Trong 11 bị can, 8 bị can bị đề nghị truy tố về tội "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong thi hành công vụ" theo khoản 2, Điều 356, Bộ luật Hình sự năm 2015, gồm: Trần Xuân Yến (nguyên Phó Giám đốc Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La), Lò Văn Huynh (nguyên Trưởng Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La), Cầm Thị Bun Sọn (nguyên Phó trưởng Phòng Chính trị tư tưởng, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La), Nguyễn Thanh Nhàn( nguyên Phó trưởng Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng giáo dục, Sở Giáo dục và Đào tạo tỉnh Sơn La), Nguyễn Thị Hồng Nga( nguyên chuyên viên Phòng Khảo thí và Quản lý chất lượng, Sở Giáo dục và đào tạo tỉnh Sơn La); Đặng Hữu Thủy( nguyên Phó Hiệu trưởng Trường Trung học Phổ thông Tô Hiệu), Đỗ Khắc Hưng( nguyên cán bộ Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La), Đinh Hải Sơn( nguyên cán bộ Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La).
Ba bị can bị đề nghị truy tố về tội "Đưa hối lộ" theo khoản 4, điều 354, Bộ luật Hình sự năm 2015, gồm: Hoàng Thị Thành( nguyên Chủ tịch Hội Nông dân huyện Quỳnh Nhai, tỉnh Sơn La), Trần Văn Điện(cán bộ Trường Tiểu học và Trung học Cơ sở Chiềng Cơi, thành phố Sơn La) và Lò Thị Trường( lao động tự do, thành phố Sơn La).
Ngoài ra, các bị can Lò Văn Huynh, Nguyễn Thị Hồng Nga, Cầm Thị Bun Sọn bị đề nghị truy tố thêm về tội "Nhận hối lộ" theo khoản 2, Điều 354, Bộ luật Hình sự năm 2015.
Theo kết luận điều tra, tại Kỳ thi Trung học Phổ thông Quốc gia 2018 tổ chức tại Sơn La, 11 bị can bị cáo buộc vì động cơ vụ lợi và lợi dụng chức vụ đã cùng nhau nhận thông tin, tác động nâng điểm cho 44 thí sinh trong các ngày từ 29/6 đến 3/7/2018. Bộ Giáo dục và Đào tạo chấm thẩm định đã hạ điểm của các thí sinh này. Người bị hạ nhiều nhất tới 26,55 điểm cho ba môn, 5 thí sinh bị hạ mỗi người trên 22 điểm. Cơ quan điều tra tỉnh Sơn La đánh giá, hành vi của 11 bị can là rất nghiêm trọng, thủ đoạn phạm tội tinh vi, làm sai lệch kết quả thi của 44 thí sinh, không đảm bảo công bằng, khách quan, gây bức xúc trong xã hội.
Các bị can là người có trách nhiệm trong việc chấm thi, bảo vệ bài thi… đã nhận thông tin rồi can thiệp bài làm, nâng điểm cho 44 thí sinh. Phần lớn các phụ huynh, người chuyển thông tin thí sinh đều nói chỉ nhờ xem điểm trước, không đưa tiền cho các bị can giúp nâng điểm.
Tuy vậy, Cơ quan điều tra đã làm rõ việc Lò Thị Trường có đưa 300 triệu đồng cho Lò Văn Huynh; Hoàng Thị Thành đã đưa 440 triệu đồng cho Cầm Thị Bun Sọn để nhờ nâng điểm cho con mình; Trần Văn Điện đã đưa cho Nguyễn Thị Hồng Nga 1,04 tỷ đồng để nhờ nâng điểm cho 4 thí sinh.
Kết luận điều tra cũng chỉ ra, tại giai đoạn mới khởi tố đến phiên tòa sơ thẩm, bị can Lò Văn Huynh có khai đã nhận từ ông Nguyễn Minh Khoa (nguyên Phó trưởng Phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an tỉnh Sơn La) 1 tỷ đồng để nâng điểm cho 2 thí sinh. Quá trình điều tra bổ sung, bị can Huynh thay đổi lời khai, nói không nhận tiền hoặc thỏa thuận nhận tiền với ông Khoa; 1 tỷ đồng đã nộp nói trên gồm tiền bán đất và tiền tiết kiệm. Đến nay, Cơ quan An ninh điều tra, Công an tỉnh Sơn La cho rằng Nguyễn Minh Khoa cùng nhiều người khác đã chuyển thông tin thí sinh cho các bị can trong vụ án. Tuy nhiên, không đủ căn cứ chứng minh việc tác động cũng như động cơ, mục đích vụ lợi của các trường hợp này nên không quy kết trách nhiệm hình sự.
Trước đó, ngày 15/10/2019, Tòa án nhân dân tỉnh Sơn La mở phiên tòa xét xử 8 bị cáo về tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong thi hành công vụ. Tuy nhiên, sau 4 ngày làm việc, Tòa án đã trả hồ sơ vụ án yêu cầu điều tra lại.