Tuy nhiên, qua thảo luận cho thấy còn rất nhiều vấn đề, nội dung cần bổ sung hoặc làm rõ, đặc biệt 3 Dự án sử dụng vốn của Chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội, vốn từ nguồn tăng thu, tiết kiệm chi ngân sách Trung ương năm 2021, vốn trong Kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021 - 2025 chưa phân bổ chi tiết, nhưng các nguồn vốn này Chính phủ chưa trình Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho ý kiến hoặc quyết định phương án phân bổ để có căn cứ và xác định tính hợp lý khi bố trí vốn cho 3 Dự án trong tổng thể phân bổ của các nguồn vốn.
Vì vậy, để đủ điều kiện trình Quốc hội, đề nghị Chính phủ tiếp thu ý kiến của Ủy ban Thường vụ Quốc hội, ý kiến cơ quan thẩm tra, hoàn thiện hồ sơ, tờ trình các dự án này và lưu ý làm rõ một số vấn đề cụ thể: Khẩn trương báo cáo Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho ý kiến hoặc quyết định phương án tổng thể phân bổ vốn của Chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội, vốn trong Kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2021 - 2025 chưa phân bổ vốn từ nguồn tăng thu, tiết kiệm chi ngân sách Trung ương năm 2021 để có căn cứ bố trí vốn cho 3 dự án này.
Rà soát, thuyết minh rõ sơ bộ tổng mức đầu tư, cơ cấu tổng mức đầu tư; thuyết minh cụ thể căn cứ phân chia các dự án thành phần; tính toán chi tiết nội dung chi của vốn ngân sách trung ương và vốn ngân sách địa phương; đối với vốn ngân sách địa phương phải có Nghị quyết của Hội đồng nhân dân cấp tỉnh về tổng nguồn vốn tham gia; tiến độ giải ngân; việc tăng vốn địa phương trong trường hợp tăng tổng mức đầu tư và phải phù hợp với kế hoạch đầu tư công trung hạn của địa phương; Chính phủ chịu trách nhiệm trước Quốc hội về cam kết về vốn của các địa phương; làm rõ căn cứ, cơ chế phân bổ vốn ngân sách trung ương cho các dự án thành phần của 3 Dự án. Không tính toán số tiết kiệm do cơ chế chỉ định thầu (xây lắp) để làm giảm tổng mức đầu tư. Làm rõ việc đầu tư của 3 Dự án trong giai đoạn này có hợp lý không; sự phù hợp của 3 Dự án với các quy hoạch ngành, quy hoạch vùng, địa phương, các chỉ tiêu, kế hoạch sử dụng đất; rà soát, thuyết minh tiến độ đầu tư 3 Dự án trong giai đoạn 2021 - 2025 và giai đoạn 2026- 2030; đánh giá kỹ các yếu tố tác động đến tiến độ triển khai các dự án để tính toán, thuyết minh, làm rõ thời gian hoàn thành, bảo đảm tính khả thi (cần tính toán giãn tiến độ thực hiện sang cả giai đoạn sau năm 2025 để đảm bảo khả thi về phần vốn và tổ chức thực hiện).
Diện tích đất phải thu hồi cho 3 Dự án lớn, số hộ dân bị ảnh hưởng nhiều, liên quan đến nhiều địa phương nên đề nghị báo cáo rõ phương án, giải pháp để bảo đảm việc thu hồi đất, đền bù, hỗ trợ, tái định cư công khai minh bạch, đúng quy định, đảm bảo ổn định cuộc sống cho người dân và đảm bảo tiến độ thực hiện các dự án. Làm rõ lý do, mức độ an toàn giao thông khi mặt đường là 17m, mặt cầu 17,5m (không có 2 làn dừng xe khẩn cấp) chưa phù hợp với tiêu chuẩn Việt Nam (TCVN 5729 : 2012); nghiên cứu, rà soát vận tốc thiết kế, các nút giao trên toàn tuyến, hướng tuyến, cầu vượt, đường gom, hầm chui dân sinh, phương án trắc dọc... để đảm bảo hiệu quả khai thác, tối ưu tổng mức đầu tư làm căn cứ thuyết minh với Quốc hội.
