Chuyến tàu Bắc - Nam xuất phát tại ga Hà Nội. Ảnh tư liệu (minh họa): Huy Hùng/TTXVN
Theo đó, đường sắt quốc gia qua Hà Nội đi theo các tuyến, đoạn tuyến: đoạn Thạch Lỗi - Kim Sơn (thuộc tuyến Lào Cai - Hà Nội - Hải Phòng), vành đai phía Đông đoạn Kim Sơn - Ngọc Hồi, vành đai phía Tây đoạn Ngọc Hồi - Thạch Lỗi. Quy mô các tuyến, đoạn tuyến này là đường đôi, khổ 1.435 mm.
Đoạn Ngọc Hồi - Gia Lâm được chuyển thành đường sắt địa phương, bàn giao cho UBND thành phố Hà Nội để xây dựng khi đủ điều kiện.
Quy hoạch điều chỉnh nêu rõ: Phương án xây dựng phải bảo đảm đón, trả khách giữa Tổ hợp Ngọc Hồi, ga Gia Lâm với trung tâm Hà Nội thuận lợi, hiệu quả, không làm gián đoạn hoạt động vận tải đường sắt. Trong đó, đoạn Gia Lâm - Yên Viên đường đôi, khổ 1.435 mm (bố trí chung hành lang, riêng hạ tầng với đường sắt đô thị); đoạn Gia Lâm - Lạc Đạo đường đơn, khổ 1.000 mm (bố trí chung hành lang, riêng hạ tầng với đường sắt đô thị).
Hoạt động đường sắt các tuyến đường sắt khổ 1.000 mm phía Bắc và phía Nam sông Hồng qua khu vực Hà Nội được yêu cầu phải duy trì, bảo đảm không làm gián đoạn cho đến khi hoàn thành xây dựng, đưa vào khai thác các tuyến đường sắt vành đai phía Đông TP Hà Nội và Lào Cai - Hà Nội - Hải Phòng.
Về các ga đầu mối khu vực Hà Nội, quy hoạch điều chỉnh định hướng có hai ga đầu mối hành khách kết nối đường sắt quốc gia và đường sắt đô thị gồm: Ngọc Hồi, Gia Lâm. Trong đó: Tổ hợp ga Ngọc Hồi là ga đầu mối hành khách phía Nam có chức năng ga lập tàu của đường sắt quốc gia, đường sắt đô thị; khu depot của đường sắt đô thị, đường sắt quốc gia và đường sắt tốc độ cao.
Ga Gia Lâm là ga đầu mối hành khách phía Bắc kết hợp đường sắt đô thị và đường sắt quốc gia (khổ 1.435 mm, khổ1.000 mm). Ga đầu mối hàng hóa là hai ga mới Thường Tín, Yên Thường.
Các ga đầu mối Yên Viên, Hà Nội, Giáp Bát và các cơ sở chỉnh bị đầu máy, toa xe hiện nay sẽ chuyển chức năng sau khi hoàn thành các hạng mục đủ điều kiện để bàn giao cho UBND thành phố Hà Nội xây dựng đường sắt địa phương và bảo đảm không làm gián đoạn hoạt động vận tải đường sắt.