Các ga Đồng Đăng, Yên Viên, Lào Cai và Hải Phòng có bộ phận hải quan và cơ quan chức năng thường trực phục vụ kiểm tra, khai báo, thực hiện các thủ tục liên quan vận chuyển hàng hóa LVQT đường sắt.
Theo đại diện VNR, hàng hóa xuất nhập khẩu đi bằng nhiều phương tiện, nhưng tập trung chủ yếu về các ga đầu mối để làm thủ tục xuất nhập cảnh, thông quan trên hai tuyến chính: Lào Cai - Hà Nội - Hải Phòng và Đồng Đăng - Yên Viên. Tuyến Đồng Đăng - Yên Viên là đường lồng giữa khổ đường 1.000 mm và khổ đường 1.435 mm, kết nối với đường sắt Trung Quốc qua cửa khẩu Đồng Đăng - Bằng Tường. Hàng hóa xuất nhập khẩu giữa Việt Nam - Trung Quốc, quá cảnh sang nước thứ ba đi bằng đường sắt hiện đều qua cửa khẩu này.
Qua tìm hiểu, hàng hóa đóng container xuất qua đường sắt trên những chuyến tàu liên vận chủ yếu là: Hạt nhựa, giấy cuộn, gỗ ván ép, hàng công nghiệp, thực phẩm, sữa, hàng nông nghiệp, linh kiện điện tử… Trong đó bao gồm hàng hóa xuất chủ yếu đến Trung Quốc, với các sản phẩm: Quặng sắt, hàng gỗ mỹ nghệ, giầy da, may mặc, thuốc bắc, gỗ ván bóc... Thống kê trong năm 2021, VNR tổ chức chạy 852 đôi tàu hàng LVQT giữa hai ga Đồng Đăng - Bằng Tường và ngược lại, sản lượng vận tải qua hai ga cửa khẩu đạt hơn 565.600 tấn, tăng trưởng 91% so với năm 2020.
Theo đại diện Chi cục Hải quan ga Đồng Đăng, hàng vận chuyển độc lập như hàng xuất khẩu đi châu Âu, đã mở tờ khai tại hải quan nội địa, khi tàu hàng đến ga Đồng Đăng, lực lượng chuyên ngành chỉ giám sát, xác nhận thực xuất hàng hóa rời lãnh thổ Việt Nam, vì vậy thời gian làm thủ tục thông quan nhanh.
Đối với hàng nhập khẩu, tùy theo mặt hàng khi mở tờ khai hải quan, hàng thuộc luồng xanh thì ưu tiên làm thủ tục thông quan trước; hàng thuộc luồng vàng sẽ phải kiểm tra hồ sơ, mất khoảng 2 giờ; hàng thuộc luồng đỏ sẽ phải kiểm hóa tối đa 8 giờ.
Hiện nay, ga Yên Viên là ga LVQT đầu mối quan trọng tại khu vực phía Bắc, có cơ sở hạ tầng đảm bảo lập, giải thể, trung chuyển, đón gửi các đoàn tàu bao gồm khổ đường 1.000 mm và 1.435 mm. Khu vực ga có bãi hàng ITL khoảng 17.000 m2, chủ yếu phục vụ xếp dỡ container, khu vực khai báo làm thủ tục hải quan hàng LVQT xuất nhập khẩu.
Riêng tuyến Lào Cai - Hà Nội - Hải Phòng kết nối với đường sắt Trung Quốc bằng đường sắt khổ 1.000 mm qua cặp ga cửa khẩu Lào Cai - Sơn Yêu. Tại 2 ga cửa khẩu này làm các thủ tục xuất nhập cảnh phương tiện vận tải, hàng hóa, giám sát hải quan... Hàng xuất chủ yếu trên tuyến là hàng nông sản, hoa quả, quặng các loại từ phía Nam ra xuất Trung Quốc và ngược lại hàng nhập là nguyên liệu sản xuất (lá thuốc lá, than, cao su…), phân bón và hóa chất, lưu huỳnh…
Ngoài ra, hiện nay, trên tuyến Lào Cai - Hà Nội - Hải Phòng, hàng quá cảnh từ các nước về cảng Hải Phòng, rồi theo tàu xuất đi Trung Quốc chiếm sản lượng lớn. Ga Hải Phòng là ga đường sắt duy nhất hiện nay còn nhánh đường sắt kết nối với khu vực cảng biển, đảm nhận việc kết nối, tiếp chuyển giữa đường sắt, đường bộ, đường biển. Hàng hóa sau khi được xếp lên toa xe sẽ được phủ bạt, niêm phong, làm thủ tục hải quan và chạy thẳng ga Lào Cai. Tại ga Lào Cai sẽ chỉ làm thủ tục thông quan, không phải kiểm hóa, sau đó được kéo sang ga Sơn Yêu (Trung Quốc).