Chủ tịch Hội đồng thẩm định liên ngành là Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư. Phó Chủ tịch Hội đồng là Thứ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư.
Ủy viên Hội đồng thẩm định liên ngành gồm lãnh đạo các bộ, ngành, địa phương: Bộ Giao thông vận tải, Bộ Tài chính, Bộ Tài nguyên và Môi trường, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Bộ Quốc phòng, Bộ Công an, Bộ Tư pháp, Bộ Xây dựng, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam và Ủy ban nhân dân tỉnh Lạng Sơn.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực của Hội đồng thẩm định liên ngành.
Trách nhiệm, quyền hạn, nguyên tắc hoạt động của Hội đồng thẩm định liên ngành thực hiện theo quy định tại Điều 10 Nghị định số 35/2021/NĐ-CP ngày 29/3/2021 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Đầu tư theo phương thức đối tác công tư.
Hội đồng được sử dụng con dấu, tài khoản của Bộ Kế hoạch và Đầu tư để phục vụ cho hoạt động của Hội đồng.
Hội đồng tự giải thể khi kết thúc nhiệm vụ được giao.