Theo thông cáo này, Bộ Giao thông Vận tải cho biết, “vừa qua, trên một số phương tiện thông tin đại chúng có phản ánh một số nội dung về kết luận của Thanh tra Bộ Kế hoạch và Đầu tư đối với các dự án đầu tư theo hình thức hợp đồng BOT; trong đó, có nội dung về xác định tổng mức đầu tư chưa chính xác gây thiệt hại, lãng phí cho ngân sách Nhà nước".
Theo Bộ Giao thông Vận tải, đối với một số dự án BOT mà Bộ Kế hoạch và Đầu tư tiến hành thanh tra, ngay sau khi có dự thảo và kết luận thanh tra, Bộ Giao thông Vận tải đã có văn bản giải trình Bộ Kế hoạch và Đầu tư và báo cáo Thủ tướng Chính phủ nhằm làm rõ cách xác định Tổng mức đầu tư cũng như xác định giá trị quyết toán để điều chỉnh thời gian hoàn vốn dự án.
Công tác lập Báo cáo nghiên cứu khả thi, tổng mức đầu tư các dự án BOT được lập bởi các đơn vị tư vấn hàng đầu, có năng lực như TEDI, Tư vấn Trường Sơn.
Tổng mức đầu tư được duyệt chỉ mới là giá trị đàm phán, xác định thời gian hoàn vốn ban đầu với Nhà đầu tư; quá trình thực hiện đầu tư, nhằm chuẩn xác giá trị thực tế thực hiện dự án, công tác thẩm tra dự toán được giao cho các đơn vị có năng lực kinh nghiệm như Viện Kinh tế - Bộ Xây dựng thực hiện.
Đồng thời, Bộ Giao thông Vận tải đã tăng cường công tác kiểm tra, giám sát, quản lý chặt chẽ giá thành, chất lượng tiến độ, đã thành lập các tổ thường xuyên rà soát trình tự thủ tục, dự toán các dự án BOT và đã có các văn bản chỉ đạo các cơ quan liên quan thực hiện kết luận của các tổ rà soát.
Theo quy định tại tất cả các Hợp đồng BOT đã ký kết thì giá trị quyết toán cuối cùng được cấp có thẩm quyền chấp thuận mới là giá trị để Cơ quan Nhà nước có thẩm quyền và Nhà đầu tư ký kết Hợp đồng điều chỉnh nhằm xác định thời gian hoàn vốn cho dự án.
Về kết luận xác định kinh phí đầu tư một số hạng mục trong tổng mức đầu tư chưa chính xác gây thiệt hại cho ngân sách, Bộ Giao thông Vận tải cho hay, theo quy định tại khoản 1 Điều 4 Nghị định số 112/2009/NĐ-CP ngày 14/12/2009 của Chính phủ: "Tổng mức đầu tư là chi phí dự tính của dự án; là cơ sở để chủ đầu tư lập kế hoạch và quản lý vốn khi thực hiện đầu tư xây dựng công trình".
Trong bước lập dự án đầu tư, không thể tính toán chính xác chi phí thực tế đầu tư xây dựng công trình và tại Thông tư số 04/2010/TT-BXD ngày 26/5/2010 của Bộ Xây dựng thậm chí còn cho phép tính tổng mức đầu tư dựa trên suất vốn đầu tư xây dựng công trình.
Do vậy, giá trị tổng mức đầu tư (bao gồm cả lãi vay) không phản ánh đúng chi phí thực tế thực hiện công trình nên trong Hợp đồng BOT, Bộ Giao thông Vận tải và Nhóm công tác liên ngành (gồm có Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Bộ Tài chính, địa phương liên quan) đã quy định sử dụng giá trị quyết toán được cơ quan có thẩm quyền chấp thuận là giá trị cuối cùng để xác định thời gian hoàn vốn cho dự án.
Bộ Giao thông Vận tải khẳng định, tổng mức đầu tư chỉ là căn cứ ban đầu để dự tính thời gian hoàn vốn; phục vụ đàm phán lựa chọn nhà đầu tư.
Thời gian thu phí chính thức được quyết định theo giá trị quyết toán công trình nên phần kinh phí chênh lệch giữa tổng mức đầu tư và chi phí thực tế đầu tư không phải là thất thoát hoặc lãng phí và càng không thể khai khống tổng mức đầu tư để kéo dài thời gian thu phí. Trong quá trình Kiểm toán nhà nước tiến hành kiểm toán một số dự án BOT cũng đã ghi nhận nội dung này và không kết luận thất thoát hay gây thiệt hại cho ngân sách.