàng trả lại số tiền này cho bị cáo là có căn cứ.
Từ đó, Hội đồng xét xử tuyên giữ nguyên như bản án sơ thẩm, tuyên thu hồi số tiền 4.500 tỷ đồng được xem như là của bị cáo Phạm Công Danh từ Ngân hàng Xây dựng nhưng khấu trừ số tiền vật chứng hơn 2.371 tỷ đồng (được xem như đã thu hồi liên quan đến hành vi cố ý làm trái của bị cáo Phạm Công Danh) nên chỉ còn thu hồi từ Ngân hàng Xây dựng số tiền hơn 2.128 đồng để đảm bảo thi hành án nghĩa vụ dân sự của bị cáo Phạm Công Danh trong cả giai đoạn 1 và giai đoạn 2 của vụ án.
Trao đổi với phóng viên, đại diện Ngân hàng Xây Dựng cho biết, số tiền 4.500 tỷ đồng không phải trả cho ông Phạm Công Danh mà là dùng để đảm bảo nghĩa vụ dân sự của ông Phạm Công Danh đối với Ngân hàng Xây dựng. Đây là số tiền dùng để trả nợ của ông Phạm Công Danh đối với chính Ngân hàng Xây dựng theo các bản án đã có hiệu lực.
Tính tới thời điểm hiện tại, ông Phạm Công Danh còn phải hoàn trả cho Ngân hàng Xây dựng hơn 8.000 tỷ đồng sau khi cấn trừ số tiền thu hồi như nội dung tuyên án. Đại diện Ngân hàng Xây Dựng khẳng định: “Phía Ngân hàng mong muốn các khách hàng, đối tác của ngân hàng hiểu rõ rằng, hoàn toàn không có việc số tiền 4.500 tỷ đồng ra khỏi Ngân hàng Xây dựng mà toàn bộ số tiền 4.500 tỷ đồng này thu hồi từ Ngân hàng Xây dựng để trả cho chính Ngân hàng Xây dựng”.