Trong 6 tháng đầu năm 2012, ngành Hải quan tiếp tục nâng cao công tác công tác quản lý rủi ro (QLRR), cơ bản đã hoàn thành việc xây dựng các yêu cầu nghiệp vụ của hệ thống phân tích rủi ro xác định trọng điểm trong tiếp nhận thông tin E-manifest; Đã hướng dẫn nghiệp vụ QLRR tại các Cục Hải quan trọng điểm: Hải Phòng, Hà Nội, Đà Nẵng, TP Hồ Chí Minh, qua đó tổng hợp để điều hành chung công tác QLRR của ngành Hải quan. Tiến hành phân tích xác định trọng điểm trong hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu đã phát hiện hàng trăm trường hợp vi phạm. Riêng tại Cục Hải quan Hải Phòng trong 6 tháng đầu năm đã xử phạt, ấn định thuế và truy thu trên 10 tỷ đồng.
Công tác QLRR hải quan đã được áp dụng theo đúng chuẩn mực và thông lệ quốc tế từ cấp Tổng cục đến cấp Cục và Chi cục Hải quan, bước đầu đã phát huy hiệu quả, phục vụ đắc lực cho công tác nghiệp vụ và tác nghiệp của các đơn vị trong ngành. So với mục tiêu đặt ra trong nhiệm vụ trọng tâm năm 2011, về cơ bản đã hoàn thành mục tiêu, luồng xanh chiếm 63,60%, tăng 2,6% so với mục tiêu đề ra, luồng vàng 24,9% và luồng đỏ chiếm 11,50%. Tuy nhiên, công tác chia sẻ phối hợp xử lý thông tin nghiệp vụ giữa các đơn vị, bộ phận còn hạn chế. Do QLRR là lĩnh vực nghiệp vụ mới, liên quan đến mọi hoạt động quản lý hải quan nên nhận thức của cán bộ, công chức còn hạn chế, các đơn vị chưa thật sự chủ động trong việc nghiên cứu, tổ chức triển khai các quy trình nghiệp vụ QLRR.
Năm 2012, ngành Hải quan được Quốc hội, Chính phủ và Bộ Tài chính giao dự toán thu NSNN 223.900 tỷ đồng. Tại Hội nghị tổng kết năm 2011, Tổng cục Hải quan dự kiến phấn đấu tăng thu 8% so với dự toán tương đương 242.000 tỷ đồng. Số thu nộp NSNN 6 tháng đầu năm 2012 đạt 91.000 tỷ đồng, mới chỉ bằng 40,6% dự toán, giảm 14,5% so với cùng kỳ 2011 (91.000/106.405 tỷ đồng), bình quân mỗi tháng thu đạt 15.166 tỷ đồng. Đây là tỷ lệ thực hiện dự toán 6 tháng đầu năm thấp nhất của ngành Hải quan trong nhiều năm qua. Trong đó: Thuế XNK và tiêu thụ đặc biệt đã thu được 30.445 tỷ đồng, đạt 37,8% dự toán; thuế GTGT đã thu được 60.375 tỷ đồng, đạt 42,1% dự toán; thu khác là 180 tỷ đồng.
Nguyên nhân số thu đạt thấp so với cùng kỳ năm 2011 là do kim ngạch nhập khẩu tăng, nhưng chủ yếu thuộc kim ngạch của các mặt hàng vật tư nguyên liệu phục vụ SXXK hoặc thuế suất thấp, kim ngạch NK của các mặt hàng có thuế suất cao như ô tô, xe máy nguyên chiếc, linh kiện ô tô, xe máy giảm mạnh so với cùng kỳ; giá xăng dầu giảm mạnh, thuế suất thuế NK xăng dầu tăng chưa đủ bù do việc giảm giá NK. Mặt khác, tỷ giá khi xây dựng dự toán là 21.000 đồng/USD, nhưng thực tế 6 tháng đầu năm tỷ giá khoảng 20.860 đồng/USD, làm giảm thu hơn 600 tỷ đồng so với dự toán.