Hỗ trợ giải quyết thủ tục hành chính tại bộ phận một cửa cơ quan Thuế đầu tháng 7/2025. Ảnh minh họa: TTXVN phát
Dự thảo luật lần này không chỉ bổ sung cơ chế đãi ngộ, tạo động lực cho công chức ngành thuế và hải quan, mà còn thể chế hóa nhiều cải cách quan trọng như rút ngắn thời hạn khai bổ sung hồ sơ thuế, áp dụng hoàn thuế tự động, chuyển đổi quản lý hộ kinh doanh từ thuế khoán sang kê khai, và quy định rõ thời hạn kiểm tra đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết. Với những đổi mới đồng bộ này, Luật Quản lý thuế (sửa đổi) được kỳ vọng trở thành nền tảng cho hệ thống thuế hiện đại, minh bạch và phù hợp với yêu cầu phát triển của nền kinh tế số.
Theo đó, một trong những nội dung đáng chú ý của dự thảo Luật là quy định về cơ chế bổ sung thu nhập cho công chức, người lao động ngành thuế và hải quan tại khoản 5, Điều 9. Theo đó, “Điều 9. Xây dựng lực lượng quản lý thuế: 5. Cơ quan quản lý thuế khi tổ chức thực hiện thu ngân sách nhà nước vượt dự toán Quốc hội quyết định hàng năm thì được bố trí kinh phí để bổ sung thu nhập cho công chức, người lao động không quá 01 lần quỹ tiền lương của công chức, người lao động. Chính phủ quy định việc phân bổ và sử dụng kinh phí để bổ sung thu nhập đảm bảo đúng mục đích, hiệu quả.”
Đề xuất này được xây dựng trên cơ sở các chủ trương, nghị quyết lớn của Đảng và Quốc hội như Nghị quyết số 27-NQ/TW về cải cách chính sách tiền lương, Kết luận 83-KL/TW của Ban Chấp hành Trung ương và Nghị quyết số 142/2024/QH15 của Quốc hội về việc sửa đổi, bãi bỏ các cơ chế tài chính và thu nhập đặc thù.
Về cơ sở thực tiễn, Bộ Tài chính cho biết, trước đây, ngành thuế và hải quan được áp dụng cơ chế tài chính đặc thù theo Nghị quyết số 1094/NQ-UBTVQH15 của Ủy ban Thường vụ Quốc hội (được trích 1,8% trên dự toán thu ngân sách nhà nước đối với ngành thuế và 2,1% đối với hải quan).
Từ ngày 1/7/2023 đến nay, mức lương cơ sở đối với các đơn vị không có cơ chế tài chính đặc thù được điều chỉnh lên mức 1,8 triệu đồng/người/tháng (từ 1/7/2023 đến 30/6/2024) và mức 2,34 triệu đồng/người/tháng (từ 1/7/2024 đến nay) theo các Nghị quyết của Quốc hội.
Tuy nhiên, đối với ngành thuế, hải quan không được điều chỉnh tiền lương theo mức tăng lương cơ sở mà giữ nguyên như trước ngày 1/7/2023 (bình quân khoảng 10 triệu đồng/người/tháng).
Cùng với việc sắp xếp, tinh giản hơn 8.000 biên chế, nhiều cán bộ ngành thuế, hải quan phải luân chuyển, công tác xa nhà, phát sinh chi phí sinh hoạt cao. Việc bổ sung cơ chế đãi ngộ là cần thiết để đội ngũ yên tâm công tác, phòng ngừa tiêu cực, nâng cao hiệu quả thu ngân sách.
Ngoài ra, hiện nay đã có cơ chế chi thu nhập tăng thêm đối với một số địa phương, cơ quan Trung ương như Cơ chế chi thu nhập tăng thêm đối với công chức TP Hồ Chí Minh theo Nghị quyết số 98/2023/QH15, TP Hà Nội theo Luật Thủ đô, TP Hải phòng theo Nghị quyết số 226/2025/QH15; trong đó, chi thu nhập tăng thêm không vượt quá 0,8 lần quỹ lương cơ bản của cán bộ, công chức, viên chức, người lao động.
Vì vậy, Bộ Tài chính đề xuất sửa đổi, bổ sung cơ sở pháp lý về bố trí kinh phí để bổ sung thu nhập cho công chức, người lao động tại dự thảo Luật Quản lý thuế (sửa đổi) cho cơ quan quản lý thuế (ngành thuế, hải quan).
Theo Bộ Tài chính, nội dung đề xuất tại dự thảo Luật đã được tổng hợp từ ý kiến đồng thuận của các bộ, cơ quan, địa phương như Bộ Công An; UBND tỉnh Bắc Ninh, thành phố Cần Thơ, tỉnh Khánh Hòa, thành phố Hà Nội, Thành phố Hồ Chí Minh…
Một nội dung cải cách quan trọng khác là việc rút ngắn thời hạn khai bổ sung hồ sơ thuế từ 10 năm xuống 5 năm theo khoản 5, Điều 12. Quy định mới này được xây dựng nhằm thống nhất với thời hiệu xử lý vi phạm hành chính về thuế là 5 năm, phù hợp với thông lệ quốc tế, khi các nước như Singapore, Nhật Bản, Đức, Hàn Quốc đều giới hạn trong khoảng 3 - 5 năm. Theo dữ liệu ngành thuế, trong năm 2024 có gần 2 triệu hồ sơ khai bổ sung, nhưng hồ sơ thuộc giai đoạn 5 - 10 năm trước chỉ chiếm 3,1%.