Cân nhắc và thuyết minh rõ căn cứ, lý do để đầu tư toàn bộ dự án bằng vốn đầu tư công Dự án xây dựng đường bộ cao tốc Biên Hòa- Vũng Tàu bằng hình thức đầu tư công. Đồng thời, Chính phủ cân nhắc có giải pháp hiệu quả để thu hút vốn đầu tư xã hội, thực hiện các dự án PPP, thực hiện chủ trương của Đảng và Nghị quyết của Quốc hội đã đề ra là “lấy đầu tư công dẫn dắt, kích hoạt huy động các nguồn đầu tư ngoài nhà nước”, “giảm tỷ trọng vốn đầu tư công trong tổng số vốn đầu tư toàn xã hội, phát huy vai trò dẫn dắt của đầu tư công, tăng cường thu hút các nguồn vốn đầu tư từ các khu vực kinh tế ngoài nhà nước”, “đến năm 2030, phấn đấu cả nước có khoảng 5.000km đường bộ cao tốc”. Làm rõ phương án thu phí và phân chia nguồn thu phí của 3 Dự án; thuyết minh rõ giải pháp để xử lý khó khăn, vướng mắc hiện nay đã bộc lộ khi thi công đường bộ cao tốc Bắc - Nam và các dự án trọng điểm khác là thiếu nguyên vật liệu, bãi đổ thải, thiếu một số điều kiện đảm bảo để hoàn thành dự án chất lượng, đúng tiến độ.
Ủy ban Thường vụ Quốc hội yêu cầu báo cáo rõ tác động của việc đầu tư các dự án cao tốc đến các đường BOT hiện hữu và giải pháp để hài hòa lợi ích của nhà nước, người dân và nhà đầu tư, không để xảy ra các điểm nóng về an ninh, trật tự. Tỷ trọng vốn của Chương trình phục hồi và phát triển kinh tế trong tổng nguồn vốn rất thấp, vì vậy cần rà soát lại các cơ chế, chính sách đặc thù; báo cáo, phân tích để làm rõ hơn việc đáp ứng các tiêu chí áp dụng cơ chế, chính sách thuộc Chương trình phục hồi và phát triển kinh tế - xã hội; chỉ đề nghị Quốc hội những cơ chế cấp bách, thực sự cần thiết, không dàn trải chính sách đặc thù làm phá vỡ tính thống nhất của hệ thống pháp luật và cũng chỉ áp dụng trong thời hạn 02 năm 2022-2023 (nếu có). Đề nghị bổ sung báo cáo đánh giá năng lực của các địa phương tham gia đầu tư 03 Dự án; lưu ý phân định rõ quyền hạn, trách nhiệm, cơ chế phối hợp của Bộ Giao thông vận tải, các cơ quan liên quan, các địa phương tại từng bước thực hiện dự án; có giải pháp để bảo đảm tính đồng bộ, thống nhất, đáp ứng yêu cầu quản lý khi thực hiện các dự án và khi đưa vào khai thác, vận hành; đề nghị Hội đồng nhân dân các địa phương có Nghị quyết cam kết tổng mức vốn bố trí cho các Dự án nằm trong khuôn khổ Kế hoạch đầu tư công trung hạn của địa phương, tiến độ bố trí vốn, phân kỳ theo từng năm và bố trí đủ vốn cho phần tăng thêm so với tổng mức đầu tư (nếu có) để bảo đảm nguồn vốn thực hiện.
Đề nghị Chính phủ khẩn trương tiếp thu các ý kiến góp ý và chỉnh lý, hoàn thiện hồ sơ các Dự án, dự thảo các Nghị quyết về chủ trương đầu tư 3 Dự án xin ý kiến của Ủy ban Thường vụ Quốc hội để trình Quốc hội trong thời gian sớm nhất. Hồ sơ các Dự án phải thể hiện rõ cơ quan trình Quốc hội là Chính phủ và chịu trách nhiệm trước Quốc hội về nội dung; các bộ, ngành, địa phương theo phân công chịu trách nhiệm trước Chính phủ và Thủ tướng Chính phủ.
Ủy ban Kinh tế, các cơ quan của Quốc hội phối hợp với các cơ quan của Chính phủ chỉnh lý, hoàn thiện hồ sơ Dự án và các dự thảo Nghị quyết; Kiểm toán Nhà nước sớm hoàn thiện báo cáo (trong đó nói rõ Dự án có đủ điều kiện để trình Quốc hội không) gửi Ủy ban Kinh tế và Quốc hội; Ủy ban Kinh tế thực hiện thẩm tra chính thức và khẳng định hồ sơ các Dự án có đủ điều kiện để trình Quốc hội không.