Theo đó, việc khai bổ sung hồ sơ kiểm tra của người nộp thuế chủ yếu phát sinh cho các kỳ tính thuế thuộc giai đoạn 5 năm trở về trước kể từ ngày phát hiện sai sót. Bộ Tài chính cho rằng, việc rút ngắn thời gian khai bổ sung vừa giúp nâng cao trách nhiệm kê khai trung thực của người nộp thuế, vừa giảm tải khối lượng hồ sơ lưu trữ, phục vụ chuyển đổi số và xử lý tự động.
Một thay đổi mang tính nền tảng của Luật Quản lý thuế (sửa đổi) là chính thức thể chế hóa chủ trương bỏ hình thức thuế khoán, hướng tới quản lý hộ kinh doanh theo phương thức tự kê khai, tự tính, tự nộp thuế. Theo đó, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh sẽ căn cứ doanh thu thực tế để xác định số thuế phải nộp. Đặc biệt, đối với các hộ kinh doanh thương mại điện tử, các nền tảng có chức năng thanh toán trong hoặc ngoài nước sẽ có trách nhiệm khấu trừ, kê khai thay và nộp thay thuế cho cá nhân kinh doanh.
Bộ Tài chính cho biết, cùng với Luật, Chính phủ đang khẩn trương xây dựng Nghị định và thông tư quy định chi tiết về quản lý thuế đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh để kịp thời có hiệu lực từ ngày 01/1/2026 theo Nghị quyết 198/2025/QH15. Chính sách quản lý thuế tại dự thảo Nghị định theo hướng đơn giản hóa tối đa các thủ tục hành chính như đăng ký thuế liên thông với thủ tục đăng ký kinh doanh, sử dụng số căn cước công dân làm mã số thuế, hệ thống hỗ trợ việc kê khai tính thuế, tích hợp thủ tục kê khai doanh thu với kê khai tính thuế, khuyến khích sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế…
Dự thảo Luật cũng bổ sung quy định về hoàn thuế tự động tại điểm b, khoản 4, Điều 18, theo đó hệ thống thông tin của cơ quan thuế sẽ tự động xác định và hoàn thuế trên cơ sở hồ sơ và dữ liệu quản lý. Cơ chế này sẽ áp dụng cho các trường hợp hồ sơ rủi ro thấp, giúp rút ngắn thời gian xử lý, giảm tiếp xúc trực tiếp, minh bạch quy trình và hỗ trợ doanh nghiệp nhanh chóng quay vòng vốn. Hiện nay, ngành Thuế đã triển khai hoàn thuế tự động đối với thuế thu nhập cá nhân. Trong thời gian tới, việc này sẽ mở rộng sang các sắc thuế khác, theo lộ trình xây dựng cơ sở dữ liệu và bộ tiêu chí rủi ro. Bộ Tài chính sẽ quy định chi tiết quy trình, lộ trình và cơ chế kiểm soát.
Một điểm mới khác nhận được sự quan tâm là quy định về thời hạn kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết tại khoản 3, Điều 22. Theo đó, thông thường thời hạn kiểm tra đối với doanh nghiệp nói chung là 20 ngày, trường hợp cần thiết thì có thể gia hạn 01 lần nhưng không quá 20 ngày.
Đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết thì thời hạn kiểm tra là 40 ngày, trong trường hợp cần thiết thì có thể lên đến 80 ngày để đảm bảo được việc tiến hành cuộc kiểm tra trong trường hợp nội dung về giao dịch liên kết phức tạp (nhưng không phải tất cả các trường hợp kiểm tra đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết đều có thời hạn là 80 ngày).
Lý do thời hạn kiểm tra đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết cần dài hơn thời hạn kiểm tra đối với doanh nghiệp thông thường. Trong thực thế, kiểm tra đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết thường gặp nhiều khó khăn, phức tạp, dễ xảy ra tranh chấp khiếu nại do liên quan đến thuế quốc tế và bảo vệ quyền đánh thuế của các nước. Phía công ty con tại Việt Nam do chịu sự chi phối, kiểm soát từ Công ty mẹ nên vấn đề xử lý qua kiểm tra Công ty con báo cáo về Công ty mẹ quyết định và nhiều trường hợp các đoàn kiểm tra phải chờ sắp xếp lịch làm việc đối thoại trực tiếp với Công ty con tại Việt Nam và Công ty mẹ nên thời gian thực hiện kiểm tra thường kéo dài như: cuộc thanh Công ty TNHH Maersk Việt Nam (2 năm); Công ty TNHH Westlake compound Việt Nam, Công ty TNHH Hưng nghiệp Formosa, Công ty TNHH SYNGENTA Việt Nam, Công ty TNHH Partron Việt Nam (01 năm);… Việc xử lý về thuế liên quan đến giải quyết tranh chấp về giá chuyển nhượng qua thanh tra thời gian giải quyết cũng rất dài (khoảng 2 - 5 năm). Vì vậy, cần bổ sung quy định về thời hạn kiểm tra thuế đối với doanh nghiệp có giao dịch liên kết.
Với các nội dung mới từ cơ chế đãi ngộ công chức, cải cách thủ tục, rút ngắn thời gian khai bổ sung, hoàn thuế tự động và chuyển đổi số toàn diện, Luật Quản lý thuế (sửa đổi) không chỉ là bước hoàn thiện về mặt pháp lý mà còn là bước tiến quan trọng trong cải cách nền tài chính công, hướng tới một hệ thống thuế hiện đại, minh bạch, công bằng và hiệu quả, phù hợp với yêu cầu phát triển của nền kinh tế số.